（一）办学理念
南方科技大学坚持“追求卓越、学术自由和学者自律”的大学精神，积极探索建立具有中国特色的现代大学制度，进行大学立法实现依法办学；创新高校教育经费投入及财务运行管理制度；创新产学研结合模式，提升大学服务区域经济和创新型国家建设的水平；争取15年左右把南方科技大学建成一流大学，使其成为我国科学研究与创新型人才培养的重要基地。[3]
（二）培养目标
南方科技大学按照“小规模、高质量”的宗旨，学习世界一流大学聚集人才和精品办学的经验，本科教育和硕士、博士研究生教育同步推进，力主精品扩展战略，强力打造学校品牌。学校将延揽世界一流的师资队伍和招收国内外一流的生源，在与香港科技大学等境内外知名高校合作的基础上探索拔尖创新型人才的培养模式。本科教学将坚持宽口径、厚基础的原则，一、二年级本科生实行统一的基础课程；三年级开始自选专业，学习专业课程。研究生教育阶段将依托高水平的实验室和研究所、研究中心实施教学，采取宽严适度的原则加深专业教育，促进高端科技人才健康快速地成长。[4]
（三）自主招生自授学位
根据《普通高等学校设置暂行条例》第17条规定:“设置普通高等院校的审批程序，一般分为审批筹建和审批正式建校招生两个阶段。”获得筹建权利的南方科技大学还没有正式招生的权利，要等到正式建校时才可得到招生资格。经过跟教育部协调，教育部做出让步，同意南方科技大学与中国科技大学联合招生，但招来的学生必须是中国科技大学学籍。“改革的结果就是建一个分校，这还叫改革吗？”朱清时决定不再等待，他要进行一场史无前例的冒险——跳出现行教育体制，探索一条全新的道路。他说，在深圳这片土地上，没有一件事是等着批复干的。“改革需要承担者，深圳精神就是敢闯，从今天起，我们要打破教育的铁饭碗了，自主招生，自授学位！”[5]于是，南方科技大学从教育部手中要回招生和授学位的自主权。
南方科技大学采用“寒假考试、春季开学”这种强行闯关的方法。12月8日，南方科技大学正式宣布启动自主招生；12月15日，正式公布招生简章；12月18日，南方科技大学招生咨询会吸引上千学生和家长；12月19日，南方科技大学低调组织首批16名考生进行复试。同时，在《朱清时校长致报考南方科技大学考生、家长的一封信》中，说明了南方科技大学自主招生的缘由及一些招生计划。
“这按照一些旧的规章制度，南科大一步到位地建成一所研究型大学的目标是不可能实现的。这些规章制度规定:要想创办一所新的高校，只能先办大专或学院，若干年后办得好者，评审合格，再升成大学。然后再一个个地申请硕士、博士点，几十年后才可能建成一所研究型大学。这些法制化了的规章制度的原意是由教育部代表国家来保障、控制全国学位的质量，但同时也使大学失去了办学自主权，造成高校‘千校一面’的畸形状况。
这些规章制度的弊端，是剥夺了大学‘招生’和‘授学位’的核心自主权，导致我国大学缺乏内在的发展活力。为了实现南科大的目标和定位，也为了回归大学应有的办学自主权，尝试建立现代大学制度，我们把‘自主招收高二学生’，‘自授各类学位和文凭’作为教改先行先试的内容。我们的教改计划得到了国内外舆论积极的支持，国际权威的《科学》（SCIENCE）也发了专访，南科大成了国内高等教育改革的风向标。”[6]
2012年4月24日，教育部公布了《教育部关于同意建立南方科技大学的通知》，南方科技大学正式获准建立，但通知未对南科大的具体招生方式作出明确规定。[7]
（四）人才引进
1.师资引进
对于师资，南方科技大学想招真正一流的人才，如教授、院士、海外学者，首批的十多位就很有代表性。南方科技大学在招生之初宣称:我们已经做好了首期教改实验班的师资准备，聘请了若干院士和著名教授承担教改实验班的教学工作，包括:中科院院士张景中教授讲授高等数学；中科院院士陈国良教授讲授“计算机基础”；著名物理学家陈应天教授讲授“普通物理”；香港科大李泽湘教授讲授工程创新导论；中科院院士朱清时教授主讲创新能力培养课程；香港科大丁学良教授领衔组织设计人文教育课程，实施目前世界上最先进的全面教育体系（后有变动）。[8]2011年年初，从清华大学退休的张贤科教授和从华中科技大学退休的李元杰教授，与南方科技大学签订了全职合同。[9]
