真菌是一种真核细胞微生物。与细菌不同，真菌的细胞结构比较完整，有细胞壁，有完整的细胞核、核膜和染色体。少数以单细胞存在，大多数由分支或不分支的丝状体组成。真菌可有性或无性繁殖，各种孢子具有分类学特征。放线菌介于细菌和真菌之间，其分支菌丝似真菌，但能分裂成革兰染色阳性的杆菌或球菌样体。奴卡菌抗酸染色像结核菌，而且无细胞结构，对抗真菌药物不敏感，而对嗜菌体和抗细胞药物敏感。
真菌种类繁多，在自然界中分布甚广，大多数对人体无害，有致病性者仅百余种，常见者仅十几种。能引起深部真菌病的真菌有两类：真正致病菌和条件致病菌，前者有组织胞浆菌、球孢子菌、副球孢子菌和芽生菌等，后者有念珠菌、隐球菌、曲霉菌和毛真菌等。
真菌不但侵犯皮肤、黏膜，而且可以侵犯肌肉、骨骼和内脏，其中，呼吸系统真菌感染居内脏真菌感染的首位，日益受到重视。肺部真菌感染多由条件致病性真菌及放线菌引起。目前我国引起深部真菌病的真菌以念珠菌和曲菌最为常见，其次为新型隐球菌、放线菌、奴卡菌、毛真菌，而着色芽生菌及组织胞浆菌偶可见到。
真菌多在土壤中生长，孢子飞扬于空气中，吸入肺部而致病。有些真菌为口腔寄生菌，当机体免疫力减低时被吸入呼吸道，引起肺部感染，体内其他部位的真菌感染，还可通过淋巴和血液循环到肺部而致病。肺部真菌感染常在某些诱因下发生，如长期大量使用广谱抗生素，体内敏感细菌受抑制，不敏感细菌包括真菌得以繁殖致病；使用糖皮质激素、免疫抑制药、代谢拮抗药、抗癌药物、放射治疗等；有基础疾病，如结核病、糖尿病、恶性肿瘤、尿毒症、营养不良、烧伤、导管插入、皮肤黏膜损伤等。病理改变有过敏、化脓性炎症及慢性肉芽肿形成。X线表现呈多样性，可为支气管肺炎、大叶性肺炎、弥漫性小结节，甚至肿块状阴影。
由于肺真菌病临床表现无特异性、X线表现无特征性，诊断时必须综合考虑宿主因素、临床表现、微生物学检查和组织病理学资料，病理学诊断是肺真菌病的金标准。另外真菌形态学辨认、皮肤试验、血清学试验、动物接种等，也用于真菌感染的诊断。
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