20世纪80年代以来，肝移植的适应证和禁忌证经历着不断的演变，据不完全统计肝移植已经被成功用于60余种肝病的治疗。依据肝病的性质，肝移植的适应证可分为五大类：
（一）慢性进行性肝衰竭
由于各种病因所致的终末期肝硬化是肝移植最常见的适应证，占欧美大多数肝移植中心的80%以上。导致终末期肝硬化的常见原因有：
1.慢性肝炎 慢性乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、自身免疫性肝炎、药物性肝炎。
2.胆汁淤积性肝病 原发性硬化性胆管炎、原发性胆汁性肝硬化、继发性胆汁性肝硬化、先天性胆管闭锁。
3.酒精性肝病 如酒精性肝硬化晚期。
4.隐源性肝硬化 经详细检查仍然无明确免疫学和病毒学证据的隐性肝硬化约占移植病例的10.9%。
（二）急性肝功能衰竭
国人急性肝衰竭的最主要诱因是急性和亚急性重症乙型病毒性肝炎，其次是药物诱发的急性肝损害、急性甲型和丙型病毒性肝炎、Wilson病、急性妊娠性脂肪肝。
（三）肝脏恶性肿瘤
理论上讲，未发生肝外转移的原发性肝脏恶性肿瘤包括肝细胞癌、胆管细胞癌以及少见的血管内皮细胞肿瘤和肝母细胞瘤均是肝移植的适应证。当前对于符合Milan标准的小肝癌被公认是肝移植的良好适应证，其肝移植后的无瘤存活率明显高于肝切除，可获得与良性肝病移植后同样满意的术后生存率和生活质量。所谓Milan标准，即单个肿瘤直径≤5cm，或多发肿瘤数目≤3个且最大直径≤3cm。但依照这一标准选择适应证使许多超过Milan标准而无大血管侵犯和肝外转移的进展期肝细胞癌失去了肝移植的机会。近年来，基于对扩大肝细胞癌肝移植适应证的考虑，相继提出了美国加州大学旧金山分校标准和Pittsburg改良THM标准等，并已显示出重要临床参考价值，但是这些标准至今尚未被美国移植协会和美国器官分享联合网络（UHOS）接受。来自国内外多个中心的经验表明，适当放宽肝移植受者的选择标准，可使部分超过Milan标准的进展期肝细胞癌获得满意的远期疗效和生活质量。但是，远处转移、淋巴结受累和大血管侵犯仍被公认为肝移植的禁忌证。
（四）先天性肝脏代谢性疾病
这些代谢性缺陷可原发于肝脏本身，以肝脏为首发靶器官（如Wilson病）；或以肝外器官为首要靶器官（如家族性高胆固醇血症）；代谢缺陷也可原发于肝外器官，而以肝脏为首要靶器官（如原发性血卟啉病）；尚有许多肝脏和肝外器官共同参与的全身代谢性疾病（如囊性纤维化）。肝脏代谢性疾病的表现是多种多样的，其肝移植的主要适应证是急性肝功能衰竭（如Wilson病），终末期肝硬化（如α1-抗胰蛋白酶缺乏症）、肝细胞癌（如酪氨酸血症）和肝外器官功能衰竭（如原发性Ⅰ型高草酸盐尿症）。不过，对参与肝外器官代谢缺陷的病理过程，但是不直接造成肝脏本身组织学损害的代谢性肝病，也可采用肝移植进行治疗，这类代谢性疾病包括原发性高草酸盐尿症Ⅰ型、家族性高胆固醇血症、鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症和血友病。若肝外器官受累而发生衰竭需要同时行受累器官移植，如肝肾联合移植治疗原发性高草酸尿症和家族性淀粉样变性、肝心联合移植治疗鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏病和家族性高胆固醇血症。
（五）其他严重肝病
1.布-加综合征 进展至肝硬化和肝功能失代偿时，应考虑肝移植。
2.Alagille综合征 是伴有一系列全身症状的肝脏慢性淤胆性疾病，最终结果是慢性肝功能衰竭合并肝细胞癌，肝移植是其有效的治疗方法。
3.多囊肝 若肝脏病灶大而产生显著压迫症状和顽固性腹痛，或合并出血、门静脉高压症和感染性胆管梗阻等并发症，可做肝移植；对于同时合并肾衰竭者须做肝肾联合移植。
4.其他 广泛毁损性肝外伤，合并其他方法不可控制的出血，肝移植可以作为治疗手段。由于供肝常不能立即获得，可在先做肝脏全切除以控制出血的情况下等待供肝的来临。
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