（一）肺炎链球菌
肺炎链球菌是CAP最常见的致病菌，也见于HAP，ICU病房可常见。耐青霉素的肺炎链球菌（PRSP）已在世界范围内流行，耐药率迅速增高，而且PRSP多数对大环内酯类、磺胺类、多西环素等药物的敏感性有所下降，呈多重耐药（DRSP）。我国目前PRSP的流行率因时间、地区、调查方法的不同而有明显的差异，耐药率为：1．2%～46．9%，绝大部分为中介水平耐药（MIC 0．12～1．0mg／ml）。对中介耐药的肺炎链球菌仍可选用青霉素，但需提高剂量，对PRSP必要时可选用万古霉素，也可选用其他敏感药物。有研究证明，对肺炎链球菌所致的菌血症，联合用药比单一使用β-内酰胺类药物治疗可明显改善预后，与大环内酯类连用可减轻肺及全身炎症反应过程。
（二）葡萄球菌
金黄色葡萄球菌医院内感染较多见，也见于CAP。现凝固酶阴性菌感染呈增高趋势，耐药菌MRSA、MRSE也在增多，已成为治疗中的难题。
MSSA：可首选苯唑西林或氯唑西林单用，或联合阿米卡星。也可选用第一、二代头孢菌素类，克林霉素，氟喹诺酮类。
耐甲氧西林金葡菌（MRSA）、耐甲氧西林表皮葡萄球菌（MRSE）：万古霉素的疗效肯定，可首选。替考拉宁对MRSA、MRSE也有很强的活性，可以选用。替考拉宁常用剂量为：前三剂400mg，静脉滴注，q12h，以后根据病人肾功能情况调整剂量，肾功能正常病人维持剂量为：200mg，静脉滴注，qd。有人认为此药可诱导葡萄球菌和肠球菌对糖肽类药物产生耐药，故应用时应严格掌握指征。
（三）肠球菌
主要是粪肠球菌和屎肠球菌，此菌院内感染不断增多，有基础疾病的病人可引起重症感染。肠球菌耐药严重，对青霉素、头孢菌素类常常耐药，对万古霉素也有耐药菌产生，且有增多趋势。
可首选万古霉素，对万古霉素耐药肠球菌（VRE）可试用替考拉宁。肾功能不全或不能耐受万古霉素的病人以及耐万古霉素的屎肠球菌感染者可使用利奈唑胺。利奈唑胺常用剂量为：600mg，静脉滴注或口服，q12h，疗程一般为10～14d，屎肠球菌感染及并发的菌血症疗程为14～28d。
（四）流感嗜血杆菌
首选第二、三代头孢菌素类，新大环内酯类，氟喹诺酮类，也可选用β-内酰胺类／β-内酰胺酶抑制药，如氨苄西林／舒巴坦钠、阿莫西林／克拉维酸等。
（五）肠杆菌科（主要包括大肠埃希菌、克雷伯杆菌、变形杆菌、枸橼酸杆菌、肠杆菌属等）
此类G-杆菌感染一般可首选第二、第三代头孢菌素，氟喹诺酮类，β-内酰胺类／β-内酰胺酶抑制药，上述药物中的多数可与氨基糖苷类联合应用。
肠杆菌科有多种细菌产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）和（或）头孢菌素酶（AmpC），如克雷伯杆菌、大肠杆菌、阴沟肠杆菌、枸橼酸埃希菌等，且有逐渐增多的趋势，这些菌多重耐药，尤其是第三代头孢菌素类耐药，给临床治疗增加困难。产ESBLs和AmpC酶的细菌，对头孢吡肟、亚胺培南、美洛培南是敏感的，重症病人可考虑首选第四代头孢和碳青霉烯类。并可与阿米卡星或喹诺酮类联用。
（六）铜绿假单胞菌
该菌是HAP常见的病原体，临床常因其高耐药性，使治疗非常棘手。此菌感染可选用以下药物：头孢菌素类如头孢他啶、头孢吡肟；碳青霉烯类；β内酰胺类／β内酰胺酶抑制药如头孢哌酮／舒巴坦，哌拉西林／他唑巴坦；氨基糖苷类如阿米卡星；喹诺酮类以环丙沙星、左氧氟沙星对此菌活性较强。
高耐药菌多主张联合用药，上述β-内酰胺类与氨基糖苷类联合最常用，β内酰胺类也可与喹诺酮类联用。
（七）不动杆菌
不动杆菌的耐药性明显增多，特别是鲍曼不动杆菌多呈多重耐药性。治疗此类不动杆菌可选择第四代头孢菌素、碳青霉烯类、氟喹诺酮类联合阿米卡星。对亚胺培南耐药的鲍曼不动杆菌可用头孢哌酮／舒巴坦、哌拉西林／他唑巴坦联合氨基糖苷类药物。
（八）嗜麦芽窄食单胞菌
此菌感染有增多趋势。值得注意的是该菌具有广泛的耐药性，几乎对所有的β-内酰胺类均耐药，对氨基糖苷类和喹诺酮类也耐药，对碳青霉烯类耐药率达90%以上，当应用上述药效果差时，应想到此菌感染的可能性。
临床明确此菌感染时，首选替卡西林／克拉维酸复合剂治疗，替卡西林／克拉维酸1．6～3．2g，静脉滴注，q6h～q8h。复方磺胺甲唑，2～4片，口服，q8h～q12h。米诺环素也有较高的敏感性，首剂0．2g，维持剂量0．1g，口服，每日1次。
（九）军团杆菌
首选红霉素单用或联合氟喹诺酮类，也可选用新大环内酯类或多西环素联合氟喹诺酮类。红霉素，0．5～1．0g，静脉滴注，q8h～q12h。多西环素，首日：0．1g，口服，q12h，维持剂量0．1g，口服，每日1次。阿奇霉素，0．5g，口服或静脉滴注，每日1次，疗程为5d。
（十）肺炎支原体、肺炎衣原体
两种病原体用药基本一致，应首选红霉素（目前多用阿奇霉素），也可选用其他敏感的大环内酯类、喹诺酮类，多西环素也有较好的疗效。
（十一）厌氧菌
首选甲硝唑，也可用替硝唑或其他敏感药。甲硝唑，0．5g，静脉滴注，q8h；或0．4g，口服，每日3次。疗程不少于7d。
（十二）真菌
国内引起呼吸道感染的常见真菌主要有念珠菌、新型隐球菌、组织胞浆菌、曲菌等，要依据不同的真菌选择敏感性强的抗真菌药。
氟康唑对大多数念珠菌、新型隐球菌和组织胞浆菌敏感，对曲霉菌耐药，可首选。氟康唑200mg，静脉滴注，q12h。伏立康唑，负荷剂量，400mg，静脉滴注，q12h；维持剂量200mg，静脉滴注，q12h。氟康唑和伏立康唑均有口服制剂，适当时候应将静脉给药改为口服给药。深部真菌感染疗程通常不少于4～6周。
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