群体遗传学软件

一、群体遗传学软件Arlequin

（一）软件简介

由于在法医工作中分子生物学技术的普遍应用，因此产生了大量的DNA数据，如RFLP数据、STR数据和SNP数据等。这里首先介绍一种可以分析上述类型数据的软件——Arlequin，一种综合分析各种分子标记数据的软件。

（二）软件处理的数据类型

Arlequin可处理多种类型的数据，不管是以单倍型的形式，还是以基因型的形式，它都胜任，一般来说，基本的数据类型可有以下几种：

·DNA序列数据

·RFLP数据

·STR数据

·标准数据

·等位基因频率数据

单倍型数据（多个基因座等位基因的线性排列）来自于单倍体基因组的分析结果（mtDNA，Y染色体），也可来自于二倍体基因组的分析结果（其配子相可通过一种或多种方法推断出来）。

示例1单倍型RFLP数据：100110100101001010

示例2单倍型标准HLA数据：DRB1*0101 DQB1*0102 DPB1*0201

DNA序列数据和基因型数据以分开的两行输入，一个基因座上的两个等位基因分别各占一行。

示例1DNA序列数据：

ACGGCATTTAAGCATGACATACGGATTGACA

ACGGGATTTTAGCATGACATTCGGATAGACA

示例2STR基因型数据：

18 24 32

20 24 30

（三）软件的功能

Arlequin软件的功能十分强大，可用于HWE检验；还可用于分析位点间是否存在连锁不平衡；另外，当群体存在亚群时，该软件还可以计算出代表群体分化程度的固定指数F_st，以及群体间的遗传距离，如Nei遗传距离、Reynold遗传距离等；此外，此软件还可用于推断单倍体的频率。

（四）软件的安装与卸载

Arlequin是一款完全免费的软件，可直接从主页http：//cmpg．unibe．ch/software/arlequin 3上免费下载。下载以后，解压缩文件；双击文件中的可执行文件“WinArl 3．exe”即可启动Arlequin软件分析程序。软件卸载后，直接删除解压缩后的文件夹即可。