2011年6月24日下午，新闻发布会上，朱清时宣布聘请陆为、许宗祥与徐虎三位年轻学者担任副教授，聘期三年，并称:“我们有信心年底前招聘到100多位教授，在明年年底之前，完成教师队伍的主体建设。”南方科技大学的招聘计划是330位教工，其中特聘20～30位领军教授、50位客座教授和120位教授副教授和助理教授，由教授再招聘100位左右博士后。[10]
2.招生要求
注重人才的多样性，面向全国及海外招生。“我们的招生包括偏才、怪才，但正常的学生也很多，而且主体还是正常的学生，就是在高考中考高分的学生。一个学校要办好，要自由成长，需要人才的多样性。”“我们的目标是尽可能地用英语上一些课程，最好是聘请外国的教授，并且招收外国留学生，这样做的目的就是增加学生的文化多样性，这样学术氛围就好了，学生成才的可能性也更大了。”[11]
注重原生态及素质。“我们需要原生态的学生，只要素质好，同时熟练掌握中学的各种知识。中学的知识还是有其一定的合理性，学好了中学知识，才能学好大学知识。中学学得好，素质又高，如记忆力、想象力好，就是我们想要的学生。”[12]他们想招高二的学生，不想让学生再读一年高三去训练考试。这样，既原生态，又把高中课程学完了。首届教改实验班学生是经过学校对理解力、想象力等方面专门的考量而选拔出来的，希望今后学校在招生时不用和高考挂钩，而是继续沿用自己的选拔方式，招收到学校真正需要的人才。[13]经过严密的招生咨询、报名、筛选和复试等一系列工作，南方科技大学从国内24个省市754名报考考生中精心选拔录取50名学生（45人报到）。对于招生规模，朱清时表示:“南科大今年秋季将招生150名，招生人数今后将逐年增加。”[14]
同时，为了免除实验班学生的经济负担，首期学生将享受全额奖学金（减免学费，并每年补助每人1万元人民币作生活费）。
（五）学科设置:非传统院系模式
约100年前，人们按照物理、数学、生物等进行学科分类，一直到现在称之为经典学科，每个学校院系也都按这种学科分类来设立。但是，最近50年，自然科学发展都按照交叉学科和集成学科的方向发展，当代科学技术发展的最前沿都是新兴的交叉学科，凡是有利于新兴的交叉学科发展的地方，科技创新力就强。所有学校都感到，还按照传统学科这样分类，对集成或者交叉学科的发展起到了阻碍作用。在传统的院系模式中，每个院、系的行政机构都有维护自身利益的趋势，容易产生院系壁垒。另外，院、系两级行政机构会拉开学校领导与教授们之间的距离，影响学校及时听取一线教师的意见和建议，影响学校教学和科研的科学发展。
在2011年9月浦江创新论坛上，朱清时指出:“我们想建立一种开放式的学术组织结构，一方面我们要建院系，不建院系，学生或者老师没有归属感，而且不建院系都建成交叉学科，那么老师没有竞争，交叉学科就变成新的院系了，也不行。这些院系是孵化器和土壤，一旦里头有种子在教授之间成熟了，跨系的教授成立交叉研究所，这样的研究所一旦成立，就能够得到学校比较大的经费支持，得到政府的大的经费支持，他们处于高的激发态，这些教授从原来的院系里头出来到这些交叉中心，交叉中心跟系是平级的，不同系的教授他们可以联合起来，向学院申请成立交叉科学中心。如果过一段时间搞得不好，考核不合格，再考核一次不合格，所有的人员解散回到原来的系里面去。系是孵化器也是落脚点，研究中心做得不好迅速淘汰，淘汰之后教授回到原来系里面去经营课题组，经费比较少，但还是有保证，而且他的课以系为基础。”[15]
