《神农本草经》最后成书，约不迟于东汉末年、三国初年。如以公元280年孙吴灭亡起算，西晋只有十年安宁，随后是十六年的八王之乱（公元290－306年）、北方少数民族先后兴起，到了晋怀帝司马炽永嘉五年（辛未，公元311年），汉（前赵）大军石勒、刘曜、王弥攻破西晋京都洛阳，怀帝流亡、被掳，永嘉七年（癸酉，公元313年）遇害，天下大乱。西晋愍帝司马邺建兴四年（丙子，公元316年）西晋灭亡。晋室南迁东渡，东晋一百年偏安江左。中原大地战乱频仍，晋亡后一百六十九年（公元420－589年）的南北朝，南朝换了四个朝代，北朝十六国更迭，中华民族遭受了近三个世纪的兵燹战乱。
这样大规模的战乱频仍，继之饥荒瘟疫，客观上促进医药学术的发展。
从汉武帝谴使通西域，陆、海丝绸之路开通。随佛教文明的输入，西域和古印度文明也介绍到中国，中外经济、文化的交流，使中国人的眼界大开，对世界的认识、了解，也远远超过前代，许多海外、域外的产物、医药理论技术也被介绍进来，并以各种形式，融入中医药学术中。
由于战乱，前代医药著作大量丧失，正如陶弘景所说：“遭汉献迁徙，晋怀奔迸，文献焚靡，千不遗一”，也促进了对医药著作的需求。客观上，也亟须对前代医药著作的辑校、整理。王叔和、皇甫谧、葛洪、陶弘景等医药学家的著作起到重大作用。
纸在东汉时期已经发明，纸的质量、种类逐渐发展，到了本时期，纸真正成为著作的载体，也便于抄写、传播。张华《博物志》、陆机《诗疏》、葛洪《西京杂记》、郭璞注《尔雅》《山海经》、贾思勰《齐民要术》……都是这一时期问世的著作。就连郦道元《水经注》这样一部地理专著，也博引《春秋三传》《诗经》《尔雅》《汉书·地理志》《竹书纪年》《山海经》《穆天子传》《世本》《本草》《神农本草经》等古著，卷前还大段征引佛经故事，讨论古印度、天竺地理、自然环境、风土人情。
许多古代医药著作，虽然不称为本草，也不具备后来本草著作的形式、架构，但同样是本草文献的重要基础。如《刘涓子鬼遗方》开创、讨论了后世外治方、膏药、疮疡用药等方法。葛洪（后经陶弘景增补）《肘后备急百一方》介绍许多传染病用药，并大量搜集民间单秘验方；《眼科龙目论》则是第一部眼科专著，书中还专门汇集了眼科用药；《产经》不仅论及妇产科，还广泛论及儿科方药，据记载，其中还专门汇集了妊娠禁忌药，是妊娠禁忌药最早记载［1］……这些非本草的医药著作，有的至今已经不全或失传，但其中许多内容为后世诸家本草所引述，也应视为重要的本草学参考文献。
前面谈到服食。有的因其主要原料多为矿物质，而专称“服石”，大约起源于晋人皇甫谧，实际他也是汇集前人传授而提出的。到后来，逐渐分为三大支，即：①服食药物（所谓丹药、仙药、大药）；②服食特定的天然物：矿物、动物、植物；③避谷（即逐渐减少食纳普通食物，靠呼吸空气、采食山泉、露水或其他野生植物延长生命，也有专用的避谷方药）。
这三支有的单独使用，有的则互相配合，第一支要消耗大量赀财，有时还要求特定机缘，不是一般人所能办到的。第二支则是依特定的规范选定服食原料，如雄黄、朱砂、硫黄、钟乳石、紫石英、琥珀……形成在中国上流社会中流行近千年的服食（石）风气，除矿物药外，后来在各种本草、方书中常常提到的人参、党参、黄精、玉竹、苍术、松香、松、柏枝叶、种子、菊花、莲子、桂、石菖蒲……也常指认为服食（石）佳品。这些门类众多的服食原料，有关出产、质量、制作，都有超过一般药物的规范要求，成为本草的重要补充。服食（石）矿物药的，会发现各种累积的慢性、亚急性中毒症状及其表现、治疗，又从另一方面丰富了本草的内容。
服食（石）的另一个发展，是有关饮食方面的认识，一些早期食疗著作，可能也是在这时产生的。
