1570年，《伊丽莎白章程》（The Elizabethan Statutes）对剑桥大学的特权作了保证，大学权力集中在校长和副校长手里。在16～18世纪中期，剑桥大学又创办了包括基督学院在内的6所学院。1627年进入剑桥大学伊曼纽尔学院学习的文学硕士约翰·哈佛（John Harvard）在他去世时，将他的一半的产业及图书馆捐给刚刚成立一年的美国“剑桥学院”，即今天驰名世界的哈佛大学，对世界大学变革和模式产生了重要影响。1662年英国皇家学会成立，剑桥大学学者对此功不可没。在斯图亚特王朝（The House of Stuart）[18]复辟之后，自然科学的研究与教育在剑桥大学的地位开始日趋重要。这主要反映在先后设立了一系列的科学讲座教授职位，其中最著名的就是艾萨克·牛顿（Isaac Newton）[19]的讲座。牛顿在1660年进入剑桥大学三一学院，26岁时就开始主持卢卡斯数学讲座教授（Lucasian Professor of Mathematics），时间长达33年之久。在这一时期，数学在牛顿的研究生涯中达到了鼎盛时期，而牛顿及其追随者亦使数学成为当时剑桥大学最重要的学科，并促进了大学科学研究工作的全面展开。在卢卡斯数学讲座教授之后，剑桥大学又先后设立了普卢姆化学教授（Plume Professor of Chemistry）、天文学讲座教授（Plume Professor of Astronomy）；伍德沃德植物学教授（Woodward Professor of Botany）、地质学讲座教授（Woodward Professor of Geology）；朗德天文学教授（Lande Professor of Astronomy）、几何学讲座教授（Lande Professor of Geometry）和实验哲学等一系列讲座教授。在开展科学活动的同时，为了满足各方面的需要，剑桥大学还设置了两个阿拉伯语教授职位，即托马斯·亚当讲座教授（Thomas Adam Professor）和艾尔莫纳讲座教授（Al－Mona Professor）；以及奈特布里奇道德哲学讲座教授（Knightbridge Professor of Moral Philosophy）、音乐讲座教授（Knightbridge Professor of Music）、雷吉乌斯现代史讲座教授（Regius Professor of Modern History）；诺里斯神学讲座教授（Norris Professor of Theology）和唐宁法学讲座教授（Downing Professor of Law）。这些主持学科讲座的教授们积极鼓励大学内教学与科研辅助设施的建设，诸如剑桥植物园（Cambridge University Botanic Garden）、伍德沃德化石博物馆（Woodward Fossil Museum）和三一学院附设的天文台等。
（一）人文主义的兴起
在这一时期，宗教改革和学院改革初见成效，王室对剑桥大学的改革发挥了重要的作用。一方面，国王学院（King’s College）和迈克尔书院（Michaelhouse）合并，成为剑桥大学规模最大也是最富有的三一学院，大学开始讲授“新学”；另一方面，大学的规模也迅速地扩展了，王室特许剑桥大学印刷和出版经批准的著作。剑桥大学出版社也就成了迄今为止世界上最古老、也是最大的大学学术出版机构之一。
