内经五行理论主要在于五行对应五脏，其对应关系排列于下。
五行存在生克关系，内经关于五行相克的内容，记载如下：《宝命全形》“木得金而伐，火得水而灭，土得木而达，金得火而缺，水得土而绝。”
内经的确应用这种相克关系于五脏间，《玉机真脏》“五脏受气于其所生，传之于其所胜，气舍于其所生，死于其所不胜。病之且死，必先传行，至其所不胜，病乃死。此言气之逆行也，故死。肝受气于心，传之于脾，气舍于肾，至肺而死。心受气于脾，传之于肺，气舍于肝，至肾而死。脾受气于肺，传之于肾，气舍于心，至肝而死。肺受气于肾，传之于肝，气舍于脾，至心而死。肾受气于肝，传之于心，气舍于肺，至脾而死。此皆逆死也”，这段经文中用了五行的生克关系，以肝为例，由木生火，故肝（木）受气于心（火），木克土，故肝传之于脾（土），水生木，故气舍于肾（水），金克木，故至肺（金）而死。即满足“五脏受气于所生，传之于其所胜，气舍于其所生，死于其所不胜。病之且死，必先传行，至其所不胜，病乃死。”内经这些理论显然具有天人感应的成分，不为临床所支持，后代医家经常使用五脏间的相克关系，但是这种理论不管在中医病理学、病原学或者生理学上都没有形成重要的理论，从而是无足轻重的理论。
五行的相生关系，《阴阳应象》“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心，肝主目。”
“南方生热，热生火，火生苦，苦生心，心生血，血生脾，心主舌。”
“中央生湿，湿生土，土生甘，甘生脾，脾生肉，肉生肺，脾主口。”
“西方生燥，燥生金，金生辛，辛生肺，肺生皮毛，皮毛生肾，肺主鼻。”
“北方生寒，寒生水，水生咸，咸生肾，肾生骨髓，髓生肝，肾主耳。”
描写了“肝生筋，筋生心”、“心生血，血生脾”、“脾生肉，肉生肺”、“肺生皮毛，皮毛生肾”、“肾生骨髓，髓生肝。”后人都理解为木生火、火生土、土生金、金生水、水生木。这种五脏相生关系，内经所述仅此而已，并没有在内经所研究的大量生理学、病理学和病因学中得到应用。内经所研究的五行理论，几乎都属于天人感应范畴，从而整个五行理论的医学意义是很低的，无怪仲景几乎绝口不谈五行。后人虽然把五行对应五脏的生克讲得比较多，却没有形成有价值的理论，临床意义也很小。
在五行天人感应理论中，大量的是与阴阳配合，而且这部分也是内经中比较艰深的理论，我们自然不能回避。下面我们加以研究。
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