这时，更多的、新的医药知识，从不同的途径进入知识界，由于客观环境的需要，以及纸张、书籍的普及，医药知识已经不再是绝学、保密的东西，许多知识分子不同程度地掌握医药知识、技能。一方面是前代医药典籍的丢失，一方面是众多新医药知识的涌入，客观上要求本草的又一次大总结。
这一次大总结的主角是梁代的陶弘景（公元456－536年）。他是一个学问家，又是一个道教徒，至今，《道藏》中还保存着许多以他署名的道教著作；他还皈依过佛教，受过戒，思想上杂合道、释、儒三家的理论体系，对于炼丹、天文历算、医药都有很深的造诣。据记载，他整理过葛洪的《肘后方》，编辑《药总诀》《陶氏效验方》等医药著作，最重要的是整理、编校《本草经集注》和《名医别录》。
《本草经集注》也叫《神农本草经集注》。从书名上可以看出，这是一部汇集前人注解、讨论《神农本草经》的新的本草著作。本书大致有三类内容：其一是修订、整理的《神农本草经》，包括《神农本草经》的三品提法，365种药物，实际都是本书首先提出的；其二是搜集、编辑当时或前代医家的本草知识、见解，作为《神农本草经》的注解，这一部分不是《神农本草经》原有的，有一部分可能来自另一部本草《名医别录》，这一部分附加内容，开创了后世本草加注形式的先河，从《新修本草》到《本草品汇精要》都有注明《别录》或《名医别录》《名医所录》等内容；其三是陶弘景本人的医药见解、经验、文史知识以及其他非医药著作的内容。主要有本书前的序例（序录）部分和书后的“有名未用”部分。
《本草经集注》序例中，编辑、整理了不同病证的主要用药（有人称之为“百病主治药”）和药物的七情配伍（有人称之为“七情表”），这种形式也为后来的许多主流本草所采用。
为了阅读方便，原来的《本草经集注》将《神农本草经》原文，即所谓“经文”用大字、红色书写；所谓“百病主治药”的药性，在药名前，点上红点表示性温（热），黑点表示性凉（寒），不点点表示性平。这种形式，在本草抄写本中一直沿用，后世有了印刷术，虽然有所改变，但一直保持着类似形式，这也是一个创举。
陶弘景在《本草经集注》中，多次记录自己的观察、经验，包括自己的辨证、推理，不同于西汉以来文人、儒士以经解经的研读古代典籍模式，这一类内容，也由于陶弘景本人的政治地位、学术影响，而为后代所重视，也成为后世主流本草的基本形式，成为本草文献的一个特色。
《本草经集注》是陶弘景的私人著作，他不是政府官员，也没有得到当时政府的授权、授意，他出仕齐高帝萧道成（公元480－482年），入梁不仕，隐居茅山，梁武帝萧衍对他非常敬重，虽隐居山中，朝中大事，武帝辄就咨询，俨然国师，时人号为“山中宰相”，其威望可以想见。当时的条件下，又兼没有先例，没有可比的古著。《本草经集注》的权威性、实用性就此树立。
《本草经集注》从一诞生就树立了主流本草的形象，后世许多本草文献中，所说《本草》《本经》或《经》常常即指本书。
由于弘（其同音字宏）、景都是姓名的常用字，为避讳（有时是避统治者名讳，有时是避这些人某一显赫先人的名讳，有的是避正讳，有的是避偏讳或嫌讳），后世学者有人改称弘景为宏景，但也还容易触犯，唐、宋以降，许多著作都不称陶弘景名而改称陶隐居或迳称隐居，其实陶虽长时隐居，却从未自称隐居。
《本草经集注》以其权威性、实用性，很快就得到医药界的认可、重视，广为流传，几乎视同准药典。据说［2］，传入日本后，曾经被当时的日本政府指定为医人必读的经典。
与《本草经集注》几乎同时的还有《名医别录》。这是陶弘景的另外一部本草专著，据说是他搜集同一时代或前代知名医药学家的经验、见解编辑而成。唐、宋间，许多本草家误以为《本草经集注》就是《名医别录》，或者根本不存在《本草经集注》。主流本草注文中的《别录》《名医别录》《名医所录》《隐居注》等内容，究竟是否源于《本草经集注》或是《名医别录》，往往分不清其真正来源。
二者不是同一著作。大概从20世纪初，特别是见到敦煌卷子本《本草经集注序录》后，才较为明确。
