仲景晚年撰成《伤寒杂病论》16卷,经三国之乱,战争频繁,仲景逝后原书散失,零碎地传抄于民间。幸有西晋太医令王叔和,广泛搜集编次成《仲景方论》36卷行世,又遭晋怀帝永嘉之乱,中原文物几乎荡然无存。王氏之书亦复亡失,只有一些传抄本流传下来。
到了隋代,《隋书·经籍志》上记载了好几种仲景伤寒书,其中有《张仲景辨伤寒》10卷、《疗伤寒身验方》1卷、《张仲景评病要方》1卷、《张仲景妇人方》2卷等,可惜这些书均亡佚不传,但从中看出当时已经收有《伤寒杂病论》的许多传本。其中,巢元方《诸病源候论》叙述的若干伤寒内容,则流传下来。巢氏病源卷七、卷八专叙伤寒,但未提到仲景之名,其内容也与今本《伤寒论》颇不相同,所言三阴三阳与《素问·热论》一致,而与今本《伤寒论》六经分证迥异。巢氏病源卷四十《妇人杂病诸候》中的“胞转候”与“大便不通候”,两处提到张仲景之名,说明巢元方可能只看到仲景的杂病部分,没有看到仲景的伤寒传本。其卷七、卷八的伤寒著述,可能是巢氏本人的著作。
及至唐代,《旧唐书·经籍志》载有“《张仲景药方》十五卷,王叔和撰”,《新唐书·艺文志》载有“王叔和《张仲景药方》十五卷,又《伤寒卒病论》十卷”。
但唐代医学大家孙思邈晚年读到仲景《伤寒论》,叹为神工,埋怨江南诸师秘仲景要方不传,感叹“伤寒热病,自古有之,名贤睿哲,多所防御,至于仲景,特有神功”,认为其中奥义,一般医生看不懂、用不来,于是采取“方证同条,比类相附”的方法,进行归类,并将其收于《千金翼方》之中,这是唐代唯一的仲景《伤寒论》研究性著作,也可从中窥见仲景之原式。其内容包括三阳病9篇,三阴病至阴阳易、病已后劳复7篇共16篇,393证,109方,对后世按方类证研究伤寒,颇有启发。唐·王焘《外台秘要》汇集了唐以前21家伤寒学说,共305条,其中仲景之论50条;收集伤寒方,共264首,其中仲景方24首。王焘所见可能是另一种伤寒古本,因内容不全是伤寒,也有今《金匮要略》诸方。王焘《外台秘要》有关伤寒内容的价值在于,不仅可据以互校其他传本,还保留了今本《伤寒论》以外的伤寒学术与经验。
五代时刻版印刷术开始盛行。至宋仁宗嘉佑二年(公元1057年)朝廷命高保衡、孙奇、林亿等校刊医书,将宋开宝时节度使高继冲所献《伤寒论》10卷刊行,杂病未见于其书。翰林学士王洙在馆阁日于蠹简得仲景《金匮玉函要略》3卷,亦同时刊行。另外,还有《金匮玉函经》8卷,为《伤寒论》之别本,亦校刊印行,公诸于世。从此之后,仲景之书始普遍流行。
以上是仲景书从东汉末年至宋治平时,上下800余年的演变情况之梗概。
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