临床上要恰当地使用抗菌药，必须结合诊断、细菌敏感性、患者机体状况、病情轻重、药物不良反应等各方面来考虑，才能获得良好的效果。
1.要有明确的适应证 抗菌药主要是针对病原体的，病原体必须对药物具有高度敏感性，才能奏效。现有抗菌药对细菌、立克次体、螺旋体、放线菌、肺炎支原体及沙眼衣原体感染效果好；对真菌感染也有一定的疗效，但对病毒（包括RNA和DNA病毒）感染疗效不理想。因此，抗菌药主要用于细菌感染，如细菌感染的支气管炎、肺炎、脑膜炎、心内膜炎、尿道感染、胆道感染、烧伤并发感染、蜂窝织炎、丹毒、淋巴管（结）炎等；立克次体感染的斑疹伤寒、恙虫病；肺支原体感染的肺炎；衣原体感染的沙眼和鹦鹉热；螺旋体感染的钩端螺旋体病和梅毒；以及曲球菌、白色念珠菌、隐球菌引起的真菌感染等都可选用适当的抗菌药。有些感染在外科手术治疗基础上，辅以抗菌药物治疗，也可提高手术安全性和治愈率，如阑尾炎、胆囊炎、肝脓肿、气性坏疽及手部感染等手术前、后应用抗菌药，也有良好的效果。
抗菌药不宜用于下列情况：①病毒性感染，如感冒、乙型脑炎及肝炎等，现有抗菌药疗效不理想。因此，无细菌感染的情况下，不应使用抗菌药。②发热原因不明，而病情尚容许进一步找寻病因者不应轻易使用抗菌药，以免无的放矢，干扰临床症状的典型过程，增加确诊的困难而影响以后的合理治疗。③局部轻度感染或表浅伤口化脓等，无发热等全身症状，主要作局部治疗（常用碘酊、甲紫等防腐消毒药），不必全身使用抗菌药。
2.抗菌药的选择 抗菌药的种类繁多，要选择得当，可以从几个方面去考虑。
（1）病原体对抗菌药的敏感性：抗菌药的治疗作用主要是针对某种敏感细菌，同一器官的感染如病原菌不同，抗菌药的疗效亦有差异，例如肺炎球菌引起的肺炎，用青霉素效果很好，但金葡菌引起的肺炎，则常选用耐青霉素酶的异唑类青霉素或红霉素等。各种抗菌药均有一定的抗菌谱，因此，应根据病原体的敏感性，选择抗菌药。
临床上常用的选药根据有：
①按疾病主要病原菌的一般规律选药，如泌尿系统感染主要为大肠杆菌或其他革兰阴性杆菌感染，故常首选氨基糖苷类抗生素或氟喹酮酸类药；亚急性心内膜炎主要为草绿色链球菌感染，常选用氨苄西林加氨基糖苷类；痈、急性骨髓炎主要为葡萄球菌感染，常选青霉素类、红霉素或林可霉素；急性蜂窝织炎，丹毒主要为溶血性链球菌感染，常选用青霉素；肠道穿孔所致的急性腹膜炎，主要是大肠杆菌和肠球菌引起的混合感染，则常需联合用药等。此外有些疾病一经诊断，即明确病原体，便于选择药物，如流行性脑脊髓膜炎选用磺胺嘧啶，结核病选用链霉素、异烟肼等。
②根据细菌学检查（血、痰、脓液等培养）及药物敏感试验结果进行选药，这种方法可使用药的针对性加强，但缺点是不够及时，严重的疾病如果等待试验结果才选用抗生素就会耽误病情。病情轻而又无特殊表现者，这些检验也无必要。因此，临床上一般都先按病原体致病的一般规律给药，然后根据治疗结果，必要时配合细菌培养或药敏试验，适当地更换抗菌药。
（2）抗菌药在感染部位要有较高的浓度：药物与病原体接触后才能产生抑菌或杀菌的效果，因此，必须熟识各抗菌药的体内动力学特点，才能合理选用。
常用抗菌药口服吸收特点：
①青霉素类，口服可被吸收，但在胃的酸性条件下易破坏，如苄青霉素的水解半寿期在pH1时为33s，pH2时为4min，故能被吸收的量很少，常不作口服用药；耐酸的青霉素Ⅴ口服时可达有效血药浓度；氨苄西林在胃内较稳定，在pH1时半寿期约为5h，故可供口服，但由于氨苄西林为两性离子，pKa为27及72，吸收亦不完全，故口服仅用于轻型感染。阿莫西林则吸收较好。