陶弘景在《本草经集注序录》中称：“今辄苞综诸经，研括烦省，以《神农本草经》三品，合三百六十五为主，又进名医副品，亦三百六十五，合七百三十种，精粗皆取，无复遗落。”［3］无从判断，所说“名医副品”是“名医（别录）副品”还是“（著）名医（家）副品”。
一般认为，《本草经集注》成于齐东昏侯萧宝卷永元二年（庚辰，公元500年）几百年后的《新修本草》中除《本草经集注》中原引者外，统计另有48条（处）是《本草经集注》中未引的《别录》文。如果这些《别录》文就是《名医别录》原文，与陶弘景“精粗皆取，无复遗落”精神不符，遗落近50条，也未免太多了一些。可能《新修本草》中的《别录》，不是（或不全是）陶弘景《名医别录》原书。至今，尚未见《名医别录》传本的记载，可能在唐代以后已经失传了。
现在看到的《名医别录》内容，主要存在于各主流本草中，不时可以发现存在着矛盾，如：马刀“得水，烂人肠。又云：得水，良。”［4］烂人肠的性能，肯定不能说“良”！又如大麦“味咸温，微寒，无毒，主消渴，除热，益气调中。又云：令人多热……”［5］咸温，如何除热？咸温与微寒药性矛盾，微寒，如何令人多热？也是矛盾。如果这是《名医别录》的原貌，则《名医别录》应是陶弘景的一部汇编，杂收各家药物经验、理论认识，未必辑校统一。
《名医别录》的内容，也许比当时流传的《神农本草经》更丰富。陶弘景才有可能从中选取《神农本草经》以外的365种，补入《本草经集注》。
就现存资料统计，《名医别录》诸药本文中，127个地名大约有90%为先秦、秦或西汉时的地域名，但也有东汉、两晋甚至隋时才见的地名。所属地域集中在内蒙古、辽宁、河北、山西、河南、山东、陕西、四川、湖北、湖南等地，也有如朝鲜、越南等域外邦国。可以想象，这部《名医别录》中的名医大约分散在各地、不同时代约相当于我们所说“采风录”或“经验集”。尽管说，其中存在着矛盾，而且有相当的品种连陶弘景也不曾见过、用过，但不失为一部保存陶弘景以前（部分可能与陶同一时代）众多医药家用药经验、体会的重要汇编。《名医别录》成书时间可能迟于《神农本草经》，涉及地域也可能超过《神农本草经》。
《神农本草经》主要引据《名医别录》，试作统计：至少22药陶弘景明确承认无人认识（当然包括他自己）；30处注称，无人用于治疗（陶弘景也不会有临床应用经验）；29处对其是非不能判定，或者怀疑内容有误，提示：《名医别录》原书或素材早于陶弘景，而且，很可能不是陶弘景原著，却经他加工整理过。
这一时期，还有两个重要的人物需要讨论。
一位是《雷公炮炙论》的作者雷敩（xiào，音校）。雷敩，史志中没有立传，魏晋以前的古籍如《素问》《灵枢》《黄帝内经太素》，以及皇甫谧《针灸甲乙经》中，都有章节记录向黄帝请教针灸、医道的事，只是没有提到药，更不涉及炮炙。各书历代注家也没有人提到这些“雷公”是谁，更不讲此人与炮炙的关联。张仲景撰写《伤寒杂病论》时，似乎没有参考雷公著作，但《伤寒杂病论》中，多处涉及炮炙（随处方而异，不尽相同），如乌头，炮；附子，炮，去皮，破八片；甘草，炙；百合，炙；鳖甲，炙；厚朴，炙，去皮；枳实，水浸，炙令黄；大黄，蒸；水渍，炙干；葶苈，熬；熬令黄；瓜蒂，熬黄；
虫、虻虫，去翅足，熬；乌头汤乌头，熬去皮；蜘蛛，熬焦；乱发，烧；枳实芍药散枳实，烧令黑，勿太过；大黄，酒洗；蒸；水渍，炙干；杏仁，汤浸，去皮、尖及两仁者；桃仁，去皮、尖；蜀漆，洗，去膜；烧，去腥；麻黄，去节；麻黄杏仁薏苡甘草汤麻黄去节，汤泡；麦门冬，去心……这类处置，实际就是炮炙，现在通称为炮制或修治。更早的，如马王堆汉墓《五十二病方》令金创勿痛方，彘鱼，燔而冶；荠，熟干实，熬令焦黑；治伤痉：熬盐令黄，裹以布；治痔，“以盐灌黄雌鸡，令自死，以菅裹，涂上（土），炮之，涂干，食鸡”，［6］也应是炮炙的形式。可知早于魏晋的汉代（甚至西汉初年），已有类似炮炙的操作。