他将系和交叉中心的关系归结为:第一，系是学校交叉中心的孵化基地；第二，在系发展到一定规模以后，相应条件都成熟的时候，不同系之间人员可以申请成立交叉科学研究中心；第三，新兴交叉中心或者集成学科，既是研究中心，也是人才培养中心，为高年级学生和研究生开始选修的新的专业。在系之上，将建立以下科学交叉中心:能源交叉中心和未来城市研究中心。
目前，南方科技大学根据学校定位，设置理学部、工学部，在学部下设研究所和实验室，并以此为基础设置各类专业。学部的主要职责是对内部的教学、课程设置、学术研究活动进行协调。各研究所、实验室是进行教学和科研活动的基本支撑单位。[16]南方科技大学拟以理学、工学和管理学作为三大支柱学科，注重发展交叉学科和新兴学科，兼顾其他应用型学科和人文社会类学科。其中，工学科约占学科总量的30%，理学学科占20%，交叉学科占30%，管理学科占15%，人文社会类学科占5%。深圳计划在15年左右的时间内，在理学、工学和管理学三大学科门类内设置一批重点学科，凝聚一批国内领先、在国际上有一定影响的新兴学科、交叉学科，发展数个在国际上有较大影响的核心学科，将其中部分学科方向建成国际一流水平；学科结构布局合理，形成与国际知名的高水平创新型大学相符合的学科框架。[17]
（六）课程设置:力推全面教育
丁学良教授提出，要在南方科技大学实施全面教育而非通识教育。他认为，“全面教育”和“通识教育”是截然不同的两种教育，传达着两种截然不同的育人观念。“全面教育”来源于美国哈佛大学的General Education，是哈佛自2007年启动的一项新的教学改革。为此，学校花费数百万美元邀请美国、欧洲的教授以及自己的学生，经过长时间讨论进行课程设计。
目前，国内很多大学正在推开“通识教育”，即哈佛实施了30多年的核心课程教育。“通识教育”建立在各个知识大类基础上，每位学生入学后第一年，必须先选择一些核心课。这些课可能与专业有联系，也可能没有联系。而现在实施的“全面教育”，是指所有课程都必须包含除了知识以外的更多内容，如伦理、情感、态度、能力等，使学生永远都处于探索和接近真知的过程中。
学生通过全面教育课程，要获得的是思考问题、解决问题的思路和能力，因此课程设计都要尽可能把核心的、相关的内容包含在内。上课不是为了学知识，而是为了拓展开放性思维。全面教育课程还会将工学平台、理学平台打通，所有的老师每个学期至少碰头一次，看自己的课有没有可能融合起来。学校计划在未来3到5年内，形成全面教育的不同构建。[18]朱清时教授表达了实验全面教育的意愿，还表示南方科技大学将重新设计每门课程，目标明确，结构合理，内容恰当，讲话先进，让学生得到真本事。[19]
（七）现代书院制
现代书院制是南方科技大学独具特色的学生管理制度，是全面教育的核心组成部分，其宗旨是:立足于推陈出新的中国思想文化，追求实现国际化的博雅教育，致力于促进学生在认知、体魄、道德、社会性、审美等方面的多维度成长，为学生提供的环境兼顾全方位的学习和丰富亲切的生活体验。书院以学生公寓为核心，形成关系密切、互动交流的师生社区，通过正式及非正式的教育、辅导咨询、兴趣社团和交流访问等多样活动，为学生缔造亲切融合、活跃多彩和挑战自我的生活学习环境，扩阔眼界和国际视野，培养独立思考、判断和选择能力，人际交往、沟通表达和领导能力，以及对他人的关爱和对社会的关怀意识，为学生毕业后步入广阔天地、开展健全人生、担当社会责任打下坚实基础。[20]2011年9月9日下午，南方科技大学举行了“致仁书院”揭牌仪式，书院有了自己的名字。“致仁书院”四个字，源自儒家经典《大学》里的名句“格物致知”，由明代大儒谢迁引申为经典的治学理念“格物致知，格心致仁”，寓意“不断探索真理，到达清明通透的境界”。[21]
（八）“去行政化”管理