②四环素，口服吸收不规则，吸收率为30%～70%。影响因素有：（a）易与多价金属离子如钙、镁、铝、铋及铁等形成络合物，影响吸收；（b）易受食物影响，饭后服四环素其血药浓度较空腹降低50%；（c）同时服用制酸药时，可使四环素的溶解度降低（因四环素等电点为55，在此pH下溶解度极小），吸收有一定限制，一次口服超过0.5g，血药浓度并不随剂量增加而明显提高，这是因为四环素的吸收需要载体的参与，用量大时可出现载体饱和现象。多西环素及米诺环素（二甲胺四环素）受金属离子及食物影响较小，吸收较完全。
③氯霉素，吸收比较完全，口服剂量与血药浓度成正比，近年来研究还表明氯霉素棕榈酸酯有多晶型存在，多晶型B比多晶型A溶解速度快，血药浓度也明显提高。
④大环内酯类抗菌药，红霉素在酸性条件下可急速灭活，在胃液中5min后仅残存35%活性，故常用肠溶胶囊剂或与碳酸氢钠配伍，以减少破坏，增加吸收。依托红霉素（十二烷硫酸丙酰红霉素，红霉素硫酸月桂酸酯，无味红霉素）在胃中不溶解，转移至小肠后才溶解出活性型被吸收。新红霉素如罗红霉素、克拉霉素及阿奇霉素能耐酸，口服吸收好，生物利用度高。十六元环大环内酯类抗生素如螺旋霉素、交沙霉素也可供口服。
⑤林可霉素，林可霉素口服吸收较差，空腹时吸收20%～35%，且受食物影响；克林霉素口服吸收较完全，约可吸收90%，进食对吸收影响不大。
⑥利福平，空腹口服吸收迅速而完全（90%以上），食物可明显影晌其吸收。利福平与对氨水杨酸（PAS）同时服用，也可使利福平血浓度明显降低，这是因为PAS制剂中含皂土赋形剂，妨碍利福平吸收之故。
⑦头孢菌素类，第1代头孢菌素口服吸收良好者包括头孢氨苄及头孢拉定（头孢环己烯）、头孢羟氨苄、头孢克洛，故常供口服应用。第2代口服头孢菌素如头孢呋辛及第3代口服头孢菌素如头孢克肟及头孢布丁。其他第1、2、3代头孢菌素口服均不易吸收，必须注射给药。供口服的第3代头孢菌素胃肠道吸收较好。
⑧氨基糖苷类、多黏菌素类、多烯类抗生素：口服均难吸收，故治疗全身感染时，必须注射给药。
⑨氟喹酮酸类抗菌药，本类药物口服均吸收良好，其中氧氟沙星口服生物利用度在90%以上，故常口服给药。
常用抗菌药的体内分布特点：抗菌药进入血液后，部分与血浆蛋白结合，结合型的药物暂时无抗菌活性，血浆蛋白不易从血管壁透过，与蛋白结合的药物难于自由向血管外扩散，因而不易通过各种屏障，但这种结合比较疏松，当血药浓度下降时，又能逐渐释放出游离型药物而发挥作用。由于药物只有游离型才能自由地向体内各部分转运，所以血浆蛋白结合力对药物体内分布有很大影响。大多数抗菌药吸收后可迅速分布到各组织、胸腹腔和体液中，肝、肾、肺等组织中的浓度大多数较高，为血浓度的50%～100%，但也有组织中浓度高出血中浓度数倍者。在临床用药中，药物在脑脊液、浆膜腔、关节腔等一些组织或器官的分布，以及胆汁中浓度，与药物的选用有密切的关系。
①脑脊髓液，抗菌药进入正常脊髓液较少，为血药浓度的50%以下。脑膜炎症时，血脑屏障通透性增加，抗菌药进入脑脊液增多，如青霉素（10%～30%血药浓度）、氨苄西林（10%～65%）、氯霉素（50%～100%）。四环素类如多西环素、米诺环素脑脊髓中浓度较高，后者可达50%。细菌性脑膜炎时，常采用氨苄西林及氯霉素，一般不需同时鞘内给药。结核性脑膜炎时选用利福平口服，脑脊液也可达治疗浓度。
第1，2代头孢菌素进入脑脊液浓度也不理想。第2代头孢菌素比第1代头孢菌素脑脊液浓度高，但临床上认为亦非治疗脑膜炎的首选药。第3代头孢菌素进入脑脊液药浓度较多，可达治疗浓度。
氨基糖苷类在脑膜炎时进入脑脊液浓度也不高，但初生儿血脑屏障尚未完善，非鞘内注射庆大霉素即可达有效治疗浓度。
两性霉素B在治疗真菌性脑膜炎时，亦需鞘内注射，才能达到治疗浓度。
磺胺类在脑脊液浓度较高，其中磺胺嘧啶为治疗流行性脑膜炎的首选药物，氟喹酮酸类药的脑脊液分布也较多，如环丙沙星亦可用于细菌性脑膜炎。