东汉末的《吴普本草》（《吴氏本草》）总结许多前代医人的药性认识，其中就有雷公。尚志钧等辑校的《吴普本草》中，共有81条引用《雷公》，除药性外，没有一处涉及炮炙。［7］陶弘景在《本草经集注》序录中提到：“至乎桐、雷，乃著在篇、简”，所说“雷”，可能就是“雷公”，但在《本草经集注》和《名医别录》中，并没有“雷公”著作引文，更不涉及更多炮炙资料。
综上所述，汉、晋以前，纵有“雷公”也无从认定就是后来所说的雷敩，更无从判定他们和炮炙、《炮炙论》的关系。
从常理推论，如果《炮炙论》的作者雷公（雷敩）生在陶弘景之前，不管是魏、晋或南北朝之初，还是更古的年代，《炮炙论》又是与其他本草著作风格迥异的古代典籍，以博学如陶弘景，在《本草经集注》或《名医别录》中全不提到《炮炙论》，不好解释。到了唐代，经过贞观盛世，苏敬等倾国家之力，那么多学者，编撰的《新修本草》竟也全然不提《炮炙论》及其有关内容，更是难于理解。
作为佐证，《隋书·经籍志》《旧唐书·经籍志》和《新唐书·艺文志》中，都没有记载《雷公炮炙论》或其他有关炮炙的专著。
《历代中药文献精华》总结《雷公炮炙论》的成书年代争议为四类：①刘宋（公元420－479年）；②隋（公元581－618年）；③五代后梁（公元907－923年）；④北宋（公元960－1127年）。［8］
《历代中药文献精华》还指出：（乾宁）作为唐末昭宗年号（公元889－898年），这与李时珍同意雷敩为刘宋人是自相矛盾的。尚志钧经考得《雷公炮炙论·序》是唐以后的托名之作，参考陈藏器《本草拾遗·序》及其他书撰写而成的。由于这两书均引用《乾宁记》，而《本草拾遗》成书（789年）早于唐末乾宁年间，因此，“乾宁”并不一定是年号。
《证类本草》（唐慎微）所引《雷公云》文中，鹿茸、白花蛇条都引《乾宁记》；卷前《雷公炮炙论》序（掌禹锡等引）“强筋健骨须是苁鳝”注称：“出《乾宁记》。”这《乾宁记》在《旧唐书·经籍志》和《新唐书·艺文志》，以及《宋史·艺文志》中都没有记载。乾宁也曾是古代地名：唐有乾宁军，后周有乾宁军，宋有复军，并有乾宁县，元有乾宁司，但也无从查考与《乾宁记》的关系。如果认定乾宁即唐昭宗李晔的年号（公元889－898年），则这一时期的笔记、传记有可能称为《乾宁记》，或者，事后追记亁宁年间的轶事、稗史，也可称为《乾宁记》，但这些仅止于推想，还须实证。
统计《证类本草》正文所引注《雷公》各条依《证类》注称。
1．属《本经》药的151种；
2．属《名医别录》药的38种；
3．属《新修本草》（唐本先附）药的22种；
4．属《开宝本草》（今附）药的21种；
5．属《嘉祐本草》（新补）药的1种。
合计259药。［9］（《宋以前医籍考》：252条［10］）
以上3、4、5三项44种都是唐及其以后的本草收载的药物，4、5、22种，肯定进入宋人本草。苏颂等《图经》称：“雷敩虽为隋人，观其书，乃有言唐以后药名者，或是后人增损之欤？”［11］对于17%～18%的唐以后药物，都是“后人增损”的，还需更多证据。
《太平御览》图书纲目列引据文献1690部，包括各种古本草，但没有《雷公炮炙论》或《炮炙论》，但《开宝本草》药中，有见于《雷公炮炙论》（今附药），《宋史》中《开宝本草》常称：“李昉《开宝本草》”。因此，不能说李昉《太平御览》时还没有《雷公炮炙论》或《炮炙论》。《旧唐书·经籍志》《新唐书·艺文志》中都没有《雷公炮炙论》或《炮炙论》，可以想见，《雷公炮炙论》的成书约在唐末，宋初间，说是五代时书近是。
宋代以前主流本草中，没有记载延胡索的，《证类》延胡索为今附药，唐慎微续《证类》引李珣《海药本草》称：“生奚国，从安东道来”。［12］这种在《雷公炮炙论》序中称为“心痛欲死，速觅延胡”［13］的药，原产境外。
