内镜在使用过程中常被污染，使其携带大量致病微生物，可起到传播媒介作用，引起院内感染。据文献报道，内镜检查引起的院内感染率约为0.8%。20世纪80年代初，Birnie在临床实践中证实，内镜可以在患者之间传播乙型肝炎病毒（HBV）。胃镜室内空气含菌量均高于国家规定，胃镜上捡出HBsAg阳性率为18%左右，细菌污染量超标很多倍。Spach（1993）分析了1966～1992年公开报道的377例因内镜检查引起的感染病例（其中7例死亡）中，消毒方法不当占82.24%，其中采用不合适的消毒剂占10.88%，由于内镜结构复杂难以达到消毒的占37.14%，内镜自动清洁机受污染占29.71%，内镜储存过夜前未充分干燥内通道占4.51%。按内镜类型分：上消化道镜引起的感染占47.75%，下消化道镜引起的感染占26.79%，支气管镜引起的感染占25.46%。引起感染的主要微生物：绿脓杆菌占53.05%，沙门菌占22.28%，结核与其他分枝杆菌占21.22%，其中1例为HBV感染。
近年来的研究进一步证实，所有的血液传播性疾病因子，如HBV、HCV、HIV、梅毒螺旋体等都可通过内镜传播。Hanson等调查发现，在患者用后的胃镜和支气管镜上均检出过艾滋病病毒（HIV），有许多学者还注意到，一向不被注意的胃幽门螺杆菌是诱发胃十二指肠癌变的重要因素，该菌对胃镜污染相当严重，详见表20-1。表中结果显示，该菌携带非常普遍，容易造成胃镜污染。内镜污染非典型分枝杆菌的情况也十分严重，特别是气管镜不仅在消毒前检出非典型分枝杆菌，而且在消毒后的气管镜上或冲洗水中亦经常分离到非典型分枝杆菌，内镜污染SARS病毒也有报道。
内镜主要污染来源有人体自然孔道带菌污染、血液体液致病因子的污染、医务人员手或环境带菌的污染、消毒后的内镜可被冲洗水再污染等。建议医院进行内镜诊治前需对患者做乙肝表面抗原（HBsAg）等筛检，有条件的医院应进行抗-HCV和空-HIV等筛检。HBsAg阳性者、已知特殊感染患者或非特异感染患者等，应使用专用内镜或安排在每日检查的最后，避免引起交叉感染。
表20-1 胃病患者胃内幽门螺旋菌检出率
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