《防止贿赂条例》虽然没有直接规定行政长官的宪制地位，但是因为该条例特殊的历史背景以及在现时政治中的适用，它成为了行政长官宪制地位讨论的最佳切入点。香港以往的历史教育了香港民众廉政治理的重要性。[12]然而，当行政长官与廉政法制联系在一起时，行政长官的宪制地位的内在矛盾冲突便引发了香港的宪制危机。在曾荫权收受利益事件曝光后，有议员希望立即启动《基本法》弹劾条款及2008年《防止贿赂条例》赋予立法会的弹劾权，如香港立法会旅游界议员谢伟俊试图依据《基本法》第73条第9项联合15位议员提起弹劾动议，组成特别调查委员会。此后，又有二十名泛民主派议员联署提起弹劾动议。
《防止贿赂条例》于2008年修订后，其第4条、第5条及第10条已延伸适用于行政长官。该条例设立转介机制，授权廉政专员在调查后，若有理由怀疑行政长官有触犯《防止贿赂条例》的罪行时，可转介律政司司长。律政司司长在收到廉政专员的转介后，若有理由怀疑行政长官有触犯《防止贿赂条例》的罪行，可转介立法会议员考虑是否根据《基本法》所订的弹劾程序而采取行动。由此产生的法律问题是，在廉政公署调查结束之后，如果确实发现了在任行政长官可能触犯《防止贿赂条例》，廉政公署应如何提起刑事检控？如果立法会未能依据《基本法》第73条第9项成功启动弹劾程序，根据《防止贿赂条例》，当廉政公署将相关事宜移交至律政司司长时，律政司司长是否可以针对在任行政长官提起刑事检控？或者，立法会成功启动弹劾后报请中央人民政府批准，而后者没有批准罢免行政长官的情况下，律政司司长是否可以针对在任行政长官启动刑事检控？又或者，在立法会成功启动弹劾程序时，律政司司长是否可以同时针对在任行政长官启动刑事检控，让弹劾程序和司法审判同时进行？上述三种法律事态得以无序蔓延的症结在于，针对行政长官，律政司的刑事检控和立法会的弹劾程序之间的顺序如何没有搞清。此问题涉及《基本法》第73条第9项和《防止贿赂条例》第31AA条。
在《基本法》条文没有明确给予行政长官以刑事豁免权的情况下，2008年《防止贿赂条例》增补条款第31AA条明确了两套执行方案。
方案一：移交立法会。
对于一般的贪腐案件，《防止贿赂条例》规定廉政公署无权自行提起刑事检控，《基本法》第63条规定律政司主管刑事检察工作。而对于行政长官贪腐的特殊案件，2008年《防止贿赂条例》增补条款第31AA条增加规定(1)尽管第30条另有规定，凡专员有理由怀疑行政长官可能犯了本条例所订罪行，专员可将该事宜提交律政司司长，让律政司司长考虑是否行使他在第(2)款下的权力。(2)尽管第30条另有规定，凡律政司司长因根据第(1)款作出的提交而有理由怀疑行政长官可能犯了本条例所订罪行，他可将该事宜提交立法会议员，让他们考虑是否根据《基本法》第七十三条第(九)项釆取任何行动。”
根据此条款，廉政公署经过调查，如果决定对在任行政长官启动刑事检控程序，它可以选择提请律政司司长考虑，这一程序与普通的贪腐案件相同。对于行政长官的贪腐案件的特殊之处在于律政司司长在接到廉政公署的提请之后，可以选择不直接作出刑事检控的决定，而是选择将相关的提请事宜提交给立法会议员，从而将《基本法》之下的刑事司法程序过渡到了《基本法》规定的立法会弹劾程序，即将对于行政长官的法律程序过渡到政治程序。
方案二：一般刑事检控。
《防止贿赂条例》第31AA条并未对律政司司长的“转介程序”规定“必须”。由此，《防止贿赂条例》仍然承认，对于行政长官的调查如果触犯了条例规定的罪行，律政司司长也可以选择直接提起刑事检控。这种选择并没有在条例里明确规定，但《防止贿赂条例》第10条的增补条例第(1A)款规定：“如在因第(1)款所订罪行而进行的法律程序中，被控人是现任行政长官或曾任行政长官，法庭于决定被控人是否己按该款规定作出圆满解释时，须考虑被控人依据《基本法》第四十七条第二款向-审法院首席法官申报的财产。”这就表明《防止贿赂条例》承认律政司直接提起一般的刑事检控的权力。并且，在2008年6月25日立法会针对《防止贿赂条例》的讨论中，政务司司长就这两种选择方案的关系做了说明第31AA条属赋权条文，旨在容许律政司司长把指称行政长官贪污的投诉转介立法会，让立法会议员可取得有关的资料，以便考虑是否启动《基本法》第七十三条第(九)项所订程序。建议的第31AA条不会干涉律政司司长根据《基本法》第六十三条主管刑事检察工作，不受任何干涉的宪法职能。律政司司长仍保留提出检控的酌情权和权力。所有检控决定会按既定检控政策作出。作为香港特区的检控当局，律政司司长会收到所有有关可能导致检控的严重罪行的刑事调查资料。如果数据关乎行政长官涉嫌触犯条例所订罪行，律政司司长可基于有关资料决定釆取检控行动。如果律政司司长有理由怀疑行政长官可能违反条例，他可把有关事件转介立法会，让立法会考虑是否根据《基本法》第七十三条第(九)项采取任何行动。律政司司长须按个别情况，审慎行使这项重要的酌情权，并须为行使酌情权负责。因此，容许律政司司长在接获廉政专员转介有关行政长官涉嫌贪污的投诉后，把该投诉转介立法会，并不会影响立法会考虑启动《基本法》第七十三条第(九)项展开调查和弹劾程序的权力，或律政司司长的刑事检控行动。”[13]
