任何分类方法的准确性和实用性都会受到对所涉及的机制认识程度的限制。许多不良反应涉及一种易被识别、易治疗或易避免的简单机制，但有些不良反应涉及一种以上机制。药品不良反应有多种分类方法，下面介绍药理学机制分类方法及Rowlins和Tompson因果关系分类法。
（一）药理学机制分类
1．甲型不良反应 又称A型不良反应或剂量相关性不良反应，是由药理作用增强或持续所致，其特点是具有剂量依赖性，可以预测，一般与药品剂量有关，其在人群中的发生率虽高，但危险性小，病死率低。甲型不良反应的严重程度直接与所用药物的剂量成比例，故可根据病人的需要和耐受程度调整剂量来防治。甲型不良反应通常可在动物毒理学研究中发现，成为预测人体可能发生某些不良反应的依据。甲型不良反应包括：药品的副作用、毒性反应以及继发反应、首剂效应、后遗作用等。
2．乙型不良反应 又称B型不良反应或剂量不相关性不良反应，是与正常药理作用完全无关的一种异常反应，通常很难预测，大多数具有遗传药理学基础的反应只能在病人接触药物后才能发现，因而难以在首次用药时预防这类不良反应发生。虽然其发生率较低，但病死率较高。如红细胞葡萄糖-6-磷酸脱氢（G-6-PD）缺乏、遗传性高铁血红蛋白症、血卟啉症、氯霉素诱发的再生障碍性贫血、恶性高热、周期性麻痹以及口服避孕药引起的胆汁淤积性黄疸等。可能是遗传药理学变异引起，或者为获得性药物变态反应。
（二）Rowlins和Tompson因果关系分类
药品不良反应的发生机制是比较复杂的，1977年，Rowlins和Tompson根据药品不良反应与药理作用的关系，将其归纳为A型和B型两大类。2000年，Rowlins和Tompson针对原有分类的不足，根据作用机制又将药品不良反应进一步细分，具有简单实用的特点，与原方法相比，内容更丰富，定义更仔细，共分成9类。
1．A类（augmented）反应 即扩大的反应，是药品对人体呈剂量相关的反应，它可根据药品或赋形剂的药理学和作用模式来预知。这些反应仅在人体接受该制剂时发生，停药或剂量减少时则可部分或完全改善。A类反应是不良反应中最常见的类型，常由各种药动学和药效学因素决定。
2．B类（bugs反应）反应 即由促进某些微生物生长引起的不良反应。该类反应在药理学上是可预测的，但与A类反应不同，因为其直接的和主要的药理作用是针对微生物体而不是人体。如含糖药品引起的龋齿，抗生素引起的肠道内耐药菌群的过度生长，广谱抗生素引起的鹅口疮，过度使用某种可产生耐药菌的药品而使之再次使用时无效。应注意，药品致免疫抑制而产生的感染不属于B类反应。
3．C类（chemical）反应 即化学的反应，许多不良反应取决于药品或赋形剂的化学性质而不是药理学性质。它们以化学刺激为基本形式，这就使得在使用某制剂时，大多数病人会出现相似的反应。C类反应的严重程度主要与起因药品的浓度有关，而不是与剂量有关。此类典型的不良反应包括外渗物反应，静脉炎，药品或赋形剂刺激而致的注射部位疼痛，酸碱灼烧，接触性（“刺激物”）皮炎以及局部刺激引起的胃肠黏膜损伤。这些反应不是药理学上可预知的，但了解起因药品的生理化学特性还是可以预测的。
4．D类（delivery）反应 即给药反应，许多不良反应是因药品特定的给药方式而引起的。这些反应不依赖于制剂成分的化学或药理性质，而是因剂型的物理性质和（或）给药方式而发生的。这些反应不是单一的，给药方式不同，不良反应的特性也必将不同。其共同的特点是，如果改变给药方式，不良反应即可停止发生。如植入药品周围的炎症或纤维化，注射液中微粒引起的血栓形成或血管栓塞，片剂停留在咽喉部，用干粉吸入剂后的咳嗽，注射液经微生物污染引起的感染。应注意，与注射相关的感染属D类，不是B类。这些感染的发生与给药方式等有关，与所用药品无关。B类反应则为药品与微生物之间的直接相互作用。
5．E类（exit）反应 即撤药反应，通常所说的撤药反应是生理依赖的表现。它们只发生在停止给药或剂量突然减小后。与其他继续用药会加重反应的所有不良反应不同，该药再次使用时，可使症状得到改善。反应的可能性更多与给药时程而不是剂量有关。此外，虽然这些反应一定程度上是药理学可预知的，但撤药反应的发生也不是普遍的，许多病人虽然持续大剂量使用也不一定会发生此类反应。常见的可引起撤药反应的药品有阿片类，苯二氮类，三环类抗抑郁药，β受体阻滞药，可乐定和尼古丁等。
6．F类（familial）反应 即家族性反应，某些不良反应仅发生在那些由遗传因子决定的代谢障碍的敏感个体中。一些较常见的家族性障碍有葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺陷（G-6-PD）、苯丙酮酸尿、C1酯酶抑制剂缺陷，卟琳症和镰状细胞性贫血。有上述代谢障碍的人群易发生的不良反应，在无此障碍的其他人群中，不管剂量多大也不会发生。例如，G-6-PD缺陷的病人，使用奎宁时可能会出现溶血，而其他个体即使奎宁用量很大也决不会发生。
7．G类（genetotoxcity）反应 即基因毒性反应，许多药品能引起人类的基因损伤。值得注意的是，有些是潜在的致癌物或遗传毒物，有些（并非全部）致畸物在胎儿期即使遗传物质受损。
8．H类（hypersensitivity）反应 即变态反应，可能是继A类反应后最常见的不良反应，类别很多，均涉及免疫应答的活化。它们不是药理学上可预测的也不是剂量相关的、因此，减少剂量通常不会改善症状，必须停药。如变态反应，过敏性皮疹，光变应性，急性血管性水肿，过敏性胆汁阻塞，过敏介导的血质不调。
9．U类（unclassified）反应 即未分类反应，为机制不明的反应，如药源性味觉障碍，辛伐他汀的肌肉不良反应，气体全麻药品的恶心、呕吐反应。
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