CT的应用，使泌尿系统疾病的正确诊断率显著提高，横断面CT图像清晰，对脂肪及钙化显示清晰，对泌尿系统疾病的诊断多优于X线。静脉注射对比剂后进行CT扫描，可显示肾功能改变，有助于病变的定性诊断。
1．肾肿块 CT对肾癌可以显示肿块的大小、形状及密度改变，CT容易反映肿瘤内的出血、囊性变和钙化。CT增强可以更清晰地显示肿瘤，对显示肿瘤的范围及周围侵犯准确。术前CT的肾癌分期正确率＞90%。确定肿瘤侵犯下腔静脉和肾静脉的正确率为78%～93%。病理上显示的肾周蔓延的80%CT可以显示，如显示肾周脂肪、肾筋膜、腰椎骨质等的侵犯和破坏及肾内、肾周、脊柱旁的淋巴的增大、肝转移等。CT增强扫描对于显示较小的肾盂癌有价值，表现为分叶状肿块或小的结节灶，排泄期肾盂充盈对比剂时显示充盈缺损有助于诊断。CT对于肿瘤的术后复发、转移的诊断有重要价值。
CT上肾内单发或多发软组织肿块内发现有脂肪密度，CT值－70～－100HU，是肾血管平滑肌脂肪病的特征。单纯脂肪密度影者为脂肪瘤。
肾脏平扫表现为水样低密度肿块，增强扫描不强化是多种肾囊肿类病变，如单纯性单发性肾囊肿或多发性肾囊肿、肾盂旁囊肿、多囊肾等的特征性改变。
2．肾感染 CT对钙化检出率较高，有助于对肾结核的诊断，CT增强扫描对诊断肾的感染有帮助，肾脓肿的CT表现与肝脓肿类似，结合肾周受累的表现，容易诊断。
3．泌尿系结石 CT对泌尿系结石的检出率高于X线。部分X线不易发现者CT可显示，CT沿积水的输尿管向下追踪扫描易发现输尿管结石，一般不受肠腔的影响，优于超声，CT对肾积水诊断确诊率达100%。
4．肾外伤 CT对肾外伤的诊断安全迅速，可以明确外伤的范围、类型、程度，为临床治疗及时提供依据。
5．输尿管疾病 同样，CT增强及排泄期输尿管积水对比剂受阻，有助于诊断输尿管肿瘤及其他原因造成的阻塞和狭窄，如输尿管癌、结核、炎症、输尿管外的占位性病变等，并能明确病变与周围结构的关系。螺旋CT泌尿系统成像（SCTU），通过工作站行最大密度投影（MIP），可以显示泌尿系统的形态，该技术可以代替常规泌尿系统造影和常规CT，由于是三维显示，图像可以任意旋转，排除了骨、肌肉及脏器的影响，即使阴性结石也可显示充盈缺损，可避免常规CT造成病变的遗漏。
6．先天性异常 CT平扫结合增强扫描可以显示多种肾、输尿管、膀胱等的变异和先天性畸形，如异位肾、马蹄肾、重复肾、肾盂输尿管重复畸形、输尿管移位开口、输尿管膨出、输尿管囊肿、膀胱外翻、膀胱憩室等。
7．移植肾 CT和显示肾移植的并发症、排异反应等有重要价值。螺旋CT血管造影（CTA）能清晰地显示肾动脉形态，并对肾动脉狭窄作出可靠的判断。MDCT肾血管成像可以清晰显示肾动脉及肾静脉的形态异常，是肾移植肾供体评价及肾移植后血管狭窄诊断的首选方法。
8．膀胱疾病 CT对膀胱癌大小、范围、邻近侵袭、盆壁受侵及远处转移的判断有重要价值。CT对膀胱癌临床分期的判断准确率高，可达90%，比膀胱造影准确得多。特别是CT增强扫描对癌的盆腔淋巴结转移的发现优于超声检查。对盆壁骨骼的侵犯的显示，更是优于其他方法。
9．前列腺疾病 虽然CT对前列腺的显示十分清楚，大小的测量很准确，但即使CT增强扫描也很难诊断局限于前列腺轮廓内的较早期无转移的前列腺癌。CT对于明确诊断者寻找有无转移灶有意义，特别是对骨骼的转移，因此，CT有助于对前列腺癌的分期。
10．睾丸疾病 隐睾的定位诊断应首选CT。
11．肾上腺疾病 CT薄层扫描可以清楚地显示双肾上腺的“一”字、“人”字、倒“V”字、倒“Y”字等形态，并可与同层面的膈肌脚厚度对比。所以CT已成为诊断肾上腺病变的首选检查方法。可以显示肾上腺弥漫性或结节状的增生改变；也可以发现＜1cm的肾上腺腺瘤。多层螺旋CT多平面重建可以立体观察肾上腺及病变的形态。CT横断面扫描较超声更易检出双侧肾上腺肿瘤及异位嗜铬细胞瘤。由于肾上腺是转移瘤的好发部位，因此CT肾上腺检查是胸腹部恶性肿瘤分期的常规检查项目。但CT表现正常者不能排除增生，极度消瘦者肾上腺显示欠佳。同时，对各种肾上腺肿瘤定性诊断，须与临床和生化检查结合综合作出判断。
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