当时，剑桥镇仍然相对较小，1801年首次人口普查时，居民人数不足9 000人，只是繁华农业经济中心的一个小镇。这里住着农民、石匠、啤酒酿造工人、裁缝、鞋匠、商人。城里没有大房子，有钱人住在周围的庄园里。但是，有越来越多的下等贵族的子弟和中产阶级的子弟前来就读。当时，剑桥大学有三类学生：贵族生（noblemen）、自费生（pensioners）和减费生（sizars）。贵族生支付昂贵的学习费用，不用考试就能拿到学位，成为可与研究员同桌用餐的学生（Fellow Commoner）；自费生来自中等阶层的学生，他们支付住宿和学习费用，但少一些；最后是减费生，来自贫困家庭的助学金领取者，免除了各项费用，但必须在学院里从事义务服务。大学的三种社会等级的教育基础就是16～17世纪发展形成的导师制。
约翰·费舍尔
人文主义思想也随着印刷术的发展传播开来。欧洲文艺复兴运动最杰出的代表是来自尼德兰的德西迪里厄斯·伊拉斯谟（Desiderius Erasmus）[20]。罗切斯特主教、担任大学校长长达30年之久的皇后学院（Queen’s College）院长约翰·费舍尔（John Fisher）将伊拉谟斯请来剑桥大学。约翰·费舍尔不仅是影响巨大的学者和组织者，而且还是亨利七世母亲玛格丽特·博福特（Margaret Beaufort）夫人的忏悔神父。他建议博福特夫人将财产捐给剑桥大学，以促进大学的发展，于是博福特夫人在1502年捐助剑桥大学最早的一个教授职位，即神学教授席位，然后创建了基督学院（Christ’s College），去世后又捐建了第二所学院——圣约翰学院。巨额的捐助，学生人数的增加，人道主义的教学计划，这一切都促使剑桥大学逐渐发展成为一所在欧洲产生重要影响的大学，首要的标志就是和牛津大学处在了同等水平。
伊拉斯谟来到剑桥大学后，从1511年到1514年住在皇后学院，教授神学和希腊语，并进行著述和翻译活动，有着无人能及的旺盛精力和优雅文风。对于剑桥大学来说，他不仅是一名布道者，而且鼓励用希腊语和希伯来语学习“新知识”。这也导致了教会的改革和修道院的解散，使得原始资料研究取代了中世纪的经院哲学，重心从神学转到了雄辩术，从培养牧师转到了培养有学识的人。从此以后，古代语言和文学在英国大学的教学课程里长期占有重要的地位。人文主义者使得剑桥大学成为了改革的场所。
与较为保守的牛津大学不同的是，剑桥大学的教师们愿意接受马丁·路德（Martin Luther）[21]的新教学说。1521年，他们聚集在国王学院（King’s College）的白马酒馆，讨论从德国传来的人文主义理论。人们称这一个团体为“小德国”（Little Germany）。其主要代表人物有：休·拉蒂默（Hugh Latimer）、托马斯·克拉默（Thomas Krammer）、迈尔斯·科弗代尔（Miles Coverdale）、马修·帕克（Matthew Park）、威廉·廷代尔（William Tyndale），这些人作为圣经译者、主教和大主教，为在英国传播宗教改革做出了决定性贡献。其中有两本书，即廷代尔的《圣经》和克拉默的《公祷书》（The Book of Common Prayer）[22]起了特别重要的作用。1536年，实行宗教改革的亨利八世下令剑桥大学解雇其研究天主教教规的教师，并停止教授“经院哲学”。从此，剑桥大学的教学和研究重点从宗教和神学转为希腊文和拉丁文经典、《圣经》和数学。现今，剑桥大学基本上涵盖了所有的自然科学和人文学科。
（二）宗教纷争的影响