相对于公元960年赵匡胤建国的宋朝（习称赵宋）公元420年刘裕代晋称帝，建立的南北朝宋国，史称刘宋。刘宋公元479年亡于齐，一共存在了五十九年。
前面已经指出《雷公炮炙论》的作者雷公，雷敩，不太可能是比陶弘景更早的雷公。陶弘景于南齐末年退隐，传本《华阳隐居补阙肘后百一方序》说：“太岁庚辰（南齐东昏侯萧宝卷永元二年，庚辰，公元500年），隐居曰：余宅身幽岭，迄将十岁。”［14］前推十年，即南齐武帝萧賾永明八年（庚午，公元490年）《本草经集注》著述不会早于这一阶段。如果《雷公炮炙论》是刘宋时成书，应先于陶弘景退隐几十年，博学如陶弘景，不会看不到这部著作。而且，就在这期间，梁代大学者阮孝绪（公元479－536年）于梁武帝萧衍普通中（公元520－527年）成书的《七录》，收载当时存世的图书6288种，这就是后来《隋书·经籍志》的主要参考书。［15］《隋书》唐高宗李治显庆元年（丙辰，公元656年）完成，又在《七录》之后一个世纪，《七录》和《隋书·经籍志》都没有记录《雷公炮炙论》。《隋书》的撰者，无论是领衔的唐太宗李世民，还是魏征、长孙无忌，都不是等闲之辈，如果刘宋时代果有《雷公炮炙论》，不可能一直到两个世纪之后的盛唐，全无记录。
无论《雷公炮炙论》的作者是否托名，《雷公炮炙论》似乎不是刘宋时的著作。
另一位是号称最先提出“十剂”理论的徐之才。徐之才其从祖徐謇、其父徐雄，都以医术著名。徐之才（公元505－572年）［16］初仕南齐。后被俘入北魏，北魏孝明帝元翊孝昌二年（丙午，公元526年）入洛阳，以学识及医术很受北魏及北齐诸帝器重，武平间（北齐后主高纬公元570－576年；汉阳王高绍义公元578年）曾封西阳郡王。
徐之才，《北齐书》有传，《北史》《魏书》也都附徐謇传有徐之才传，但各史只言徐之才医术、学问，没有谈到他的本草著作。《嘉祐补注本草》所引书传：《药对》注称：“北齐尚书令西阳王徐之才撰。以众药名品、君臣佐使、性毒、相反，是所主疾病分类而记之，凡二卷。旧本草多引以为据，其言治病用药最详。”［17］《本草纲目》则将上述文字谓为掌禹锡等与《雷公药对》的注文，并称：“黄帝时雷公所著，之才增饰之尔。”［18］《雷公药对》的具体形制已无从查考。《隋书·经籍志》中没有《药对》；《旧唐书·经籍志》有《雷公药对》二卷，［19］《新唐书·艺文志》则称：徐之才《雷公药对》二卷，［20］也许，李时珍就是根据这两个不同的记录，说《药对》是徐之才增饰的《雷公药对》。其实，到明代，无论是《雷公药对》还是徐之才《药对》都已亡佚，没有人了解它的真实面貌。
现在文献中，有几个称为《药对》的节录部分：①《药对》序例，见于《备急千金要方》［21］和《证类本草》［22］前者标明《药对》，后者没有标明，此节前有掌禹锡等按语（大字）称：“徐之才《药对》、孙思邈《千金方》、陈藏器《本草拾遗》序例于后。”后面一大段是关于虚证随证加用药物的二十二条规则。［22］按按语顺序，应是《药对》序例，又与《备急千金要方》标明《药对》的内容印证，当无误。②《本草经集注》“七情表”后附的五条费解如“月令”的文字。陶弘景原注：出《药对》。［23］这一节，《证类本草》也收载，［24］但《备急千金要方》中未见收载。③《本草经集注》序例中原有“百病主治药”“诸病通用药”部分，《嘉祐补注本草》收载时，补充《蜀本草》（《蜀本》）《新修本草》（《唐本》）以及《药对》的内容，计六十五病证，除去重复，共列当用药316种（《历代中药文献精华》谓117处）。这一部分除药名、寒、热药性外，具有特色的是，大部分药都标注君、臣、使（无佐）这是仅存的固定君、臣、使的古本草，也就是《神农本草经》按三品分君、臣、佐、使的一种方法。这种方法，《黄帝内经》明确反对，也就是《素问》“至真要大论”所说：“主病之谓君，佐君之谓臣，应臣之谓使，非上、下三品之谓也。”“（三品）所以明善、恶之殊贯也。”［25］传世的《五十二病方》《伤寒杂病论》《武威汉代医简》等更早的方剂中，也没有按《神农本草经》以三品定君、臣、佐、使用药的实例，《药对》则是唯一有文字可查的这类本草。④另见于“七情表”的两条：葱实：杀百草毒，能消桂，化为水；豉：杀六畜胎、子毒。［26］