②浆膜腔及关节腔，抗菌药进入浆膜腔和关节腔的浓度大部分可达血药浓度的50%以上，故除囊性积液或脓液稠厚者外，一般不必局部另行给药。
③骨及前列腺，抗菌药一般不易进入骨组织及前列腺，但红霉素类及林可霉素类进入骨组织较多，故治疗葡萄球菌性骨髓炎时常选用。环丙沙星等骨组织中浓度也较高，尤适合于G-菌性骨髓炎。四环素、红霉素分布在前列腺较多，可用于前列腺炎治疗。哌拉西林及第2，3代头孢菌素及氟喹酮酸类也可达较高浓度，故也可选用。
④胆汁，药物分泌至胆汁中可达较高浓度者有青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类、利福平、林可霉素类、四环素类及氟喹酮酸类等，其中氨苄西林、头孢哌酮、利福平、红霉素，四环素及氟喹酮酸类的胆汁浓度可达血浓度的数倍至数十倍。而氨基糖苷类、多黏菌素类及万古霉素等则胆汁浓度较低。
3.患者年龄、体质和肝肾功能状态
（1）年龄：抗菌药的选用与患者年龄有较密切的关系。某些抗生素的不良反应易在小儿发生，如8岁以下儿童使用四环素类，由于药物沉积在牙釉质及骨的骨骺区，使其发育不良及牙齿变色；早产儿使用氯霉素易引起灰婴综合征，新霉素能置换血清中胆红素，引起新生儿黄疸，婴幼儿使用庆大霉素易致听力损害，氟喹酮酸类可能导致儿童及青少年软骨损害等，临床上均应避免使用。老年人使用氨基糖苷类抗菌药时，因排出减慢，一般用量常可导致第8对脑神经损害。有报道，庆大霉素与第1代头孢菌素合用时，与40岁以下患者相比，40岁以上，特别是60岁以上患者，肾毒性发生率明显增加，故宜减量或换药，氟喹酮酸类亦易引起中枢神经系统反应，老年人亦应慎用。
（2）孕妇：有报道，妊娠期使用四环素及利福平可产生畸胎，妊娠后期使用四环素可致胎儿牙齿及骨发育不良，孕妇静脉滴注较大剂量四环素易引起脂肪肝等，临床上应尽量避免使用。妊娠期长时间使用链霉素及卡那霉素等氨基糖苷类抗菌药，可引起胎儿第8对脑神经损害，出现先天性耳聋，应慎用或不用。氟喹酮酸类亦不宜选用。
（3）过敏体质：抗菌药常可引起过敏反应，青霉素类过敏发生率最高，链霉素过敏者死亡率较高，因此，有过敏体质的患者选药时必须注意有无过敏史。
（4）肝肾功能状态：肝、肾是抗菌药的重要代谢和排泄器官，同时也是维持生命的重要器官。因此，肝、肾功能不全患者选用抗菌药时应注意药物对肝、肾有无损害，另一方面应注意肝、肾功能不全时，药物代谢的可能变化，从而调整用药方案。现分述如下。
对肝脏有损害的抗菌药：①四环素类偶见致死性肝脂肪化。②红霉素酯化剂，对胆、肝细胞损害。③新红霉素类，可致暂时性转氨酶升高。④利福平，转氨酶升高，胆及肝细胞损害。⑤氯霉素，偶见肝细胞性黄疸。⑥青霉素类，偶见转氨酶升高、黄疸，可能为过敏反应。⑦氟喹酮酸类，如环丙沙星等可见暂时性转氨酶升高。
肝功能不全时，代谢消除受影响的抗菌药。
肝病时代谢消除受影响，消除半寿期延长的抗菌药有氯霉素、利福平、林可霉素、克林霉素、新红霉素、氨苄西林、羧苄西林。应注意，有人认为肝功能不良者用氯霉素抑制造血系统较明显，甚至再生障碍性贫血发生率增加。
对肾脏有损害的抗菌药：①氨基糖苷类抗菌药，直接损害肾小管，近曲小管较明显。②多黏素菌类，急性肾小管坏死。③万古霉素，可致可逆性肾功能不良。④两性霉素B，可使肾小管变性坏死，远曲小管受损更明显。⑤头孢菌素类，第1代头孢菌素多有肾损害，以头孢噻啶最常见，主要是肾小管损害，与氨基糖苷类合用可增强肾毒性。⑥四环素类，不常见。过期变质的四环素可损害近曲肾小管的重吸收功能，引起范科尼综合征。⑦青霉素类，肾毒性小，可能属过敏性。⑧磺胺类，大部分磺胺药在酸性环境溶解度降低，易析出结晶导致血尿。⑨氟喹酮酸类，有报道，可引起间质性肾炎。
