多因素分析表明，组织学分化程度、淋巴结有无转移、静脉侵袭有无及胰腺浸润有无与预后有关，其中高分化型腺癌与低分化型腺癌相比预后显著良好，无胰腺浸润病例的5年生存率为83.3％，而伴有胰腺浸润病例的5年生存率则仅为7.1％，两者差异显著。有的学者报道以体重减轻和梗阻性黄疸发病患者的预后，明显不如以上消化道出血为主诉发病的病例。也有的学者报道与十二指肠第1段及第2段癌瘤相比，第3段及第4段肿瘤的预后差。
Raymond等报道十二指肠癌施行胰头十二指肠切除术（PD）病例，无淋巴结转移者的术后平均生存56.6个月，而伴有淋巴结转移者术后仅生存6个月。中国医科大学附属第一医院报道51例十二指肠癌中有42例行根治性胰十二指肠切除术，术后5年生存率28.6％。DNA定量分析发现异倍体的小肠癌较低，DNA指数、众数值、DNA恶性分级、干系倍体值和9倍体超过5个参数对判定十二指肠癌的预后有重要的意义。
笔者对22例原发性十二指肠癌施行手术治疗，其中包括实施胰头十二指肠切除术12例、节段性肠管切除术4例及短路手术（胃肠吻合＋胆肠吻合）6例。病例手术死亡率为0，也无1例发生胰瘘、胆瘘及肠瘘，仅有1例发生胃排空迟缓症。22例中有3例失访，随诊率为86.4％。15例（1例失访）实施根治性手术切除病例的1年生存率为86.7％（13/15例）、3年生存率为46.7％（7/15例）、5年生存率为26.7％（4/15例），其中胰头十二指肠切除术的5年生存率为27.3％（3/11例）和节段性肠管切除术组的5年生存率为25.0％，差别不显著；而实施短路手术病例（2例失访）无1例生存超过1年，两者之间的差别显著（P＜0.01），说明手术切除在治疗原发性十二指肠癌方面的重要性。
原发性十二指肠癌的外科治疗效果主要取决于有无淋巴结转移、肿瘤浸润深度及手术能否切除。Bakaeen等对101例原发性十二指肠癌进行了多因素分析后，发现十二指肠癌的预后决定于淋巴结转移、切除缘有癌残留及体重下降等因素。Ramaond等报道采用胰头十二指肠切除术治疗原发性十二指肠癌22例，其5年生存率为62％。Lang等报道对诊治18例原发性十二指肠癌中的10例实施了手术切除，其中包括Whipple手术8例及节段性肠切除2例，其切除组病例的1、3、5年生存率分别为90.0％、66.7％及53％，而未切除组病例无1例生存超过25个月，与切除组相比生存率差异存在显著性意义（P＝0.0027）。Santoro等报道89例原发性十二指肠癌中有65例实施治愈性切除，包括胰十二指肠切除术37例、十二指肠区域切除15例、十二指肠部分切除11例、区域切除＋横结肠切除2例及联合胰尾切除术1例，手术死亡9例（10.1％），切除病例的5年生存率为25％。Rose等对79例原发性十二指肠癌进行分析，42例行治愈性切除（包括胰十二指肠切除术38例），切除病例的5年生存率为60％，与临床分期及淋巴结转移有关。
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