按：《药对》书名没有解释，究其本意，对，应指“对应”“对问”，《历代中药文献精华》认为《药对》的意义是“药性主对”，即是提供正确、适宜的药性配伍。［27］这和近代中医临床所说“药对”（对子）意义上应有区别。
除了上面指出的明确存在古文献中的四类资料外，《历代中药文献精华》还指出第五类《药对》资料：据考，在《本经》《别录》正文之后，陶弘景注说之前的小字注文，即可能出自《雷公药对》，主要内容是药物的七情配合，即使禁忌，也有相得益彰的配伍法。著名的十八反，其原始内容即出自此类注文中。［27］
前述五部分内容中，第五类没有明确注明出自《药对》，也无从确认加注者为何人；第四类，在正文中没有明确反映，也无法确认其来源（《雷公药对》还是徐之《药对》）：第三类的数量最多，从其形式来看，似乎并非出于同一著作，第二类，陶弘景已见到，收在《本草经集注》前，对其含意，陶弘景也感到困惑，而且，从年代上考虑，肯定不是徐之才的著作内容；只有第一类，序例部分最明确，也最有特色，都注明《药对》。
《本草纲目》称：“徐之才曰：药有宣、通、补、泄、轻、重、涩、滑、燥、湿十种，是药之大体，而《本经》不言，后人未述。”［28］清人沈金鳌《要药分剂》序袭此（个别字有异），［29］而且全书亦以此十剂为纲，成为独特结构的一部本草著作。清人包诚《十剂表》同样是以徐之才十剂之说为表。［30］
大约与李时珍同时代的缪希雍（仲淳，或作仲醇，约公元1556－1627年）在《本草经疏》中也说：“徐之才曰：药有宣、通、补、泻、轻、重、滑、涩、燥、湿十种，是药之大体，而《本经》不言，后人未述。”［31］与《本草纲目》基本相同，都是《嘉祐补注本草》：“诸药有宣、通、补、泻、轻、重、涩、滑、燥、湿，此十种者，是药之大体，而《本经》不言之，后人亦所未述。”［32］这一段话的翻版，而加上“徐之才曰”四个字。
但加上这四个字，就认定十剂之说始于徐之才。徐之才是个医药学家，却没有提出过十剂理论。这是一个阅读文献的错误，日本学者丹波元坚《药治通义》已经指出。［33］又有《备急千金要方》论处方节佐证。应予确认。
第一，徐之才《药对》中没有十剂；
第二，这一时期，没有十剂提法。
《神农本草经》的成书年代已不可考，但他的最后整理，则是陶弘景完成的。陶弘景稍后，颜之推（公元531－590？年）在《颜氏家训》中，曾谈到：“本草，神农所述，而有豫章、朱崖、赵国、常山、奉高、真定、临淄、冯翊等郡县名，出诸药物。”［34］这和我们现在从《大观本草》《政和本草》等印本白文中所见到的《神农本草经》文，显然不同。有可能使陶弘景整理前的传本流传下来，即所称：“是其《本经》出生郡县，乃后汉时制，疑仲景、元化等所记。”［35］此时的传本《神农本草经》已经混乱。
到了北宋，虽然前有《本草经集注》《名医别录》《新修本草》等大型本草行世，但《神农本草经》仍有流传。北宋学者沈括可能仍见到，他说：“方书仍多伪杂，如《神农本草》最为旧书，其间差讹尤多。医不可不知也。”［36］说明到了十、十一世纪，《神农本草经》仍有流传，但有明显掺杂、增改的痕迹，或者已失去了原貌。
