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法医数据检索库

时间:2023-04-16 理论教育 版权反馈
【摘要】:在司法鉴定领域,DNA数据库的建立极大程度上帮助侦破案件和打击罪犯,并已成为世界各国司法界应用的共同手段。本软件还可预测引物与引物之间、引物与模板之间形成二级结构的可能性。DNA SIS 2.5:可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,还能进行质粒作图、数据库查询等。该软件的MegAlign模块,可以对多达64 000 bp的DNA片段进行拼装。

三、法医DNA数据检索库、网页和相关软件的应用

随着HGP的完成,其相关研究技术迅速发展。在司法鉴定领域,DNA数据库的建立极大程度上帮助侦破案件和打击罪犯,并已成为世界各国司法界应用的共同手段。

(一)相关的数据库网址

相关的数据库网址见表21-1。

表21-1 目前应用于法医科学研究和服务的数据库

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(二)相关的软件

如今DNA及相关产物分析软件越来越多,下面是部分常用的软件。

Applied Biosystems Primer Express:可用于设计引物和探针,能精确计算寡核苷酸与荧光基团螯合后的Tm值,适用于荧光PCR探针的设计。本软件还可预测引物与引物之间、引物与模板之间形成二级结构的可能性。

Artemis R5:可以通过图形方式分析DNA序列的各种特性,读取EMBL与GENBANK格式的序列与纯DNA序列。

Bio Edit:有序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、支持超过20 000个序列的多序列文件处理、质粒图绘制等功能。

BLAST:能在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较,结果中的得分是一种对相似性的统计说明。此软件可对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对,还能发现具有缺口的能比对上的序列。

ClustalX:用来对核酸与蛋白序列进行序列比较,进行蛋白分类,发现序列同源性,帮助预测序列二级结构与三级结构,设计PCR引物等。

DNA Club:可查找ORF序列,把DNA序列翻译成蛋白序列,查找PCR引物序列等。

DNA Man:可查找限制性核酸内切酶酶切序列、引物设计、对排、翻译、Blast、序列装配等工作。

DNA Mend:能查找限制性内切酶识别的序列,搜索读码框,序列转译,末端修剪等。对DNA序列进行酶切、连接、末端补平等模拟操作,便于对克隆中可能出现的问题进行分析,并可将结果输出用于发表文章。

DNA SIS 2.5:可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,还能进行质粒作图、数据库查询等。

DNA Star:由EditSeq,MegAlign,GeneQuest,MapDraw,PrimerSelect,Protean,SeqMan 7个模块组成。该软件的MegAlign模块,可以对多达64 000 bp的DNA片段进行拼装。

Primer Premier 5.0:用于引物及探针的设计。

MB DNA Analysis 6.84:可寻找和绘制质粒图谱、设计引物、分子质量计算、序列比对等。

Oligo 6.0:用于引物设计。

Staden:可进行DNA序列拼接、寻找点突变、寻找载体序列、序列分析比对、序列格式转换等。

Phylip:是通用的进化树分析软件,还可以分析DNA与蛋白质序列、限制性核酸内切酶酶切序列等。

SNPHunter 1.73:是一款SNP位点查找软件。

(李生斌)

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