为了将改革落到实处，进一步细化和实化改革措施，指导地方具体操作，各相关部门已陆续出台一系列配套文件，以保证改革目标和任务能顺利完成。配套文件主要包括两类：一类是围绕基本医疗保障制度、基本药物制度、基层卫生服务体系建设、公共卫生服务均等化和公立医院改革试点5个方面，出台若干操作性的文件。另一类是围绕改革的相关体制机制建设。其中，除基本药物制度有关文件以外，与执业药师密切相关的医药卫生体制改革的配套文件有《关于加强基本药物质量监督管理的规定》《国家发展改革委员会关于公布国家基本药物零售指导价格的通知》《改革药品和医疗服务价格的形成机制的意见》等。
1．《关于加强基本药物质量监督管理的规定》（以下简称《规定》）（2012年） 为了加强基本药物质量监督管理，保证基本药物质量，2009年9月22日，国家食品药品监督管理局发布了该《规定》。
国家食品药品监督管理部门负责基本药物的评价性抽验，组织开展基本药物品种的再评价工作，并将再评价结果及时通报卫生部。各省级食品药品监管部门负责基本药物的监督性抽验工作，每年组织常规检查不得少于两次，至少对辖区内基本药物生产企业生产的基本药物进行一次抽验。
《规定》要求进一步加强对城市社区和农村基本药物质量的监管。基本药物生产、配送企业以及医疗机构和零售药店应当建立健全药品不良反应相关制度。
2．《国家发展改革委员会关于公布国家基本药物零售指导价格的通知》 为了配合国家基本药物制度的实施，国家发展改革委员会于2009年9月28日发布了该通知。
国家基本药物零售指导价格定价原则如下：
（1）确保企业能够正常生产和经营基本药物，保障市场供应。
（2）充分考虑当前我国基本医疗保障水平和群众承受能力。制定基本药物价格，要在企业获得正常利润的前提下，切实压缩不合理的营销费用，使基本药物价格总体水平有所降低，以适应现阶段医疗保障水平和群众承受能力。
（3）结合市场实际和供求状况，区别不同情况，采取“有降、有升、有维持”的方法调整价格。对于市场竞争不够充分、价格相对偏高的品种，加大降价力度；对于市场需求不确定性强、供应存在短缺现象的品种，适当提高价格；对于市场竞争较为充分且价格相对低廉的品种、中药传统制剂及部分国家规定需较大幅度提高质量标准的品种，少降或维持现行价格。
3．《改革药品和医疗服务价格的形成机制的意见》 有关改革药品价格形成机制的主要内容如下：
（1）调整政府管理药品价格范围；
（2）药品价格实行分级管理；
（3）政府制定公布药品指导价格，生产经营单位自主确定实际购销价格；
（4）政府制定药品价格原则上按照通用名称制定统一价格；
（5）科学确定药品之间的差比价关系；
（6）鼓励基本药物生产供应；
（7）控制药品流通环节差价率；
（8）改革医疗卫生机构药品销售加成政策；
（9）规范药品市场交易价格行为。
4．基本药物电子监管的规定 国务院办公厅《关于印发医药卫生体制五项重点改革2010年度主要工作安排的通知》[国办函（2010）67号]明确要求对基本药物进行全品种电子监管，实施方法和步骤如下：
（1）凡生产基本药物品种的中标企业，应在2011年3月31日前加入药品电子监管网，基本药物品种出厂前，生产企业须按规定在上市产品最小销售包装上加印（贴）统一标识的药品电子监管码（监管码印刷规范参见《关于实施药品电子监管工作有关问题的补充通知》[食药监办（2008）153号]，并通过药品电子监管网进行数据采集和报送；凡经营基本药物品种的企业，须按规定进行监管码信息采集和报送。
（2）自2011年4月1日起，对列入基本药物目录的品种，未入网及未使用药品电子监管码统一标识的，一律不得参与基本药物招标采购。
（3）对未中标的基本药物目录品种生产企业的电子监管工作，要按照国家局的部署逐步完成。
（4）按照已公布的《国家基本药物目录》，各省（区、市）局负责统计和核实辖区内的相关生产企业名单，培训工作由国家局统一部署，各省（区、市）局具体承办。培训方案另行通知。
5．“十二五”期间药品电子监管的工作目标至2012年2月底，国家食品药品监督管理局已分三期将麻醉药品、精神药品、血液制品、中药注射剂、疫苗、基本药物全品种纳入电子监管，也已于2011年12月31日前将含麻黄碱类复方制剂、含可待因复方口服溶液、含地芬诺酯复方制剂（2012年）3类药品纳入电子监管。
根据《2011－2015年药品电子监管工作规划》要求，2012－2015年要实现药品制剂（含进口药品）全品种电子监管。在生产企业和批发企业已实现电子监管的基础上，向零售药店、医疗机构等末端流通使用环节延伸。“十二五”期间的总体目标是2015年年底前实现药品全品种全过程电子监管，保障药品在生产、流通、使用各环节的安全。
具体目标包括：
（1）在当前已实施的麻醉药品、精神药品、血液制品、中药注射剂、疫苗、基本药物全品种电子监管的基础上，逐步推广到其他药品制剂，实现药品电子监管的全品种覆盖；适时启动高风险医疗器械电子监管试点工作，并探索原料药实施电子监管。
（2）在当前已实现的药品生产、批发环节电子监管的基础上，推广到药品零售和使用环节，从而实现覆盖生产企业、批发企业、零售药店、医疗机构的药品生产、流通和使用全过程可追溯。按照卫生部的总体部署，开展医疗机构药品电子监管工作。
（3）拓展药品电子监管系统的深度应用，充分利用药品电子监管数据，为各级政府和监管部门提供决策支持服务，为广大社会公众提供药品信息检索、监管码查询、真伪鉴别等服务，探索电子监管系统与医保卡系统互联互通的可行性。
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