陶弘景对《神农本草经》整理，最后统一为365种药。最终，完成了本草的第一次大总结。按照《隋书·经籍志》录存梁《七录》的记载，梁有，隋亡的有《神农本草》五卷、《神农本草属物》二卷、陶隐居《本草》十卷、陶弘景《本草经集注》七卷。隋有的《神农本草》八卷。［37］看不出哪一部是陶弘景整理的原书，更无从了解它的原貌。但从他自己的记载，在整理《神农本草经》的同时，“又进名医副品，亦三百六十五，合七百二十种，精粗皆取，无复遗落。”［38］另外，《隋书·经籍志》中还记载“《名医别录》三卷，陶氏撰。”［39］可能就是陶弘景另一部本草著作。在《证类本草》女萎（萎蕤）、雷丸两药的“陶隐居”注文中，两次提到《别录》，当即《名医别录》。可知《名医别录》比《本草经集注》更早成书，前面引述《本草经集注》“又进名医副品”很可能是从《名医别录》中撷取的《神农本草经》未收载的药物，则标点当是“又进《名医》副品。”陶弘景在完成本草的第一次大总结之后，实际已经开始了本草的第二次大总结。
陶弘景在《名医别录》和《本草经集注》中，引述了多少种著作，没有著录可稽。但在《本草经集注》序录中，明确记载有《药对》（不是徐之才《药对》），《证类本草》卷三十唐本退药占斯的陶隐居注文中提到“李云：是樟树上寄生树。”“按：《桐君录》云：生上洛，是木皮，状如厚朴。”［40］应该是《本草经集注》的内容。所谓“别录”“集注”都包含着收集其他医家著作内容的意思。《证类本草》所引陶弘景注文中，至少还有十二处谈到“李云”，李是谁？溲疏药引陶隐居注称：“李云：溲疏一名杨栌……李当之此说，于论牡荆乃不为大乖而滥引溲疏，恐斯误矣。”［41］可知，力，就是李当之（亦即梁《七录》的李譡之）。史志中没有《桐君录》，《证类本草》续断陶隐居注迳引《桐君药录》［42］可能即此《桐君录》，也就是序录中所说《桐君采药录》。
实际可供第二次本草文献大总结的除《名医别录》外，《本草经集注》还在序录中明确提到：“又有《桐君采药录》说其花、叶、形、色；《药对》四卷，论其佐、使、相须，魏、晋以来，吴普、李当之等，更复损益。”［43］此外，《证类本草》引《本草经集注》正文中，还提到“岐伯”（矾石），这部著作没有在史志中出现过，从引文所说：矾石“久服伤人骨，能使铁为铜。”［44］这段话肯定不见于《黄帝内经》，无论《素问》《太素》《灵枢》《甲乙经》都没有。倒是《吴普本草》中引述过《岐伯》，尚志钧等重辑本《吴普本草》，［45］至少出现过55次。可能是一部不曾著录的本草著作。
此外，前述散见文献中的第五类可能出自《药对》的内容，引述《历代中药文献精华》：“据考，在《本经》《别录》正文之后，陶弘景注说之前的小字注文，即可能出自《雷公药对》”。［27］《证类本草》中，这样的注文共有186条。如果是《雷公药对》的文字，序录“《药对》四卷，论其佐、使、相须”应是指这些内容。这些文字，一般都可以概括为“七情”，但芎藭、防风、茈胡、黄芩、大黄、桔梗、桂、干漆、桑螵蛸九药的注文则似超出“七情”范围。如大黄得芍药、黄芩、牡蛎、细辛、茯苓疗惊、恚怒、心下悸气；得消石、紫石英、桃仁，疗女子血闭；黄芩为之使，无所畏。［46］桔梗“节皮为之使；得牡蛎、远志，疗恚怒；得硝石、石膏，疗伤寒；畏白及、龙眼、龙胆。”［47］
所注药物中，也有非陶弘景所了解的，如独活，注“豚实为之使”。陶隐居注：“药名无豚实，恐是蠡实。”［48］远志，注“得茯苓、冬葵子、龙骨良，杀天雄、附子毒，畏真珠、藜芦、蜚蠊、齐蛤。”陶隐居注：“按：药名无齐蛤，恐是百合。”［49］其他如瞿麦、白鲜都恶螵蛸，并没有说明是海螵蛸（乌贼鱼骨），还是桑螵蛸，陶弘景注文也未予区分；常山畏玉札，药中正名无玉札，《神农本草经》称：玉泉一名玉札。陶弘景未注，以《证类本草》玉泉［今按］引《别本》注，则“今仙经《三十六水法》中化玉为玉浆，称为玉泉。”［50］《道藏》《三十六水法》有玉粉水，一法“取土龙汁和云母水以溞（sāo，音骚）玉粉，令浥浥，铜铫盛之，一宿化成水，名曰：玉浆。”［51］以陶弘景在炼丹术方面的造诣，《三十六水法》不可能不了解，不出注，似有隐情。同样，如细辛的枣根为使；桔梗的节皮为使，芍药的须丸为使；巴戟天，恶朝生；茯苓，马间为使，枣根、节皮、须丸、朝生、马间，都不是当时本草中的药名，也都没有陶注，可能注解也有困难。
