1．充血性心力衰竭是本病最常见的并发症。早期不发生，但在以后瓣膜被破坏并穿孔，以及其支持结构如乳头肌、腱索等受损，发生瓣膜功能不全，或使原有的功能不全加重，是产生心力衰竭的主要原因。严重的二尖瓣感染引起乳头肌败血性脓肿或二尖瓣环的破坏导致连枷样二尖瓣，造成严重二尖瓣反流，或病变发生在主动脉瓣，导致严重的主动脉瓣关闭不全时尤易发生心力衰竭。另外，感染也可影响心肌，炎症、心肌局部脓肿或大量微栓子落入心肌血管，或较大的栓子进入冠状动脉引起心肌梗死等均可引起心力衰竭。其他少见的心力衰竭原因为大的左向右分流，如感染的瓦氏窦瘤破裂或室间隔被脓肿穿破。此时需争取时间，尽早手术。
2．栓塞现象是仅次于心力衰竭的常见并发症。发生率为20%～40%。抗生素治疗的头几天最易发生栓塞，而在治疗2周后栓塞发生率降低。大脑、脾、肾为三大常见栓塞部位，其次分别为肺周围动脉、冠状动脉与眼动脉等。多因素分析显示，赘生物＞10mm、赘生物活动度大为两个易发生新的栓塞事件的危险因素，而赘生物＞15mm且活动度大者尤易并发栓塞。故为减少巨大赘生物促发新的栓塞并发症，在应用抗生素后应尽早手术治疗。
3．菌性动脉瘤以真菌性动脉瘤最为常见。菌性动脉瘤最常发生于主动脉窦，其次为脑动脉、已结扎的动脉导管、腹部血管、肺动脉、冠状动脉等。不压迫邻近组织的动脉瘤本身几无症状，可在破裂后出现临床症状。不能缓解的局限性头痛提示脑动脉有动脉瘤，局部压痛或有搏动性包块提示该处有动脉瘤存在。在有效抗菌治疗下，50%的细菌性动脉瘤可愈合。
4．神经系统并发症是继充血性心力衰竭之后引起感染性心内膜炎病人死亡的第二位原因。约有1/3患者有神经系统受累表现：①脑栓塞；②脑细菌性动脉瘤；③脑出血；④中毒性脑病；⑤脑脓肿；⑥化脓性脑膜炎。临床治疗的主要问题是瓣膜手术的合适时机。
5．迁移性脓肿多见于急性患者，多发生于肝、脾、骨髓和神经系统。在应用有效抗生素同时，宜及时做外科手术切除和修补。
另外还可引起肾损害，应及时给予对症处理。
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