《小儿药证直诀》自宋徽宗宣和年间刊行之后，历代的公私书目，都有著录，但是所记的书名与卷数，差异很大。《四库全书总目提要》就指出：“明以来旧本久佚，惟杂见诸家医书中。”如《宋史·艺文志》：“《钱乙小儿药证直诀》八卷。”宋·晁公武《郡斋读书志·医书类》：“《钱氏小儿方》八卷。右皇朝钱乙仲阳撰，神宗时擢太医丞，于书无所不窥，他人靳靳守古，独度越纵舍，卒与法合。尤邃本草，多识物理，辨正阙误，最工疗婴孺病，年八十二而终，阎季忠方附于后。”尤袤《遂初堂书目·医书类》：“《钱氏小儿方》。”未及卷数。陈振孙《直斋书录解题·医书类》：“《钱氏小儿药证真诀》三卷。太医丞东平钱乙仲阳撰，宣教郎大梁阎季忠集。上卷言证，中卷叙尝所治病，下卷为方。季忠亦颇附以己说，且以刘斯立所作仲阳传附于末。宣和元年也。”郑樵《通志·艺文七·医方类》：“《钱氏小儿方》八卷。”元代马端临《文献通考》卷二百二十三：“钱氏小儿方八卷。晁氏曰皇朝钱乙仲阳撰，神宗时擢太医丞。于书无所不窥，他人勤勤守古，独度越纵舍，卒与法合。尤邃本草，多识物理，辩正阙误，最工疗婴孺病。年八十二而终，阎季忠方附其后。”又曰：“《钱氏小儿药证真诀》三卷。陈氏曰钱仲阳撰，阎季忠集。上卷言证，中卷叙尝所治病，下卷为方。季忠亦颇附以己说，且以刘斯立所作仲阳传附于末。宣和元年也。”显然马氏只是收录了晁、陈二家书目所记。
上述宋、元两代书目所载的各种著录本，现今都已不可见。
明代李时珍《本草纲目·卷一上·引据古今医家书目》也仅载有：“《钱乙小儿直诀》”。无卷数。
到了清代乾隆年间，《四库全书》馆馆臣从《永乐大典》第一册、第九册中辑录出《小儿药证直诀》的有关内容，经武英殿用聚珍版印行，并于书首撰有《提要》。但后来《四库全书总目》却没有将此书提要收入。这其中的主要原因是，此书原非佚书，当时世上尚存清初康熙五十八年仿宋刻本。《四库提要·医家类续编》对此解释说：“真本既出，辑本自废。窃疑馆臣校上辑本之后，真本或经发见，而聚珍本业已印行，当时恐招物议，遂将辑本、真本一并置之不论，以泯形迹，而《总目》总归阙如耳。”因此，人们今天所看到的《四库全书总目》中此书的康熙58年仿宋刻本、辑自《永乐大典》的武英殿聚珍本及提要均不见载录。
根据1991年1月中医古籍出版社出版的《全国中医图书联合目录》，现今尚存的《小儿药证直诀》的版本主要有以下几种：
（一）《钱氏小儿药证直诀》三卷，附《钱仲阳传》、《阎氏小儿方论》、《董氏小儿斑疹备急方论》［宋·钱乙（仲阳）撰，阎孝忠编］
（1）清康熙五十九年庚子（1720）三友堂刻本。
（2）清康熙起秀堂影宋刻本。
（3）清康熙乾隆间刻本。
（4）日本文化二年乙丑（1805）宛委堂刻本。
（5）清道光十九年己亥（1839）起秀堂仿宋刻本。
（6）清同治元年壬戌（1862）、光绪十八年壬辰（1892）群簃刻本。
（7）清光绪十七年辛卯（1891）池阳周氏刻本。
（8）清光绪十八年壬辰（1892）姚江黄氏五桂楼刻本。
（9）1915年上海千顷堂书局石印本。
（10）1924年黄冈萧氏兰陵堂刻本。
（11）1939年上海商务印书馆铅印本。
（12）民国上海文瑞楼石印本。
（13）1955、1957年上海卫生出版社影印本。
（14）1959年上海科学技术出版社铅印本。
（15）1983年江苏科技出版社点注铅印本。
（二）《钱氏小儿药证直诀》三卷［宋·钱乙（仲阳）撰，阎孝忠编，清四库全书馆纂辑］
（1）清武英殿聚珍本。
（2）清乾隆四十五年庚子（1780）三原李氏校刻惜阴轩丛书本。
（3）清道光宏道书院刻惜阴轩丛书本。
（4）清光绪四年戊寅（1876）刻本。
（5）清光绪二十二年丙申（1896）惜阴书局刻本。
（6）清光绪二十五年己亥广雅书局编校本。
（7）见惜阴轩丛书。
（8）见丛书集成初编。
（三）《类证注释钱氏小儿方诀》［宋·钱乙（仲阳）撰，阎孝忠编，明·熊均（宗立、道轩、勿听子）注］
（1）明正德三年戊辰（1508）刻本。
（2）明万历抄本。
（3）明刻本。
（4）日本宝历十三年 未谦龙轩刻本。
（5）日本抄本。
（四）《小儿药证直诀笺正》，附阎氏、董氏方论笺正［宋·钱乙（仲阳）原撰，张寿颐（山雷）笺正］
（1）1930年嘉定张氏体仁堂铅印医药丛刊本。
（2）1931年上海千顷堂书局石印本。
（3）1958年上海卫生出版社铅本。
以上（三）、（四）两类是《小儿药证直诀》的注释本。
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