《内经》中记载了脑与经络联系的一些认识，在当时的认识程度上，与脑直接联系的经络有4条：其中正经2条，分别是足阳明经和足太阳经；奇经2条，分别是督脉和跷脉。进一步分析知道，督脉与脑的联系是与足太阳膀胱经一致。
足阳明脉：“胃气上注于肺，其悍气上冲头者，循咽，上走空窍，循眼系，入络脑，出顑，下客主人，循牙车，合阳明，并下人迎，此胃气别走于阳明者也。”（《灵枢·动输》）
足太阳脉：“膀胱足太阳之脉，起于目内眦，上额交巅；其支者，从巅至耳上角；其直者，从巅入络脑，还出别下项，循肩膊内，挟脊抵腰中，入循膂，络肾属膀胱。”（《灵枢·经脉》）“足阳明有通项入于脑者，正属目本，名曰眼系。头目苦痛取之，在项中两筋间，入脑乃别。”（《灵枢·寒热病》）
督脉：“督脉者……与太阳起于目内眦，上额，交巅上，入络脑，还出别下项。”（《素问·骨空论》）“从肝上注肺，上循喉咙，入颃颡之窍，究于畜门。其支别者，上额循巅，下项中，循脊入骶，是督脉也。”（《灵枢·营气》）这里督脉与脑的联系是借助于足阳明脉的。而明确提出督脉与脑的直接联系是在《难经》。《难经·二十八难》有：“督脉者，起于下极之俞，并于脊里，上至风府，入属于脑。”
跷脉：“足太阳有通项入于脑者……阴跷、阳跷，阴阳相交，阳入阴，阴出阳，交于目锐眦。”（《灵枢·寒热病》）提示了经脉从颈项部经大脑到眼的一段路径。
《内经》中还记述了其他一些经络理论，虽然没有具体的经络循行路线，但是都与脑存在明确的相关。
1.气街理论中，有“气在头者，止之于脑”（《灵枢·卫气》）的论述。原文提示了头面五官的功能活动，最终都与脑相关。从经络循行联系来说，联系到头面部的经络，最终都要汇聚到脑。因此，《灵枢·邪气藏府病形》说：“十二经脉，三百六十五络，其血气皆上于面而走空窍，其精阳气上走于目而为睛，其别气走于耳而为听，其宗气上出于鼻而为臭，其浊气出于胃，走唇舌而为味。”根据经别的联系，我们可以明确知道，所有的阴经都与向表里的阳经相合，而手足六阳经都在眼周围相交接。其次，许多经脉通过本经或经别等联系到目系而入脑。另外，头面部的其他器官，也有不同的经络终止或起始。而这些经络与脑的联系可以认为是间接的过程。
因此说，气街中的这段文字，既是对于头面五官功能的概括，也是从经络理论的角度对于脑的功能进一步阐述。脑与“十二经脉，三百六十五络”都存在着密切的关联，也可以通过全身经络和腧穴，对人体五脏六腑和四肢百骸都具有一定的调控作用。所以，也就很难说是某条脉是脑的经络。
2.四海理论中，《灵枢·海论》说：“脑为髓之海，其输上在于其盖，下在风府”。四海理论中，除了指出脑组织的性质外，并且还认识到脑的气血输注于体表有一定的部位——上抵颅骨顶盖，下至风府穴（正当枕骨大孔与第1颈椎之间）。脑与五脏六腑等组织器官一样，其气血状态也要在体表的一些部位体现出来。四海理论中记载了两处：一是颅骨顶部，一般注解为百会，因为该穴为足太阳穴与督脉的交会穴，而此二经在头顶部有“入络脑”的经络循行。而另一个部位是风府。
其实，我们可以看出来，四海理论的作者，在这里试图表达脑与体表的一定部位和腧穴的联系。当然，这些腧穴与脑之间存在一定的经络联系。
四海理论中，还有一段关于病候的文字。“髓海有余，则轻劲多力，自过其度；髓海不足，则脑转耳鸣，胫酸眩冒，目无所见，懈怠安卧。”（《灵枢·海论》）原文直接描写了一些脑（髓海）病的病候，并且还有虚（“不足”）实（“有余”）的区分。而在前面论述的与脑相关的腧穴又具有治疗这些病候的功能。“审守其输而调其虚实，无犯其害，顺者得复，逆者必败。”（《灵枢·海论》）
《内经》中还有一些文献，叙述了经络与头的联系，但是从描述的内容和列举的病候分析，实际上应该是与大脑的关系。例如：“足阳明之别，名曰丰隆，去踝八寸，别走太阴；其别者，循胫骨外廉，上络头项，合诸经之气，下络喉嗌。其病气逆则喉痹瘁瘖，实则狂癫，虚则足不收胫枯，取之所别也”（《灵枢·经脉》）。
“督脉之别，名曰长强，挟膂上项，散头上，下当肩胛左右，别走太阳，入贯膂。实则脊强，虚则头重，高摇之，挟脊之有过者，取之所别也”（《灵枢·经脉》）。
“足少阳之筋……直者，上出腋，贯缺盆，出太阳之前，循耳后，上额角，交巅上……从左之右，右目不开，上过右角，并跷脉而行，左络与右，故伤左角，右足不用，命曰维筋相交。”（《灵枢·经筋》）
十五络脉中，足阳明与督脉之别都联系到头，而记载的病候中，主要体现了大脑的病变。而经筋理论中关于“维筋相交”的讨论，直接体现在脑外伤后的一些肢体症状上，在经络原理中与跷脉也存在直接的关系。
另外，在针刺禁忌方面，《素问·刺禁论》中有：“刺头中脑户，入脑立死。”“脑户”为穴位名，属督脉，风府穴上1.5寸，枕骨上，通于脑中。因脑为髓之海，真气之所聚，针入脑则真气泄，故立死。
正如孙思邈曾指出“若针而不灸，灸而不针，皆非良医也；针灸不药，药不针灸，尤非良医；知药知针，固是良医。”可见古时就非常重视综合治疗，这对当今治疗中风有指导与启发，实践证明针药并用是有效的。
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