人类口腔内具有相对稳定的微生物群，包括细菌、真菌、病毒和螺旋体等。研究口腔内微生物的生长、繁殖等生物学特性和致病性及传播特点等，已经成为一门独立的学科即口腔微生物学。搞好口腔器械消毒灭菌，有必要了解口腔微生物学基础，认识口腔微生物致病性和传播性以及经口腔感染传播的病原微生物的各种生物学特性。
口腔器械污染首先是口腔内微生物的污染和经过口腔污染。口腔内微生物不仅是口腔疾病的病原，它们也可波及全身；全身性疾病的病原亦可经过污染口腔器械造成传播。
1.口腔内定植菌 伴随人类共同生长、相对稳定的菌群称为定植菌。人类在不同年龄阶段，口腔内定植菌群稍有变化。
（1）新生儿和婴幼儿期：主要定植菌为唾液链球菌、乳酸杆菌和白色念珠菌等。
（2）幼儿期：除有上述定植菌之外，还新增加有溶血性链球菌和变链球菌等。
（3）学龄期：在上述基础上，又增加了类杆菌、梭状杆菌、螺旋体和厌氧菌等。
（4）成人期：青春期过后，口腔内定植菌逐渐增加，常稳定在数十种乃至上百种之多，其中多数为非致病菌和条件致病菌。
2.口腔内致病菌群
（1）牙菌斑菌群：主要由细菌构成，如变链球菌、微球菌、葡萄球菌、溶血性链球菌；黏性放线菌、内氏放线菌；龋齿罗氏菌、棒状杆菌；奈瑟菌、苇荣菌；嗜血杆菌属以及梭状杆菌和弯曲杆菌等。主要致龋齿和牙周病。
（2）牙髓、根尖周致病菌群：产黑色素类杆菌群，如卟啉病菌、牙龈卟啉菌；不产黑色素类杆菌，如颊普菌、口普菌；还有梭状杆菌、消化链球菌和放线菌属等。
（3）口腔黏膜致病微生物。①病毒类：疱疹病毒（HSV）、EB病毒、人类免疫缺陷病毒（HIV）、人类乳头状病毒（HPV）、柯萨奇病毒等，这些病毒可致口腔黏膜感染或通过黏膜感染全身；②细菌类：球菌，如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肺炎球菌和链球菌等；念珠菌，如白色念珠菌、类星形念珠菌、热带念珠菌、克柔念珠菌，以及近平滑念珠菌等；③螺旋体，如梅毒螺旋体和奋森螺旋体等。
3.颌面部致病微生物
（1）病毒类：腮腺炎病毒、狂犬病病毒、风疹病毒等。
（2）球菌类：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、腐生葡萄球菌、化脓性链球菌、肺炎球菌和肠球菌群等。
（3）厌氧菌和兼性厌氧菌：破伤风杆菌、铜绿假单胞菌、结核分枝杆菌和放线菌群等。
4.经口腔传播的其他致病微生物
（1）病毒类：凡是经过血液传播的疾病的致病微生物都可经口腔器械传播，如HBV、HCV、HGV、TTV、HIV、人T淋巴细胞病毒（HTLV-1）、巨细胞病毒（CMV）等。
（2）原虫类：疟原虫和弓形虫。
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