群体分化和归属分析软件

三、群体分化和归属分析软件Structure

Structure是一种基于模型分类方法来推断群体结构的小型软件，它可于互联网上直接下载（链接网址为http：//pritch．bsd．uchicago．edu/structure．htmL）。Structure软件具有多方面的功能，它可以展现群体的结构，还可在有群体混合时区分开不同的遗传群体，并对每个个体所属的群体进行判别。另外，它还可识别移民个体和混血个体（亲代来自于不同亚群）。例如，我们假设一个大的群体中包含有K个亚群（可已知或未知），其中每个群体都有其自身特点，如各基因座等位基因频率会互不相同。而对于任何一个给定的个体，我们可用该软件来计算这个给定的个体分配到不同亚群中的概率（特别是如果该个体属于混血个体，则可得到将其分配到两个或两个以上的联合群体的概率）。

（饶绍奇　左晓宇　黄　珂　范安苏　伟扬袁满琼）

参　考　文　献

［1］AYRES K L．Relatedness testing in subdivided populations［J］．Forensic Sci Int，2000，114（2）：107－115．

［2］AYRES K L．Paternal exclusion in the presence of substructure［J］．Forensic Sci Int，2002，129（2）：142－144．

［3］AYRES K L，POWLEY W M．Calculating the exclusion probability and paternity index for X－chromosomal loci in the presence of substructure［J］．Forensic Sci Int，2005，149（2/3）：201－203．

［4］BIANCHI L，LIO P．Forensic DNA and bioinformatics［J］．Brief Bioinform，2007，8（2）：117－128．

［5］Committee on DNA Forensic Science．The evaluation of forensic DNA evidence［J］．Excerpt from the Executive Summary of the National Research Council Report．Proc Natl Acad Sci U S A，1997，94（11）：5498－5500．

［6］DEAN M，STEPHENS J C，WINKLER C，et al．Polymorphic admixture typing in human ethnic populations［J］．Am J Hum Genet，1994，55（4）：788－808．

［7］FUNG W K．User-friendly programs for easy calculations in paternity testing and kinship determinations［J］．Forensic Sci Int，2003，136（1/3）：22－34．

［8］FUNG W K，CARRACCEDO A，HU Y Q．Testing for kinship in a subdivided population［J］．Forensic Sci Int，2003，135（2）：105－109．

［9］FUNG W K，CHUNG Y K，WONG D M．Power of exclusion revisited：probability of excluding relatives of the true father from paternity［J］．International Journal of Legal Medicine，2002，116（2）：64－67．

［10］FUNG W K，HH Y Q，CHUNG Y K．On statistical analysis of forensic DNA：theory，methods and computer programs［J］．Forensic Sci Int，2006，162（1/3）：17－23．

［11］FUNG W K，YANG C T，GUO W．EasyDNA：user-friendly paternity and kinship testing programs［C］．Progress in Forensic Genetics，2004，10（1261）：628－630．

［12］GJERTSON D W，BRENNER C H，BAUR M P，et al．ISFG．Recommendations on biostatistics in paternity testing［J］．Forensic Sci Int Genet，2007，1（3/4）：223－231．

［13］HOGG R V，CRAIG A T．Introduction to Mathematical Statistics［M］．5th ed．Upper Saddle River，New Jersey，USA：Prentice Hall，1994．

［14］KANG S H，SHIN D．The size of the chi-square test for the Hardy-Weinberg law［J］．Hum Hered，2004，58（1）：10－17．

［15］LEE H S，LEE J W，HAN G R，et al．Motherless case in paternity testing［J］．Forensic Sci Int，2000，114（2）：57－65．

［16］MANIATIS N．Linkage disequilibrium maps and disease-association mapping［J］．Methods Mol Biol，2007，376：109－121．

［17］OLSON J M．Relationship estimation by Markov-process models in a sib－pair linkage study［J］．Am J Hum Genet，1999，64（5）：1 464－1 472．

［18］REED T E．Number of gene loci required for accurate estimation of ancestral population proportions in individual human hybrids［J］．Nature，1973，244（5418）：575－576．

［19］ROYCHOUDHURY A K，NEI M．Human polymorphic genes：world Distribution［M］．New York：Oxford University Press，1988．

［20］SHRIVER M D，SMITH M W，JIN L，et al．Ethnic-affiliation estimation by use of population-specific DNA markers［J］．Am J Hum Genet，1997，60（4）：957－964．

［21］WENK R E．Testing for parentage and kinship［J］．Curr Opin Hematol，2004，11（5）：357－361．

［22］YU C，ZHANG S，ZHOU C，et al．A likelihood ratio test of population Hardy-Weinberg equilibrium for case-control studies［J］．Genet Epidemiol，2009，33（3）：275－280．

［23］方积乾．生物医学研究的统计方法［M］．北京：高等教育出版社，2007．

［24］李照海，覃红，张洪．遗传学中的统计方法［M］．北京：科学出版社，2006．

［25］梁之瞬．概率论与数理统计［M］．3版．北京：高等教育出版社，2005．

［26］伍新尧．高级法医学［M］．郑州：郑州大学出版社，2002．

［27］KANG S H，SHIN D．The size of the chi-square test for the Hardy-Weinberg law［J］．Hum Hered，2004，58（1）：10－17．

［28］WIGGINTON J E，CUTLER D J，ABECASIS G R．A note on exact tests of Hardy-Weinberg equilibrium［J］．Am J Hum Genet，2005，76（5）：887－893．