正气即人体五脏正常的功能及抗邪能力、康复能力，包括脾胃滋养全身的功能，肾中精气调节全身阴阳的能力，卫气护卫肌表和驱邪外出的能力，经络系统调节机体平衡的生理功能等。邪气泛指各种致病因素，一般说来，包括六淫、疠气、饮食失宜、七情内伤、劳逸损伤、外伤、寄生虫、虫兽所伤等，有时还包括机体内部继发产生的病理代谢产物，如痰饮、瘀血、宿食、内湿等。
何老认为，扶正祛邪的本质，就是既照顾到邪气的一面，又照顾到正气的一面，既看到局部的病理变化，又看到整个机体的状态。强调整体观念，是中医学的精粹所在，是中医学的基本特征之一。前人的实验和临床研究证明，扶正祛邪作用是多方面的，它对于机体免疫系统、内分泌系统、神经系统、心血管系统等均有影响，对整个机体状态的调整，包括改善或恢复患病机体的神经体液调节，调节和加强机体的免疫功能，修复受损的组织结构等，均有明显作用。更有研究表明，一些常用的扶正祛邪药物具有“双向调节”的作用，适用于一些难治病、重病患者。
对于肿瘤，何老认为，采取中西医结合的综合疗法比较合适。而就中医中药的治疗来说，何老强调，应遵循“不断扶正，适时祛邪，随证治之”的十二字法则。不断扶正，就是指治疗自始至终要调整正气，培益本元，帮助病人提高抗病能力。当然，何老也强调，在疾病的不同阶段，用药程度应略有轻重。扶正之常用方药有人参、黄芪、白术、茯苓、地黄、山药、山萸、猪苓、薏苡仁、绞股蓝及四君子汤、六味地黄汤、归脾丸等。祛邪药物种类相对较多，针对不同的邪而采取不同的治疗药物，如瘀血多用活血之品，湿重则化湿等，不一而足。
对于其他难治病人，因失治误治，或者久治无效，其中正气虚者甚多，而邪浊盛者亦不乏，所以在治疗上强调扶正祛邪，本身就具有很大的客观性和科学性，所谓“扶正即安”，“邪去正亦安”。
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