虽然第31AA条没有影响立法会根据《基本法》第73条第9项享有的调查和弹劾行政长官的宪法权力和律政司根据《基本法》第63条享有的刑事检控的宪法权力，但是第31AA条并没有规定两者的宪法权力的行使顺序，从而使第31AA条有可能违反《基本法》，造成两种宪制权力的冲突，甚至引起宪制危机。
在行政长官曾荫权收受利益的案件中，廉政公署己于事发第六日立案进行调查。而2月28日，立法会15名议员在廉政公署立案调查的情况下，又根据《基本法》第73条第9项，向立法会提交联合动议，请求立法会成立特别调查组进行调查。如果此项动议被立法会批准，那么对于行政长官的利益输送事件，行政和立法将在目前的法律体系中独立运行两种调查程序。如果调查程序正常发展，第31AA条中规定律政司的检控程序和立法会的弹劾程序将会出现6种情况(见表1)。
从中我们可以看到，如果事态按照1、2、3、4这四种模式发展，就将会造成两种类型的冲突：1、3情形下是横向的冲突，即特区政府内部的行政、立法与司法三部门在行政长官贪腐事件上的冲突；2、4情形下是纵向的冲突，即特区政府与中央政府之间的冲突。如果说，前者的横向冲突情形仍然符合香港特别行政区内部的良性的三权分立制衡的政治运作逻辑的话，那么后者的纵向冲突就是中央与香港特区在“一国两制”框架中面临的政治难题，即一方面中央担心特区的稳定，另一方面特区担心中央威胁自己的自治权。
其中第4种情形展示的特区司法与中央的冲突尤为特别。实际上，这种冲突一直是香港特区自1997年回归以来出现的吴嘉玲案、庄丰源案、刚果(金)案等案件以及后续的人大释法事件爆发的核心政治问题表现。[14]由此，如任凭事态发展，这种冲突极有可能出现在本次关于行政长官利益输送事件中。事实上，泛民主派议员的联合动议、立法会调查、弹劾程序启动、不信任投票等政治策略逐步从利益输送事件延续到了对特首梁振英的指控上。如果上述政治策略成功，立法会将向中央政府提请弹劾案，要求中央罢免行政长官。特区的自治压力就转向了中央政府。如果中央政府决定不罢免在任行政长官，那么面对特区民意，泛民主派很有可能施压律政司司长，直接启动刑事检控程序。在《基本法》没有赋予行政长官刑事豁免权的情况下，中央再次面临与特区司法机关对抗的境地。[15]由此，不仅中央的权威丧失，而且特区的稳定、司法独立也岌岌可危。更严重的是，这并不是实践“一国两制”的应然状态。所以，从政治上考虑，在刑事检控和弹劾的顺序问题上，中央和特区政府一定要努力避免出现1、2、3、4这四种政治对抗情形(特别是第4种情形)，尽量将政治力量的对抗引导到5、6两种良性的解决途径中。也就是说，刑事检控应以行政长官弹劾成功或者行政长官辞职为前提条件。
2012年5月31日，曾荫权委托的“香港防止及处理潜在利益冲突独立检讨委员会”向行政长官提交检讨报告，提出36项建议。[16]委员会建议《防止贿赂条例》第3条和第8条同样适用于行政长官一职，并建议实施一系列配套措施。其中最重要的是成立一个专职的法定独立委员会。专职的法定独立委员会的唯一职能是考虑并决定是否许可行政长官索取及接受利益。它由三名成员组成，有关成员由首席法官和立法会主席共同委任，须为香港永久性居民，享有崇高的社会地位，获公众信任。在委任过程中，首席法官和立法会主席可就人选与行政长官之间任何家族关系以及该人选与行政长官以往及现时的关联、关系或往来，适当地向拟委任的人士和行政长官查询。[17]
从上述条例和《基本法》规定处理行政长官弹劾问题的程序看，该建议的实质是为调查和弹劾行政长官增加了前置程序，从而将目前的四步走的程序变成五步走的程序，即无论是廉署专员的合理怀疑，还是律政司长决定是否提请立法会启动弹劾程序，都必须由该独立委员会首先裁定行政长官接受利益是否构成了条例所禁止的利益。如果2012年的修订报告最终在未来被立法会所接受，那么，《防止贿赂条例》所隐含的宪制冲突将直接导向上述第4种宪制冲突的升级版——激化为独立委员会这一香港政治机构与中央政府的直接冲突。
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