临床应用抗生素时必须考虑以下几个基本原则。
1.严格掌握适应证，凡属可用可不用的尽量不用，而且除考虑抗生素的抗菌作用的针对性外，还必须掌握药物的不良反应和体内代谢过程与疗效的关系。
2.发热原因不明者，不宜采用抗生素，除病情危重且高度怀疑为细菌感染者外，因抗生素用后常使致病微生物不易检出，且使临床表现不典型，影响临床确诊，延误治疗。尽可能根据药敏试验选用抗生素。
3.病毒性或估计为病毒性感染的疾病不用抗生素。抗生素对各种病毒性感染并无疗效，对麻疹、腮腺炎、伤风、流感等患者给予抗生素治疗是有害无益的。咽峡炎、上呼吸道感染者90%以上由病毒所引起，因此除能肯定为细菌感染者外，一般不采用抗生素。
4.皮肤、黏膜局部尽量避免应用抗生素。因用后易发生过敏反应，且易导致耐药菌的产生。因此，除主要供局部用的抗生素如新霉素、杆菌肽外，其他抗生素特别是青霉素G的局部应用尽量避免。在眼黏膜及皮肤烧伤时应用抗生素要选择适合的时期和合适的剂型与剂量。
5.严格控制预防用抗生素的范围。在下列情况下可采用预防治疗。
（1）风湿热病人，定期采用青霉素G，以消灭咽部溶血链球菌，防止风湿热复发。
（2）风湿性或先天性心脏病进行手术前后，用青霉素G或其他适当的抗生素，以防止亚急性细菌性心内膜炎的发生。
（3）感染灶切除时，依治病菌的敏感性而选用适当的抗生素。
（4）战伤或复合外伤后，采用青霉素G或四环素族以防止化脓性感染，尤其是气性坏疽。
（5）结肠手术前采用卡那霉素，新霉素等做肠道准备。
（6）严重烧伤后，在植皮前应用青霉素G消灭创面的溶血性链球菌感染。或按创面细菌和药敏结果采用适当的抗生素防止败血症的发生。
（7）慢性支气管炎及支气扩张症患者，可在冬季预防性应用抗生素（限于门诊）。
（8）颅脑术前1d应用抗生素，可预防感染。
6.强调综合治疗的重要性在应用抗生素治疗感染性疾病的过程中，应充分认识到人体防御机制的重要性，不能过分依赖抗生素的功效而忽视了人体内在的因素，当人体免疫球蛋白的质量和数量不足、细胞免疫功能低下，或吞噬细胞性能与质量不足时，抗生素治疗则难以奏效。因此，在应用抗生素的同时，应尽最大努力使病人全身状况得到改善；采取各种综合措施，以提高机体抵抗能力，如降低病人过高的体温；注意饮食和休息；纠正水电解质和碱平衡失调；改善微循环；补充血容量；以及处理原发性疾病和局部病灶等。
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