剑桥大学从建立之初发展到中世纪时，在本质上还是属于教会的一种机构，宗教权威牢牢地控制了剑桥大学，并且使得剑桥大学的办学目的变得十分的单一，就是为教会培养牧师，这时的剑桥大学还没有受到世俗政权的干涉和管辖。在历经了两百年之后的15世纪，剑桥大学已经变成了隶属于教皇的学术团体，并受到教会的许多特权保护。到16世纪30年代，由于亨利八世发动了宗教改革，在几经波折之后，国王取代了教皇成为英国教会的最高首领，并且确定了圣公会（Church of England）[23]在宗教上的主导地位。之后，都铎王朝（Tudor Dynasty）[24]的几位君主都对剑桥大学进行干预和控制，一个方面改变了教会独自控制剑桥大学的局面；另一个方面剑桥大学自身在这一时期也获得了发展。
自然而然地，宗教的纷争会表现在教育领域内，王室将自己的权力渗透到原来由罗马天主教控制下的牛津大学和剑桥大学。这不仅促进了这两所大学高等教育的世俗化，而且使大学的功能逐渐地转到为国家管理和政治服务的方面上来。
凯瑟琳
1.宗教纷争的起源：王室与天主教之争
16世纪30年代，亨利八世由于天主教拒绝宣布他与亚拉贡的凯瑟琳（Catherine of Aragon）的婚姻无效，而发动了宗教改革运动。他于1529年召开“国会改革”，着手进行宗教改革，从而导致了王室与罗马天主教的决裂，国王顺势颁布了《至尊法案》（Act of Sup remacy），宣布英国国王才是英国圣公会的首脑，建立了脱离罗马教廷的英国国教会。1558年，伊丽莎白一世即位后，又巩固了英国国教会的地位和权力，规定了官方的教义，镇压了不服从国教的天主教徒和清教徒。
但是，天主教的地位也是根深蒂固的，同样表现在剑桥大学的权力纷争之中。1771年7月，为了申请英国议会解除对国教徒的《三十九条信纲》（Thirty－nine Articles）[25]的认同，国教徒的牧师和信徒在伦敦聚会。这个团体有许多剑桥大学学者，包括了著名的牧师约翰·杰布（John Jebb）[26]和哲学家威廉·佩利（William Paley）[27]。次年，英国下议院开始讨论剑桥大学和牛津大学的入学申请条件。而结果却是国教徒和非国教徒有着很明显的区别，剑桥大学主张的以下几点：有权修改章程；废除祷告文；大学拥有学位授予权等都没有得到议会的批准，这实际上意味着保守的议会是赞成威廉·布鲁克斯·约翰逊（William Brooks Johnson）[28]的陈述：“我们的大学为英国教会培养人才，不应把我们的人才白白送给我们的敌人。”[29]剑桥大学内部的大学评议会也进行了投票，结果是55票对13票反对解除神学学位授予；40票对32票反对改变对学士学位的现有状况。从中可以看出，剑桥大学在宗教纷争中比下议院还要保守和传统得多。但是，随着时间的推移和英国国教势力的蔓延，到1779年国教的势力有了长足的发展，明显的表现就是在1787年的学士学位考试中取消了宗教测试。
这场宗教改革深刻地影响了英国的政治、经济和文化，同时也深刻地影响了剑桥大学的发展。随着宗教改革的发生和不断深入，剑桥大学的性质逐渐地转变为世俗政治服务，在剑桥大学内部，也确立了圣公会的地位，必须服从于1563年颁布的《公祷书》和《三十九条信纲》所规定的英国国教的教义。
在亨利八世离婚初始，剑桥大学就卷进了这场宗教纷争。亨利八世接受了剑桥大学耶稣学院托马斯·克兰默（Thomas Cranmer）的建议，为离婚的合法性寻求依据。于是在1530年，剑桥大学最终做出了有利于国王的决定，即在神法上国王是禁止娶身为寡妇的哥嫂为妻，这是剑桥大学服从于王室权力的第一步。但是，剑桥大学也是费了很大的周折才作出这样的决定。[30]
