组织提供一个系统的机构，人们通过这个系统能进行指定的活动，为组织的目标、目的和计划贡献力量。机构承担组织具体的某些活动，并为之负责，机构管理人被赋予应用的权力和责任以管理、协调机构内的活动。按计划成立的组织机构，必须提供工作人员便于行使权力的环境。
（一）医学图书馆常见的机构设置
通常，图书馆的组织由业务机构和行政机构构成：行政机构主要是为图书馆业务工作提供条件，支持和保证业务工作的完成；业务机构主要执行各种类型文献的采购、分编、流通、典藏等职能，以及现代图书馆的文献数字化和信息网络组织与维护等。一般来说，医学图书馆机构组成也是由这两大部分组成。通常设置的机构有：
1.办公室 是医学图书馆的行政部门，承担行政、财务、后勤等方面的职能。目前，除了个别大型馆按细分功能分设几个行政机构外，大多数馆都设立馆办公室作为图书馆的行政办事机构，协助馆长处理日常行政和业务管理工作。其活动与职责主要有：协助馆领导日常行政及组织活动；制定规章制度及组织实施；部门协调与沟通；会议组织安排与记录；计划与统计；文件收发与档案管理；财务与资产管理；协助馆领导开展对外交流；宣传报道；业务学习安排；临时用工安排。
2.文献采集部门 负责除通过网络免费获取文献以外的各类型文献采集工作。主要职责有：制订馆藏方案与采集计划，建立适用本单位的科学馆藏；制订文献采访原则、标准与年度采集计划；采购文献验收与质量控制；采访数据的建立与维护；做好调研工作，跟踪生物医学学科发展动态，了解各学科文献的发展趋势；调查读者需求；分析馆藏结构，调查馆藏流通和利用情况；负责医学及相关学科文献的交换与捐赠活动；编制、管理书刊财产账簿，负责馆藏统计，及时填报相关统计报表。
3.文献编目部门 制订本馆文献资料的分类、主题标引、编目规则，负责全馆各类型文献的分类、著录、主题标引、加工；负责各类文献资料的书目信息机读数据的录入与维护；负责回溯馆藏书目数据；做好公务目录组织工作；负责馆藏医学期刊联合目录的编制。
4.流通阅览部门 主要职责是：办理借阅证件；馆藏文献的外借与阅览；书库管理；解答读者问题；宣传馆藏；文献资料的保护；流通调查与读者阅读调查；办理书刊的馆际互借；流通统计等。
5.期刊部门 负责期刊的收集、登记、加工、装订、保存、复制、阅览、外借的全过程。
6.信息参考咨询部门 承担医学信息资源检索，提供代查代检服务；承担医药卫生科技查新，负责相关档案收集与管理；承担信息检索用户培训及医学文献检索教学；承担参考咨询工作；负责对数据库内容及使用情况进行分析、评估，提出订购建议。
7.现代技术应用部门 主要职能：负责图书馆自动化管理系统的管理、维护与使用指导；馆内计算机及网络设备的维护；馆内网络系统及数据库系统维护；图书馆网站设计与维护；负责网络资源导航；负责全馆重要技术设备的采购和管理；参与数据库选购、负责数据库数据更新及管理；负责各类计算机系统的安全与数据备份；解答电子资源利用的相关技术咨询。
（二）医学图书馆机构设置与改革
1.机构的确立与改革 各个图书馆由于在性质、任务、规模、人员配备、馆藏建设、自动化和网络化水平方面都会有所不同，其活动内容、决策产生、相互关系方面都会有所不同，因此组织机构也不尽相同。通常高等医学院校和国家级医学科学院图书馆，尤其是承担更多任务的图书馆有着更为复杂的组织结构，而小型图书馆则可能在精简机构同时承担多项业务内容，但往往以降低服务水平和质量为代价。有些馆根据本馆工作业务特点，设立特别的业务部门，如特藏部、数据库研究部。
医学图书馆担负着特定的社会职能，必须适应社会的发展变化，不断体现其价值才能保持可持续发展。因此，医学图书馆活动以及为进行这些活动所设置的机构要能不断适应内外环境的变化，与环境对其提出的各种需求相吻合。
急速变化的信息环境及个性化、多元化的信息需求使得传统的任务部门难以灵活应对医药卫生工作者的信息需求，因此医学图书馆也面临着重新认识任务划分及流程组织的问题，在一些图书馆中有以下表现：一是部门的增加、重组、撤换，或者部门任务的变化或重心转移。如有的图书馆将过去的流通部、期刊部、阅览部都列为文献服务部；建立文献建设部统管各种文献的采、编、分、藏；适应经营活动的需要建立信息开发部等。二是建立灵活任务群体。随时可根据用户的信息需求从各个部门选择合适人选组建课题服务组。
医学机构改革是馆内、外环境因素综合作用的结果：①外部环境因素。知识经济的发展推动；信息市场竞争的要求；信息技术的应用与影响。②读者信息需求的变化是重要推动力。③医学图书馆本身模式的演变要求与之相适应的组织机构。
2.图书情报一体化 图书馆工作与情报工作有着天然的密切联系。情报工作脱胎于图书馆工作。一体化既可使图书馆丰富的资源得到充分利用，又可推动图书馆工作向深层次推进。对于推动图书馆服务向知识服务转变，满足医学专业人员深层次信息需求，图书情报一体化有着优势。一体化还可以实现资源统一建设，优化人员结构，减少重复浪费，更加适应社会信息的需求。
3.医院信息工作一体化 医院有着一定企业性质，企业经营中要考虑成本，必然要整合资源。此外，随着信息技术与信息网络的发展，医院对信息工作的作用和价值的认识更加明确，加强图书情报工作的管理，使之与医院其他工作的整合程度进一步提高。将情报室与图书馆合并，建立图书情报一体的机构集中管理，业务统一。同时，许多医院还对图书馆的隶属关系进行了调整，设立医院信息科，统一管理医院计算机网络中心、图书馆、病案室、统计室等部门，构成医院信息工作一体化的大系统。
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