2010年6月6日，我国颁布了《国家中长期人才发展规划纲要（2010—2020年）》。该纲要称，要克服人才管理中存在的行政化、“官本位”倾向，取消科研院所、学校、医院等事业单位实际存在的行政级别和行政化管理模式。在科研、医疗等事业单位探索建立理事会、董事会等形式的法人治理结构。建立与现代科研院所制度、现代大学制度和公共医疗卫生制度相适应的人才管理制度。[22]“去行政化”正是南方科技大学的改革亮点和努力方向，南方科技大学实行理事会治理、教授治校、学术自治，明确界定政府、学校、行政、学术的权界，探索建立中国特色的现代大学制度。
1.理事会
根据《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》中关于“管办评分离，形成政事分开”的要求，南方科技大学将建立理事会作为学校的外部治理机构。理事会是南方科技大学最高决策机构，审议和决定有关南方科技大学发展的重大问题。理事会由政府代表、人大代表、社会贤达人士、学校领导、教授代表、学生代表、校友代表组成。理事会成员由深圳市政府任命，理事会主席由市长兼任。[23]深圳市政府作为办学者，履行经费投入、依法监管等责任，不干涉学校具体事务，充分保障南方科技大学的办学自主权。
2.教授治校
南方科技大学的领导和管理职责主要由三个委员会（党委会、校务委员会和学术委员会）和校长承担。党委会的主要职责是保证国家法规与政策及学校章程在学校得到贯彻落实。校务委员会负责学校的行政、财务和资产事宜的重大决策。学术委员会是学校最高学术评议机构。校长是学校法定代表人。
在校务委员会和学术委员会中，在教学科研第一线工作的教授代表不少于总数的1/3，由教授会选举产生。校外人员（含校友）应有一定比例，由校友会选举产生。学校的领导中间有一半将由教授们直选，学校教务长、总务长、科研长、秘书长由教授会协商推选，以保证教授的意图能够得到贯彻。
南方科技大学依照《中华人民共和国高等教育法》实行“党委领导下的校长负责制”。创校初期，原则上党委书记、校长由创校校长（为中共党员）一人兼任，不再分设。今后，如果校长为党外人士，由校理事会推荐校党委书记人选经深圳市委组织部门按程序任命。副校长、副书记由校长（书记）提名，按程序任命。
3.校长遴选
南方科技大学校长遴选由深圳市委、市政府负责，为了体现与国际接轨，深圳依政府决议专门成立了校长招聘领导小组和校长遴选委员会。具体程序可以分解为7个步骤。第一步，海选。海选工作由罗盛咨询公司负责，经各方推荐和选择，罗盛公司提出初步的200多名海选名单。第二步，提出推荐名单:其一是由深圳市委、市政府依照高等教育管理专家的意见提供的6人名单；其二是由猎头公司根据深圳市委市政府要求从200名初选名单中筛选出100名进入下一轮的名单。第三步，访谈。访谈分两个层次进行，其一是重点访谈:深圳市协调罗盛咨询公司对朱清时进行了重点访谈。其二是一般访谈:罗盛咨询公司共对56人名单进行访谈、调查、专业的测评并打分，最终在符合资格候选人中选定10名候选人，并递交给南方科技大学校长招聘工作小组。第四步，根据提交上来的10人名单，校长招聘工作小组再选出5人，提交至校长遴选委员会。第五步，遴选会票决最后的候选人。第六步，候选人与政府约谈。朱清时与深圳市政府主要领导会面，提出其办学理念。市政府基本上接受了朱清时的意见。而后，深圳市政府党组会议研究了朱清时办学一揽子意见，后形成意见并报给市委常委会。第七步，市委决定。市委常委会议同意聘任朱清时为南方科技大学（筹）创校校长。[24]南方科技大学遴选校长的做法，被国内媒体说成是“真正意义上的全球校长海选”、“深圳最漂亮的创新”。[25]
4.经费管理
