完善党的领导制度是从党这一方面来协调党与科层制政府的关系，那么在另一方面则是如何完善党领导下的科层制政府，毕竟科层制政府是公共行政的现实主体。加强科层制政府的组织体制建设反过来也可以促进党的组织发展，使两者的关系形成良性互动。
健全科层制政府首先要克服的问题就是科层制自主性不足的现象。前面在分析科层制自主性的时候指出，政府由于在理论上接受党的领导，而在实践中由于组织制度的不完善，党的核心领导很容易越过制度规范利用个人在党内的权威影响政府的各种制度，尤其是人事制度。这样使得政府自身内部确立的人事规则难以在既定的路线发展，体制外部的不确定因素影响了体制内的正式的组织人事程序和规章。作为政府核心的人事规则出现了不良的中断，人事的选拔、提升、奖惩等都不能够形成稳定、公开的行为，结果政府难以建立以功绩制为核心的激励机制，政府的无效、浪费、官僚主义等问题因此经常出现。
要克服这些问题就必须规范体制外的政党进入科层制政府的途径和方式，迅速将党进入政府体系内部的制度明确化、规范化，并且认真切实地予以执行。党对政府人事的干预必须纳入成熟、有效的制度体系，保证党而不是党的个别核心人物代表党来行使对政府人事的最高组织控制权。党向科层制政府推荐干部必须公开化、规范化，党委会决策制度、组织部考察制度和公示制度必须严格执行，尤其是党委会决策制度必须健全。这一制度的效力在于可以减少核心成员对党组织和政府的不当影响，其他党委成员必须共同发挥法定的职权，监督党委书记的权力，真正形成科学的集体决策机制。
党对科层制政府体系人事的进入必须严格按照制度进行，在决定人事的任用之后，还要通过规范的制度路径来对其实施监控。当前，在对担任重要职务的干部行使职权方面的监控制度不够成熟，成为腐败频发的主要原因。一方面，我们监督制度存在明显的漏洞，对领导行为没有事前、事中立体式、全程式的监控，所以只要各种条件具备，腐败就很容易滋生。另一方面，当腐败由于没有及时地监督而发展到特别严重的时候，我们习惯于对其进行严厉惩罚，以求达到以儆效尤的效果。但是腐败问题并没有因此得到明显的控制，有的地方甚至出现了前面的人刚查办，后面的继任者又曝出问题这种前赴后继的腐败现象[10]。要克服这种现象，我们必须建立权威高效的监督体制，要将过去双重领导的监督体制变革为垂直建构的监督体制，地方的党委部门必须接受上级监督机关的监督。这样可以克服地方监督机构对同级党委监督不力的状况[11]。2003年开始，中国共产党中央已经开始进行改革，将中央纪律检查委员会建立为中央直属的垂直机构，这一措施对加强地方领导的监督有重要意义。地方领导的监督真空问题得到了一定程度的克服。
增强科层制的自主性还要注意赋予政府在重大事项和政策执行中较大程度的自主权。我们在过去的改革中已经注意了这一问题，党政分开就是为了将党和政府各自的职能进行区分，赋予政府一定的行政权力。但是，在具体执行中，党的特殊地位常常会诱使其越过制度界限，代行行政自主权，尤其是面对紧急突发事件，为了集中权力解决，党取代政府的概率更大。所以，理论上的党政分开在现实中并不能得到完好的执行，党取代政府的现象仍然顽固地存在着。面对这一情况，党必须认真审视自己的地位。要不断地培养政府的自立性，尽可能将更大的决策和执行权赋予政府，让科层组织按照稳定的程序解决复杂的问题。党主要负起对政府的监督职能，一方面，保证政府按照党的大政方针执行政策，发展社会经济，改善地方的生活质量；另一方面，监督政府是否按照规范的法律制度公正、客观、廉洁地执行政策，及时发现政府的非法行为，努力将腐败和浪费行为控制在最小范围内，保障地方的公共利益。对不同权力也要区别对待，如对人事权要注意区分高层战略职位、中层管理职位和低层执行职位的权力配置，一般来说尽量控制高层战略职位，将中层职位和低层职位放在政府的内部权限中，帮助政府形成稳定、内部晋升的人事流动模型，这样非常有利于政府自主性的提高[12]。
