针对Hartmann-Shack波前像差仪的数据采集，利用Zernike多项式和傅立叶级数算法都能够较好的重建出眼波前表面。其中，Zernike多项式是一个标准的正交多项式，具有比较好的重建效果。而迭代傅立叶法重建则主要有以下优点：①在信息处理包括眼波前重建中，快速傅立叶变换算法是目前最好的；②数据取样可以总是象Nyquist理论所规定的那样被优化；③抑制噪声方面效果比较好。
最近的研究对这几种波前重建方法进行了比较，结果显示：迭代傅立叶重建的误差要低于Zernike多项式法，而随着Zernike多项式阶数的逐渐增加，Zernike重建的误差也会逐渐减小，但是相应的算法就更复杂。
瞳孔大小也会对眼波前重建误差产生较大影响。例如，瞳孔直径在3mm时，Zernike多项式的优化阶数应该为6，瞳孔直径在4～5mm时，Zernike多项式的优化阶数应该为8，而瞳孔直径在6 mm时，Zernike多项式的优化阶数应该为10。但是，即使我们不断地增加Zernike多项式的优化阶数，其眼波前重建所产生的误差也要大于迭代傅立叶方法见表2-5。
此外，在眼波前重建的时间上，迭代傅立叶方法也要明显快于Zernike多项式法。因为快速傅立叶变换的算法为N In N算法，而Zernike多项式法为N 2算法见表2-6。
总之，Zernike多项式和傅立叶级数在数据处理上的确存在较大差别，这些差别将会对眼波前的临床检查和手术带来一定影响。二者之间的基本比较见表2-7。此外，我们还可以用图示法进一步说明Zernike多项式和傅立叶算法之间的区别（图2-22）。
表2-5 在不同瞳孔大小情况下，迭代傅立叶级数和Zernike多项式重建之间的误差比较
（引自：Guang-ming Dai：Wavefront Optics for Vision Correction）
表2-6 不同样本情况下，迭代傅立叶级数和Zernike多项式重建之间的时间比较（单位：秒）
（引自：Guang-ming Dai：Wavefront Optics for Vision Correction）
表2-7 Zernike多项式和傅立叶算法的区别
图2-22 Zernike多项式和傅立叶算法之间的区别
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