在国王亨利八世的离婚案中，剑桥大学显然迫于国内政局的变化和王室的权力，站在了国王的一边，从此，大学顺从了都铎王朝，而且作为王室政策工具的时代开始了。[31]剑桥大学不仅为王室寻求了法律和经济上的支持，而且也为国王进一步地控制大学作好了铺垫。1534年，国王命令剑桥大学就罗马天主教的权力和地位作出裁决，由于事先在大学内部作好了安排，在没有遭到大学内部天主教徒和自由主义者的反对下，剑桥大学作出了英国国王权威高于任何外来主教的决定。次年，时任剑桥大学校长的约翰·费舍尔由于拒绝承认国王的至高权威而被处死。随后，国务大臣奥利弗·克伦威尔（Oliver Cromwell）[32]继任剑桥大学校长，这明显表现出国王欲控制剑桥大学的意图。
马丁·布瑟
2.宗教纷争使剑桥大学获得王室特权
剑桥大学作为神学家聚集的中心，更因为剑桥大学在神学领域的垄断地位，国王和王室清楚地认识到剑桥大学在英国政治斗争中的重要地位。所以，在亨利八世之后的都铎王朝，几位君主都极力加强对剑桥大学的干预和控制。1535年，皇家学会的视察员巡视剑桥大学，其目的就是要强化大学遵奉国王至高权力的情况，还强加给剑桥大学克伦威尔的指令。其实质内容就是大学的所有成员必须遵守国王是至高权威的法令；停止有关经院哲学的讲座，神学讲座必须以《圣经》为主要依据；废止宗教法学位的授予。[33]之后的爱德华六世政府，继续奉行迫使大学服从于王室控制的政策。为了在剑桥大学巩固和宣传新学院，1548年王室邀请了德国宗教改革学者、多明我会成员马丁·布瑟（Martin Bucer）[34]为剑桥大学钦定教授，使剑桥大学成为英格兰新教中心。
王室对于剑桥大学的干预程度已完全超过教会对于大学的控制程度，而且直到1871年，剑桥大学仍然要求其成员遵奉国王的权威。对于学生来讲，如果拒绝签署，则不会被授予学位。《测验法案》（Test of Acts）以及《自治法案》（Corporation Acts）就明确规定，非国教徒是被排除在政府和大学之外的。并且，在1753年通过的《哈德维克结婚法案》（Lord Hardwicke’s Marriage Act）中，更是强迫非国教徒参加圣公会的教堂的仪式，有一些学院直到20世纪中期还在执行。[35]
罗杰·阿沙姆
随着宗教改革的深入发展，剑桥大学在原来的教皇特权保护下的财产就面临着失去的危机，这是因为剑桥大学忠诚地站在了国王的一边，大学又逐渐得到了国王的支持和王室的特权，而这些特权又往往是以牺牲市民的利益和剑桥大学的学术自由为代价的。自1381年剑桥镇农民暴动之后，因为对剑桥大学继续获得王室的庇护的不满，剑桥市民在15世纪40年代再次攻击了剑桥大学，而此次的结果还是和1381年的暴动一样，剑桥大学不但没有失去某些特权，而且还得到了议会的承认。这主要归功于剑桥大学演说官罗杰·阿沙姆（Roger Ascham）[36]在枢密院的游说。
王室保护了剑桥大学的土地和学院的财产，以后的历任国王都确认了对剑桥大学土地和财产的保护，为剑桥大学在以后的扩建和发展中奠定了良好的基础。
3.宗教纷争对剑桥大学的影响
剑桥大学在得到王室的庇护之后，在一定程度上保持了自由性和自主性。剑桥大学校长的任命由教师来决定，再不需要主教的批准，而校长对大学的所有人员，包括教士、圣职人员、世俗人员等可以实施宗教判决。
剑桥大学在对国王表示忠诚的前提下，王室也在很大程度上不干预大学的内部事务，不再将政治意图强加给大学。宗教改革给王室带来了巨大的权力同时，也给王室在无形之中增添了多种社会责任。在这种情况下，政府进一步依赖于剑桥大学培养的知识人才来为它服务，这就发生了剑桥大学的毕业生在宗教改革以后，趋向于在政界就职的巨大变化，有的甚至成为英国政坛的要人，剑桥大学自此与政界就正式有了联姻的关系。