《神农本草经》《名医别录》《本草经集注》中，火和水都未列为药，这一部分文字中，礜石称“得火良”特生礜石，“火炼之良”；消石，“火为之使”。显然是将火（没有如后世本草所说是什么物质点燃的火）作为一味药材处理的。殷孽、礜石、特生礜石都说：“畏水。”云母，畏流水；丹砂，畏鹹水。
如茈胡，“得茯苓、桔梗、大黄、石膏、麻子仁、甘草、桂。以水一斗煮取四升，入硝石三方寸匕，疗伤寒寒热、头痛，心下烦满。”［52］实际是一个方剂，很难说这是“七情”纪录。
再如干漆，“半夏为之使，畏鸡子。今又忌油脂。”［53］这种写法明显不是一个人的手笔，“忌油脂”是后来附加的。
看来，这一部分的内容，可能比《名医别录》还早，也许，有相当一部分不为陶弘景所理解，是一部没有著录的古本草，为陶弘景所辑录。
除了前述几部文献外，《本草经集注》还明确引述《别录》（女萎萎蕤、雷丸）《刘涓子》（朮）胡居士（胡洽、胡道洽，芎藭），以及《博物志》（张华）《尔雅》《礼》《礼记》《诗》《离骚》《楚辞》《汉书》以及农书《氾胜之书》《商丘子养猪经》，道家：《庄子》《嵇康养生论》《九真经》《三十六水法》以及不具名的仙经、仙方、道家、道方，再加上从《名医别录》《吴普本草》转引的多家本草，实际还有更多的文献，陶弘景并没有注明，如“方药亦不复用”（莎草根）；“今人不复识此”（牛扁）；“方药不复用，人亦罕识”（鹿藿）；“俗中不复用，莫识其状”（苍石）；“方药亦不复用，彼土人时有采识者”（蜀羊泉）；“俗中虽时有采者，方药亦不复用”（石长生）。也有的药，如虎掌，注明：“方药亦不正用”；沉香，注明：“合香家要用，不正入药”。也有的，陶弘景自己还存在疑问，如雷丸，注称：“《本经》云：利丈夫；《别录》云：久服阴痿。于事相反；”［54］《神农本草经》药马刀，《名医别录》文（墨字）“得水，烂人肠。又云：得水良。”［55］这明显矛盾的内容，陶弘景竟不作注解、辨证；《神农本草经》药水苏，《名医别录》文（墨字）“生九真池泽”，陶注：“方药不用，俗中莫识。九真辽远，亦无能访之。”［56］《神农本草经》药丹雄鸡，“鸡白蠹，肥脂”（白文）；《名医别录》（墨字）“生朝鲜平泽。”陶隐居注称：“朝鲜乃在玄兔、乐浪，不应总是鸡所出。今云‘白蠹’，不知是何物。”［57］
至如注夏台所说：“此药乃尔神奇，而不复识用。可恨也！”［58］彼子，注称：“方家从来无用此者，古今医及药家了不复识”［59］都显示《名医别录》或《本草经集注》的众多文献来源，实际是一代文献的汇总，较之前代的《神农本草经》和《吴普本草》在数量上有增多，内容上又有提高。
可见是一个重大的文献整理工作。
《本草经集注》确定了本草中的三品、君臣佐使、七情、五味、四气、剂型、毒药规范、治法，又开创性地指明剂量制度、制剂操作；称为“百病主治药”或“诸病通治药”的分别病证快速检索用药参考表；称为“七情表”的各药配伍用药宜忌参考表；并列出：服药忌食（《证类本草》称：服药食忌例）、药不宜入汤酒者。这些内容基本构成了后世本草序例的主要轮廓，或称“药性总义”的主要内容。从项目到具体内容，后世或有不同增减，但直到近代，仍然是这一架构。
《本草经集注》《名医别录》成书后，南北朝的动乱并没有终止，直到隋文帝杨坚统一中国，天下安定，医药文化进入一个新的发展阶段。
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