（一）标本的采集与送检
标本的采集与送检是微生物学检查的第一步，方法的正确与否直接影响病原体的检出率，因此应注意下述原则。
1．采集标本时应无菌操作，尽量避免污染；盛放标本的容器和培养基应预先进行无菌处理并贴好标签。
2．应选择感染部位或病变明显的部位采集标本，避免周围组织、器官或分泌物中的杂菌污染。
3．根据病原体在感染性疾病的不同时期的体内分布和排出部位选择在最佳时间采集适宜标本。例如，可疑伤寒的病人，在病程的1～2周取血液，2～3周时则取粪便或尿液送检。
4．对于怀疑细菌感染的标本，尽量在抗生素使用前采集，特别是对抗生素敏感的病原体，如乙型溶血性链球菌、脑膜炎奈瑟菌。
5．检查病原体的特异性抗体时，应采集急性期和恢复期双份血清，只有当恢复期血清抗体效价比急性期的效价明显升高达4倍或以上时，方有诊断价值。
6．标本采集后应及时送检。大多数细菌标本应冷藏送检，但是某些细菌，如脑膜炎奈瑟菌对低温和干燥极其敏感，应注意保温，尽量床旁接种，并预温相应的培养基。
（二）检查法
细菌检验的一般程序主要包括形态学检查、分离培养、生化试验、血清学试验以及药物敏感试验等。
1．形态学检查 包括不染色标本检查和染色标本检查，最常用的形态学检查是染色标本检查中的革兰染色法。其基本过程是标本经固定后，先用结晶紫初染，再用卢格碘液媒染，然后用95%乙醇脱色，最后用石炭酸复红稀释液复染。此法可将细菌染成两大类：不被乙醇脱色仍保留紫色的为革兰阳性菌，被乙醇脱色后复染成红色的为革兰阴性菌。革兰染色法在医学上具有重要的实际意义：①鉴别细菌。将细菌分成革兰阳性菌和革兰阴性菌，为细菌的进一步鉴定奠定基础。②选择用药。革兰阳性菌和革兰阴性菌对不同抗生素的敏感性不同，大多数革兰阳性菌对青霉素、红霉素等抗生素敏感；而大多数革兰阴性菌则对链霉素、氯霉素、庆大霉素等抗生素敏感。③与判定细菌致病性有关。大多数革兰阳性菌主要以外毒素致病；而大多数革兰阴性菌则以内毒素致病。
2．分离培养 原则上应对所有送检标本做分离培养，以便获得单个菌落后进行纯培养，从而对细菌做进一步的生物学、免疫学、致病性或细菌的药物敏感性等方面的检查，最终做出确切的报告。
3．生化试验 在得到细菌纯培养物后，用糖发酵试验、吲哚试验、硝酸盐还原试验等对细菌的酶系统和其代谢产物的检查，是鉴别细菌的重要方法之一。
4．血清学试验 利用含已知的特异性抗体的免疫血清，如志贺菌属、沙门菌属的单价和多价诊断血清，检测未知细菌的抗原，不仅能对分离培养的细菌进行种的鉴定，还可以进一步对细菌进行群和型的鉴别。
5．药物敏感试验 在已确定患者所感染的病原菌后，临床按常规用药又没有明显疗效的时候，有必要做药物敏感试验（简称药敏试验），在体外测定药物抑制或杀死细菌的能力，从而指导临床正确有效地用药。
（三）抗体的检测
病原菌侵入机体后，其抗原性物质能刺激机体产生特异性抗体。存在于血液或其他体液中的特异性抗体，常随病程的进展发生变化。用已知细菌或其抗原检测病人体内是否产生了相应的特异性抗体及其量的多少，可作为某些病原菌感染的辅助诊断。因须采集病人的血清进行此类试验，故称之为血清学诊断（serological diagnosis），如辅助诊断伤寒的肥达试验。
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