经费管理实行三级模式。根据《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》关于“设立高等教育拨款咨询委员会，增强经费分配的科学性”的要求，深圳市政府对南方科技大学实行“政府——大学拨款委员会——大学”三级管理模式。深圳市政府已着手建立大学拨款委员会，由该委员会专门统筹调研南方科技大学办学经费需求，既保证政府对大学有足够的经费投入，又使大学运转受到政府与社会的有效监督。[26]
设立“南方科技大学基金会”。根据《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》关于“学校设立基金接受社会捐赠等多渠道筹措经费的投入机制”的要求，南方科技大学将成立“南方科技大学基金会”，吸纳社会捐赠办学，形成多元化的办学经费来源渠道。2011年12月3日，南方科技大学教育基金会召开理事会第一次会议，标志着该校教育基金会正式成立。会后教育基金会秘书处将向深圳市民政局申请设立，完成报批程序。“南科大初期的经费主要依靠政府，现在逐步开放社会渠道，经费来源实现多样化。社会渠道资金成为学校资金主力之一，才能让南科大有更大的办学自主权。”南方科技大学校长朱清时透露，学校已接收捐款超过200万元。[27]南方科技大学教育基金会由理事会、监事会、秘书处组成。理事会负责对基金会的重大政策、筹资活动、投资项目进行决策，审议基金会工作报告，决定基金会主要工作人员任免，审定预算和决算。监事会负责检查财务和会计资料，监督理事会遵守法律和章程的情况。秘书处是基金会常设办事机构，在理事会领导下负责基金会的日常工作。南方科技大学教育基金会主要负责接收境内外社团、企业、商社及个人的捐赠，并根据学校需要和赠者意愿设立资助项目，资助贫困生，承担一定的灾难捐助，奖励在教学、科研和高新技术开发等工作中作出贡献的教职员工和学生，保障南方科技大学教学、科研水平不断提高。
（九）章程立法
南方科技大学采取依法办学、依法治校，实行法治是办学理念得以贯彻、良好管理机制得以运行的保障。在办学方面，《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》中“建设现代学校制度，落实和扩大学校办学自主权（第十三章第三十九条）”为南方科技大学指明了改革的方向。《珠江三角洲地区改革发展规划纲要（2010—2020）》和《深圳市综合配套改革总体方案》中“争创国家教育综合改革示范区”，“深化改革先行区:继续承担全国改革‘试验田’的历史使命，大胆探索，先行先试，全面推进经济体制、政治体制、文化体制、社会体制改革，在重要领域和关键环节率先取得突破，为实现科学发展提供强大动力，为发展中国特色社会主义创造新鲜经验”[28]，为南方科技大学提供了具体的任务。
南方科技大学将在法律框架下，通过学校层面制定《南方科技大学章程》，深圳市政府制定《南方科技大学管理暂行办法》，以及深圳市人大实施特区立法权，制定《南方科技大学条例》等一系列措施，保障南方科技大学依法自主办学。在南方科技大学的开学典礼上，朱清时指出，今后南方科技大学将依法治校，校风和文化一是要崇尚真理，谁掌握真理，就听谁的，二是要以学生为本。[29]
2011年5月24日，《政府公报》2011年第22期（总第746期）上公布，深圳市人民政府令（第231号）《南方科技大学管理暂行办法》，已经深圳市政府第五届二十九次常务会议审议通过，现予发布，自2011年7月1日起施行。[30]
《南方科技大学管理暂行办法》共有七章:第一章，总则；第二章，权责；第三章，治理结构；第四章，教职工；第五章，学生；第六章，管理与监督；第七章，附则。朱清时校长多次提到的“探索建立具有中国特色的现代大学制度”、“教授治学、学术自治”的原则被写入该办法总则。
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