政府自主性是这一组织体系是否能够有效地发挥其职能、有序地提供公共服务的标志条件。这一组织体系必须是一个具有一定专业性特长的机构，专门人才被聘请到机构中来向公众提供政治人员所不能够保证的专业性服务。而专业性能力是一种自主能力，必须享有充分的自足性，自主决定执行的方式与技术。如果在执行过程中受到外来的非专业的不当干预，有可能导致专门性公共事务出现不专业的浪费和无序。一些地方在决定上马某些项目的决策中就经常出现这种问题。有的领导是从外行业调进某个部门的，因为业务不熟悉，对整个行业的总体情况不了解，在决策中又不愿意听取他人的意见，随便作出决策，结果决策执行困难，效果低下，浪费严重，影响了工作的开展。在中国科层制政府中存在的大量“外行领导内行”的现象就是这样的例证。政府自主性的增强也会强化科层制政府的效能，不断增进其回应社会问题的能力。从这一点来说，科层制政府的成熟也是解决前面所述的临时组织滥用问题的有效方法。通过健全科层制的组织结构，完善组织功能，尽可能地预防各种突发问题；那么，临时设立一些高权威机构的必要性就不大了。
当代中国科层制的另一问题是人格化。按照韦伯的观点，人格化是传统组织的特征，组织中克里斯玛型人物享有高高在上的独立权威，组织成员被牢牢地吸引在他的周围[13]。这种人物的个人品德、能力、价值取向成为组织总体文化的基础，决定着组织决策的选择。这种组织和社会学上所讲的首属群体组织相似，依靠人格之间的血缘、亲缘、地缘等关系维系，表现出鲜明的总体性、板块性、随意性和传统性特征[14]。这一组织形式和法理型组织相差甚远。法理型组织希望打破传统组织中个人权威在其中的核心影响，运用法律规则来维系组织的运转，将所有组织成员纳入公开的法理规则之下，按照稳定、规范的既定程序有效率地处理复杂的专业性事务。法理型组织重视人的专才和对法律的忠诚，利用科学的分工、细化的组织设置和法律规范下的权力关系将不同专业人才结合在一起，建构了一个现代型的组织模式。
中国科层制中存在严重的人格化问题，组织权威被个人独占，个人在组织中可以超越规范之外行使更加重要的权力，组织中也存在复杂的血缘、亲缘和地缘关系，由这些关系构成的非正式组织关系对正式组织机制影响巨大。这些问题直接导致任人唯亲、贪污腐败、拉帮结派等官僚主义作风。要克服以上问题必须用非人格化的规则来改革科层制政府体系。首先要减少核心领导人物对权力的专断，核心人物权力过大是人格化组织文化产生的重要原因。核心领导的权力应该被纳入组织体系中，将大部分权力制度化，并用外部制度来控制内部权力，一定程度上保证内部权力可以公正公平地使用。因为从逻辑上讲，“某个正式职位所固有的权力也就是这个职位所在的那个社会结构中的所有成员赋予的权力”[15]。在组织内部要形成一种平等、理性的文化，组织成员不需要对某些领导人物依附忠诚仍然可以得到应得的待遇和机会。组织成员在制度的平台上和领导形成一种平等的工作关系，领导不能够按照个人的偏好来选择和晋升组织成员。
其次要用规范的制度界定权力的配置结构和运行路径。组织权力配置中要减少个人因素的作用，按照科学的职位划分，将权力细分为不同职权，个人只能在所担任的职位中行使特定的权力，并且必须在组织内和其他成员相互结合才可以行使这种权力。权力的运行是指组织成员如何按照既定的规则肩负起自己的职权，完成某项组织任务的过程。这一过程必须是透明的、公开的，组织内外的成员都可以充分地了解其执行权力的状况。权力执行的资源消耗、执行方向、执行困难、克服方法都不是个人问题，而是组织问题，最终都要在组织整体中被完成。只有这样才可以最大化地保护组织资源不会偏向个人利益，而是忠实于组织原定的目标，提供有益的公共产品。
科层制组织的人格化问题得到克服，前面所谈到的“部门－地方－非正式同盟”出现的可能性就会大大减少。这一非正式同盟就是建立在组织内人格化文化基础上的，组织人格化权威是这一同盟成立的前提。组织核心人物享有非同寻常的超越其正式职权的权威，很容易导致个人专权，失去内部监督和抗衡。因此外部力量对其进行诱惑就很有可能形成一种非正式的结盟关系，为少数权力专有者谋取私利服务。打破人格化文化，在组织内外形成制度性的监督与抗衡部门和群体，组织资源会得到很好的保护，组织目标也就不太容易被少数人改变和替换。可以说，一个成熟的科层制必须有一种非人格化的文化，把组织内的权力关系建立在这种文化的基础上，组织利用这一文化规范，同时尽可能调动成员的积极性，才能不断增进其行政效能。
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