目前局部手术切除结合系统的化疗和放疗仍是基底细胞样乳腺癌的主要治疗手段。多数乳腺癌患者术后采用内分泌治疗，然而基底细胞样乳腺癌中激素受体ER、PR、HER2 三阴性表达，而且该类乳腺癌多伴有P53突变，因此对内分泌治疗和赫赛汀（Herceptin）靶向治疗无效。多数研究认为，基底细胞样乳腺癌对新辅助化疗，如紫杉醇、阿霉素、氟尿嘧啶、环磷酰胺等的反应较其他类型乳腺癌好。
2005年，Rouzier等的研究对82例乳腺癌患者在外科手术前（新辅助）先应用紫杉醇，随后加用氟尿嘧啶、阿霉素及环磷酰胺，通过细针穿刺进行观察，结果发现基底细胞样乳腺癌和HER-2+亚型患者病理完全缓解率（PCR）较高，分别为45%和45%。而luminal亚型的乳腺癌PCR仅为6%。
2007年，Carey等对107例乳腺癌患者的研究发现，基底细胞样乳腺癌亚型和HER2+/ER-亚型对含蒽环类（阿霉素+环磷酰胺）的新辅助化疗较敏感，病理学完全缓解率分别为27%和36%，但未获病理学完全缓解的基底细胞样乳腺癌亚型患者预后较差。
相较于传统的化疗方法，有很多证据表明有淋巴结转移的高级别基底细胞样乳腺癌患者可能对高剂量辅助化疗（高剂量化疗与自体外周血干细胞移植相结合）更有效。2007年，在德国进行的一项实验中，236例有淋巴结转移的乳腺癌患者被随机分为传统剂量和大剂量的辅助化疗组，患有基底样和HER-2+亚型乳腺癌的患者接受大剂量化疗，与luminal A/ER+组比较ES和OS相当。患有BLC的患者接受传统剂量的化疗，与luminal A/ER+组相比，ES和OS明显较短。而关于大剂量化疗（与自体外周血干细胞移植相结合）对于未出现淋巴结转移的基底细胞样乳腺癌和HER-2+患者是否有效缺乏这方面的信息。
对于这类所谓三阴性乳腺癌，唯一的治疗方案为系统性化疗，但具体的化疗方案尚待进一步研究。
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