头痛作为一个临床十分常见的症状，除了大部分由于颅内或颅外的器质性和功能性病变引起之外，一些全身性的疾病也能出现头痛。
（1）感染性疾病：几乎所有的伴有发热的全身各系统感染性疾病都能引起头痛。发热使脑部血流及代谢增加，毒素也是促进头部血管扩张的一个原因。
（2）呼吸系统疾病：常见的上呼吸道感染，由细菌或病毒感染引起的感冒头痛。其次较为多见的是肺气肿或支气管扩张、肺功能不全而引起的头痛。产生的原因是二氧化碳潴留和缺氧，由于高碳酸血症引起一系列血液化学改变，导致脑血管扩张而产生头痛。
（3）循环系统病变：如高血压、低血压和心功能不全。血压的变化是引起头痛的重要原因，主要是由于压力变化而引起血管舒缩功能障碍所致。急慢性心功能不全引起头痛，是循环障碍导致颅内静脉淤血和缺氧所致。另外，可以见到以头痛为首发症状的急性心肌梗死。
（4）消化系统疾病：消化不良、顽固性便秘、肠道寄生虫、急慢性胃肠炎以及肝功能不全、溃疡性结肠炎等疾病均可出现头痛症状。主要原因是肠道积蓄过多的有害物质被吸收（如细菌和寄生虫的代谢产物，有毒物质），不能充分解毒处理，发生自体中毒所致。
（5）泌尿系统疾病：如急慢性肾炎、尿毒症、肾功能不全以及肾性高血压等均可引起头痛。主要是由于体内有毒的代谢产物不能及时从肾脏排出，在体内积蓄过多而引起全身血管、组织的代谢紊乱而出现头痛。另外，老年人的前列腺癌、膀胱癌极易转移到脑内而产生脑瘤性头痛。
（6）全身代谢性疾病：如高原头痛，实质是一种低氧性头痛，患者抵达海拔3 000米以上高原后24小时内发生头痛，伴有过度呼吸或活动后呼吸困难，吸入氧气可使头痛缓解或消失。还有低血糖性头痛，在胰岛细胞瘤、糖尿病患者注射胰岛素过多情况下发生，也可见于过分禁食、节食减肥的人。另外，夏天老年人或儿童中暑也会出现头痛，产生的原因可能是一方面由于体温升高，脑血流量增加，另一方面可能由于水、电解质紊乱使脑脊液压力降低所致。
（7）全身性的中毒：几乎所有的内源性、外源性中毒，均伴有头痛。头痛可以作为中毒的早期症状，也可以作为急、慢性中毒的主要症状及急性中毒之后恢复期症状之一。
临床较多见的中毒有工业生产中的毒物中毒，如铅、锰、氯气、一氧化碳、二氧化碳、苯、甲醇等毒物引起的中毒。煤气中毒引起头痛在冬天生炉子的地方十分常见。此外还有有机磷农药中毒、药物中毒、食物中毒等均有不同程度的头痛。
（8）其他内科疾病：如血液系统的贫血、内分泌系统的甲状腺功能亢进症、更年期综合征，以及各种自身免疫和变态反应性疾病等，均能产生头痛症状。
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