肾功能不良时，消除受影响的抗菌药可分为三类：主要在肝或体内灭活者，包括氯霉素、红霉素及利福平等，这些抗菌药在肾功能不良时，无明显积蓄作用，不必调整用量。头孢哌酮主要从胆汁排泄，肾功能不全时，亦无明显积蓄作用。部分从肾排泄，但代谢仍占重要作用者，包括大部分青霉素类及部分头孢菌素类抗生素及氟喹酮酸类。
青霉素类各种青霉素的代谢分解量有一定的差异。青霉素约30%在肝代谢失活，70%原形从肾排出，其中10%由肾小球滤出，其余经肾小管排泄。加用丙磺舒时，可使其浓度增高1倍。在新生儿因肾小管功能未成熟，其血清半寿期延长。肝、肾功能不全的患者，血清药物水平的下降亦明显减慢，故应注意调整用药间隔时间。苯唑西林（苯唑青霉素）代谢物较多，破坏较快，肾功能不全时蓄积作用亦少，而氟氯西林（氟氯青霉素）则代谢较少，肾功能不良时稍有蓄积。氨苄西林口服及注射用药时，从肾排泄量分别为30%和75%，不排出的部分主要由肝代谢灭活，在肾排泄时，部分经肾小球过滤，部分由肾小管排泌，因此，加用丙磺舒亦可减慢其排泄。在无尿病人，该药平均血清半寿期从正常15h延到85h。
第1代头孢菌素中，在体内进行去乙酰化代谢的有头孢噻吩、头孢乙氰和头孢匹林（头孢吡硫）等。头孢噻吩主要通过肾小管排泌自尿中排泄，同时部分在体内去乙酰化形成去乙酰头孢噻吩，尿排出头孢噻吩原形物约65%。去乙酰化头孢噻吩仍有较弱的抗菌作用，与丙磺舒合用，亦可提高血药浓度和延长半寿期；头孢乙氰在体内的去乙酰化代谢物，24h内约排出给药量的20%，而50%以原形从尿中排出。头孢匹林也以去乙酰化而灭活，6h内约40%药量以代谢物自尿中排出，而原形排出者约50%。头孢氨苄体内代谢较少，24h尿中排出原形物约为给药量的80%，主要从肾小球过滤及肾小管排泌，丙磺舒亦可减慢其排泄，肾功能不全患者半寿期可明显延长。第3代头孢菌素中，头孢曲松经肾排泄约60%，其余在胆汁中排泄，因本药半寿期较长，肾功能不全者亦应减量。
主要依赖肾排泄者，如氨基糖苷类、多黏菌素类、万古霉素、两性霉素B、头孢噻啶及头孢唑啉，头孢呋辛、头孢孟多（头孢羟唑）、头孢噻肟（头孢氨噻肟）和头孢噻甲羧肟等抗菌药在体内几乎不代谢，原形经肾排泄，尿中原形物浓度高，故常用于泌尿道感染。应用氨基糖苷类抗菌药时，宜加服碳酸氢钠，使尿液呈碱性，以增强抗菌效果。四环素及土霉素虽部分在体内灭活，但仍以原形排出为主。上述药物的血中浓度与半寿期常取决于肾功能状态，当肾小球滤过率低于50ml/min时，这些药物在通常剂量下即可引起肾及肾外毒性。
根据肾功能损害的程度和药物代谢情况，用药选择与剂量调整的一般原则如下：①肾功能轻度损害时氨基糖苷类、多黏菌素、四环素、土霉素给药时间应予延长或减少用量。②肾功能中度损害时除上述抗菌药外，头孢噻啶应减量或延长给药间隔。③肾功能重度损害时青霉素类、头孢菌素类及氟喹酮酸类应减量或延长给药间隔时间；氨基糖苷类、多黏菌素、四环素、土霉素等最好不用。
肾功能不全时，可根据血清肌酐清除率计算用药剂量及用药间隔时间。
患者的每日剂量＝正常每日剂量×（患者的k/正常的k）＝正常每日剂量×（正常t1/2/患者t1/2）
患者用药间隔时间＝正常用药间隔时间×（正常的E/患者的E）＝正常用药间隔时间×（患者t1/2/正常t1/2）
k＝a＋b×CCr
a＝肾外消除速率常数
b＝肾消除速率与内源性肌酐清除率之间的比例常数
CCr＝肌酐清除率（100ml/min）
E为消除速率常数
4.药物上市情况及医师的实践经验 用药时，一般首先选用药源丰富，医师对其实践经验多、疗效好、不良反应较少的药物，临床上常称为“一线药”，只有在“一线药”效果不佳或患者不宜选用（如过敏反应）或病情严重，病原体抗药株多见的情况下才考虑选用新的抗菌药。
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