但是，各个政府部门对中医的态度并未发生根本变化。请愿事件刚平息不久，1929年4月29日，南京国民政府教育部颁布第八号公告：
查我国医术，肇自远古，典籍所载，代有传人。近年习中医者，鉴于外邦医学之昌明，与夫国内医校之设立，间有仿设中医学校，图谋改进，以期竞美者。揆厥其意，良堪嘉许。惟医业关系人民生命，至为重要。各国医士之培养，年限较长，必须毕业于大学或专科，兼在医院经过相当时期之实习者，方准开业。查现有之中医学校，其讲授与实验，既不以科学为基础，学习者之资格与程度，亦未经定有标准，自未便沿用学制系统内之名称，应一律改为传习所，以符名实。此项传习所，不在学制系统之内，即无庸呈报教育机关立案。其考核办法，应候内政、卫生两部商订，通令遵照。[31]
公告除了继续认为中医不科学之外，更不准中医办“学校”，以更明确地显示其不属于学制系统。对此公告，全国中医药界极为愤慨，发起了新的一轮抗议浪潮。广东中医药专门学校就此发表长篇宣言，其中指出：
顷读教育部布告，中医学校改为传习所，不入学校系统之内。呜呼！何为此不平之言也？西医则列入学校系统，中医反不列入学校系统，其不平莫此为甚。手足之柔术，远不敌枪炮之利器，政府尚提倡精武体育，设国术馆以褒扬之；而中医今以见忌于西医之故，独不得与于国术，屏之学校系统之外。夫传而无用，不如不传；习而无用，不如不习。传习其名，而废弃其实，其亦偏枯不仁之甚矣！[32]
宣言继而详细就中医阴阳五行、脏腑气化等进行一一辨析，指出：“中医之阴阳五行六气，既非谬说，且又具有系统。而压抑中医者必不使列入学校系统，诚不知其何心！”“故曰欲废中医，毋宁曰欲亡中国。欲亡中国，人必色然怒；欲亡中医，而人不骇然惊者，未之有也！今为此宣言，几属医药界其群起，请教育部收回成命，仍将中医列入学校系统，庶不售西医之计，而为外人所笑。”[33]
广东中医药专门学校学生会也发表宣言，反驳教育部说：
查中医学校之学习资格，从前固未有规定，然此正属教育部行政范围，自可制定颁发，通令全国各中医学校，明令执行……今乃不将制度审定颁发，而遽谓其不能列入学校系统，遂摈诸学制之外，何以昭示公道于社会，而平学子之心耶？[34]
学生会还分别致电全国医药团体总联合会和国民政府主席蒋介石：“上海全国医药团体联合总会钧鉴：近教部通令将全国中医学校改为中医传习所，实为压抑中医、摧残中药之举。事极重要，自当团结一致，誓死力争。切盼！”[35]“南京国民政府蒋主席钧鉴：此次教部通令将中医学校改为传习所，摧残国粹，扬西抑中，不平孰甚！恳请令行该部收回成命，以慰群情。”[36]
1929年12月1日，全国17省及香港、菲律宾等地代表再度集于上海，举行声势浩大的集会，并推举请愿团再赴南京请愿。在各地中医汹涌的抗议浪潮下，12月13日，时任国民政府主席兼教育部长蒋介石下手谕称“将前项布告与命令撤销，以资维护”。[37]
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