虽然猪增生性回肠炎的病因及发病机制明确，是由一种叫细菌内劳森菌的感染所产生的肠道炎症性疾病。而人体急性末端回肠炎并非如此，并非单一细菌感染所致；而慢性末端回肠炎的致病菌更加复杂，至今尚未明确。目前比较明确的是，CTI时正常肠微生态发生了变化，益生菌减少，致病菌增多。作者研究结果显示慢性末端回肠炎以厌氧菌种变化为主，需氧菌种改变较少。本病某些菌种如双歧杆菌、大肠埃希菌显著减少，而其他菌种一种或几种明显增多，如厌氧菌、需氧菌同时变化，其病变较之单一变化为重，而病损依菌种不同有所不同，与厌氧梭菌或者厌氧梭菌和需氧杆菌相关的慢性末端回肠炎多为上皮损害较重的浅表型，而与厌氧梭菌、厌氧球菌相关的慢性末端回肠炎多为增殖型或萎缩型。这可能是厌氧梭菌能产生某些外毒素，而对肠黏膜的细胞毒性作用，导致黏膜损害较重。厌氧杆菌、球菌一般不产生外毒素，上皮损害较轻，可见慢性末端回肠炎与肠道微生态改变有极密切关系。然而肠微生态的变化与肠上皮损害之间、与肠道免疫系统之间及与肠神经系统之间的关系仍不十分清楚。目前研究认为，肠道细菌可能通过如下一种或多种途径参与CTI发病。
1．肠道菌群失调后，可触发CTI发病。CTI患者肠道菌群失调，肠道内条件致病菌增多，分泌的肠毒素使肠上皮通透性增高，病菌分泌免疫抑制性蛋白，导致黏膜免疫失调，增多的致病菌直接侵袭、损伤肠上皮细胞，破坏肠黏膜屏障。肠道菌群失调时，条件致病菌数量增多，并产生一些能诱导肠道炎症的物质，这些物质能激活肠黏膜免疫系统。虽然研究证实，给大鼠结肠灌注FMLP后，肠黏膜通透性明显增高；细菌的这些产物能激活肠黏膜巨噬细胞，诱导NF-κB激活，并分泌大量细胞因子；细菌DNA的CpG基序能刺激一些免疫细胞产生Th1型为主的免疫反应；用细菌CpGs处理动物会加重动物急慢性结肠炎的病情，而在诱导结肠炎开始前，用细菌CpGs处理动物可能会诱导免疫耐受，并明显减轻结肠炎病情。但肠道细菌诱发末端回肠炎症的具体机制尚不清楚。
2．肠黏膜屏障功能缺陷，肠道通透性增高，肠腔内成分可诱发异常免疫反应。已知维持肠黏膜屏障的重要因素包括肠上皮细胞间的紧密连接和上皮细胞表面的黏液。比如N-cadherin转基因小鼠由于肠上皮细胞间紧密连接存在缺陷，容易导致肠道局部炎症和腺瘤的发生；人类IBD和实验性结肠炎的相关实验证明，肠道炎症的发生与肠黏膜屏障存在缺陷有关。但CTI患者的肠道屏障功能受损虽然存在，但是其通透性增高与否以及肠腔内的抗原及内毒素等促炎症物质如何进入肠黏膜固有层并诱发免疫反应的仍不十分清楚。
3．肠道免疫功能异常，导致对肠道内物质失去耐受。正常肠黏膜免疫系统对肠道内正常菌群耐受，肠黏膜固有层仅保持一定的前炎症状态。虽然有研究证实，从正常小鼠脾脏、小肠和大肠提取的单个核细胞与自体肠菌的裂解液共育时，不会发生增殖反应，但与异体肠菌的裂解液共育时，发生强烈的增殖反应；TNBS结肠炎小鼠肠道细菌的免疫耐受被打破，采用IL-10或者抗IL-12抗体治疗，小鼠的免疫耐受会恢复。我们的研究证实在CTI时肠道菌群发生了改变，而肠黏膜免疫系统对肠道内已发生变化菌群的耐受可能被打破。但有趣的是，CTI患者机体的血清免疫指标未见明显异常，仅有末端回肠局部免疫异常。CTI对肠道细菌耐受是如何被打破的问题仍有待进一步的研究证实。
4．肠道细菌功能的异常，导致肠上皮细胞能量及其代谢出现障碍。已知炎症性肠病某些过度生长的细菌能影响肠上皮细胞能量代谢，并导致上皮细胞受损伤，诱发肠道炎症的发生。肠道细菌的种类和功能发生了改变，回肠上皮细胞的主要能量来源可能出现问题。CTI患者肠道细菌的种类、数量也发生了显著的变化，但目前这种细菌功能改变及其意义的研究极少。
总之，目前大量的实验和临床研究均显示，肠道菌群参与了CTI的发病。但仍有以下几个问题不清楚：人群中遗传易感性？细菌及产物等抗原是如何诱导肠黏膜免疫功能失衡？为何肠黏膜免疫系统对肠腔内抗原失去耐受后引发了肠道炎症？脱硫弧菌与CTI发病的关系？
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