剑桥大学在王室与宗教的纷争中，由原来的罗马天主教的特权团体转变为王室的特权团体。对大学来说，其影响是多方面的和深远的。它不但使剑桥大学从宗教性质的大学转变成了民族性和世俗性的大学，而且在教育培养目标上受到了王室的影响，更多地掺杂了世俗政治因素的影响。由此，剑桥大学更具有包容性，为以后大学教学课程改革和人文主义的继续发展奠定了基础，为“新学”的兴起培植了土壤。当然，剑桥大学也在一定程度上牺牲了自由与民主，排斥了很多非国教的优秀学者。剑桥大学就是在这样的宗教纷争和学术自由的矛盾中得到发展的。
（三）自然科学地位的确立
17世纪，英国经过斯图亚特王朝和“光荣革命”（Glory Revolution）[37]的洗礼之后，资产阶级正式登上政治舞台，由于社会发展的需要，科学也逐步摆脱了宗教的束缚而快速发展起来了，世界科学的中心也随之从意大利转移到了英国。正是在这个时期，坚定地追求真理的信仰成就了自然科学在剑桥大学不可撼动的学术地位。
1.教授席位的设立与学术变革
皇家学会在1660年成立之后设立了数学教授席位，此外，还设立了化学、解剖学、植物学、实验哲学、冶金学的教授席位。剑桥大学为了推动天文学和地质学的发展，还设立了普鲁米安天文学教授席位（Plumian Professor of Astronomy）、伍德沃德地质学教授席位。担任教授的人在剑桥大学内授课，同时还推动大学设立了植物园、博物馆和天文台，为全面发展自然科学做出了贡献。
理查德·本特利
时任三一学院院长的理查德·本特利（Richard Bentley）[38]是英国历史上最伟大的古典学者和神学家。在他担任院长的40多年间，不但在古典和神学方面为剑桥大学做出了不朽的贡献，而且还积极推动了自然科学的研究和教学。他成立了化学实验室并设立了教授席位，还为普鲁米安天文学教授布置了天文台，以便进行观察。
在18世纪初期，剑桥大学的课程在继承一个多世纪前的文艺复兴特点的同时，尝试着扩展各种知识和教育，如哲学、神学、数学以及古代语言和文学，当时的考试也主要是通过口头的方式而进行的。但是，在1700年至1740年之间，剑桥大学还是经历了前所未有的学术变革，例如，1740年，校参议院引进了一种新的文学士学位的考试模式。这种校参议院考试是一种书面考试，在这之前均未曾出现过。这种书面考试的模式在剑桥大学的出现，主要是由于用口头方式来测试几何和代数实在是很困难的事情。而书面的考卷更能看出各个考生之间的差异，哪怕是在学生的能力很相似的情况之下。考试结果被分为不同的等级，分为荣誉学位考试一甲（Senior Wranglers）、二甲（Senior Optimes）和三甲（Junior Optimes）。剑桥大学针对文学士的课程进行了改革，尽管有对自然科学和文科必考的规定，但从17世纪起，数学就逐步在剑桥大学的学科中占据了主导地位，最后“文学士学位考试”也逐渐加入了数学考试。数学也成为了剑桥大学自然科学发展的核心。
弗兰西斯·培根
2.培根推动自然科学的发展
弗兰西斯·培根（Francis Bacon）[39]1573年进入剑桥大学的三一学院学习法律。他信奉国教，极力反对教皇干涉大学的内部事务。良好的教育使培根表现出了异乎寻常的才智，这些都为他以后提出的自然科学知识的感觉经验观和推动剑桥大学在自然科学方面的发展奠定了良好的基础。
培根的才能和智趣不在国务和政治上，而在于对科学真理的探求上。这一个时期，他在学术上取得了巨大的成就，并且出版了多部著作。培根推崇科学、发展科学的思想和崇尚知识的理念，一直推动当时社会的进步。
在剑桥大学期间，培根就对经院哲学深恶痛绝。他尖锐地批判了中世纪遗留下来的经院哲学，认为经院哲学和神学严重阻碍了自然科学的进步，主张全面改进知识，使整个学术从经院哲学中解放出来。培根还认为，要获得自然科学的知识，就必须把认识建立在感觉经验的基础之上，科学研究必须追求自然界事物的原因和规律。
因此，培根开创了以经验为手段研究自然科学的哲学时代，影响了以后一大批剑桥大学的自然科学家，对近代科学的建立起到了积极推动作用，对英国乃至世界的哲学史和科学史都做出了重大的历史性贡献。
3.巴洛和牛顿促进数学的发展
伊萨克·巴洛（Isaac Barrow）[40]是17世纪剑桥大学最著名的科学家和数学家，精于数学和光学，对几何学也很有建树。1643年，他考入剑桥大学三一学院，毕业后在欧洲大陆度过了青年时代。1660年，巴洛返回剑桥大学担任希腊文教授，同年出版了欧几里得（Euclid of Alexandria）的《几何原本》（The Elements）的英译本，这本书成为了当时英国研究希腊经典和几何的最好译本。1662年，剑桥大学遵照刚刚去世的自然科学家卢卡斯的遗嘱，专门为他设立了一个荣誉教授席位。巴洛由于在数学和光学上的杰出成就，而被推选为第一任“卢卡斯教授”，每个学期在剑桥大学主持一个光学或几何学的讲座，极大地推动了剑桥大学在这个学科领域的发展。巴洛的著作《几何讲义》（Lectiones Geometricae）对微积分有着巨大的贡献。实际上，巴洛的方法与现代微积分学中的求导十分类似。他也是第一个认识到微分和积分是互逆过程的学者。
巴洛还是一位独具慧眼的伯乐，正是他看到了当时在三一学院学习的伊萨克·牛顿才华出众，并具有敏锐的观察力和理解力。他认为，只有牛顿的数学才可以超过自己，于是在1669年辞去卢卡斯教授席位，让年仅27岁的牛顿成为自己的继任者。巴洛不但指导牛顿先后学习了约翰尼斯·开普勒（Johannes Kepler）的《光学》（Optics）、欧几里得的《几何原本》等数学名著，而且将自己的数学知识，包括计算曲线图形面积的方法全部传授给了牛顿，把牛顿引向了自然科学研究的领域。事实证明了巴洛的远见卓识，牛顿后来成为了剑桥大学史和科学史上的一代大师。
牛顿1660年以减费生的身份进入三一学院学习，靠为学院做杂务的收入来支付学费。1664年他成为奖学金的获得者，1665年获学士学位。牛顿在前人工作的基础上，以培根的实验哲学为思想指导，用伽利略开创的数学与实验相结合的方法，系统总结了伽利略、开普勒和笛卡尔等人的研究成果，提出了运动三定律和万有引力定律，并于1687年出版了划时代的科学巨著《自然哲学的数学原理》（Philosophiae Naturalis Principia Mathematica），从而建立起了经典力学理论，使人类在认识自然方面实现了巨大的飞跃。正如恩格斯在《自然辩证法》中对牛顿的总结[41]：
“新兴自然科学的第一个时期——在无机界的领域内——是以牛顿结束的。这是一个掌握已有材料的时期，它在数学、力学和天文学、静力学和动力学的领域中获得了伟大的成就，这特别是归功于开普勒和伽利略，牛顿就是从他们两人那里得出自己的结论的。”
巴洛、牛顿以及他们的追随者使数学成为了剑桥大学最重要的学科，并且推动了整个大学各方面的科学研究。从1750年开始，数学在剑桥大学成为了必修课。
剑桥大学对17～18世纪自然科学发展产生了积极的影响，由对神的崇拜转向了对自然科学的追随。培根顺应了时代的要求，提出了“知识就是力量”，使大学中的研究者把研究方向从以经院哲学为代表的神学体系转向了自然知识体系。牛顿力学体系的建立，使人类开始关注对自然界的研究，努力探索自然科学的奥秘。剑桥大学因而确立了它自己在世界高等教育体系中的重要地位。自然科学的发展是此后促进剑桥大学教育和改革的重要动因。因此，这种变革被人们看作是这个时期最基本、最重要的变革。[42]
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